seq1 = pF1KB3481.tfa, 2346 bp
seq2 = pF1KB3481/gi568815596r_127157599.tfa (gi568815596r:127157599_127393719), 236121 bp

>pF1KB3481 2346
>gi568815596r:127157599_127393719 (Chr2)

(complement)

1-28  (99639-99666)   100% ->
29-234  (100002-100207)   100% ->
235-471  (100874-101110)   100% ->
472-521  (103447-103496)   100% ->
522-657  (103896-104031)   100% ->
658-822  (104219-104383)   100% ->
823-1027  (104856-105060)   100% ->
1028-1342  (106703-107017)   100% ->
1343-1527  (113089-113273)   100% ->
1528-1730  (114345-114547)   100% ->
1731-1827  (120759-120855)   100% ->
1828-1945  (122267-122384)   100% ->
1946-2064  (132374-132492)   100% ->
2065-2217  (134272-134424)   100% ->
2218-2346  (135993-136121)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAAAAGAGACCGAGCGGACCGCG         ACAAGAAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  99639 ATGGGCAAAAGAGACCGAGCGGACCGCGGTG...CAGACAAGAAGAAATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAGGAAGCGGCACTATGAGGATGAAGAGGATGATGAAGAGGACGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 CAGGAAGCGGCACTATGAGGATGAAGAGGATGATGAAGAGGACGCCCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAACGACCCTCAGGAAGCGGTTCCCTCGGCGGCGGGGAAGCAGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 GGAACGACCCTCAGGAAGCGGTTCCCTCGGCGGCGGGGAAGCAGGTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTCAGGCACCAAAGTGGATGAATATGGAGCCAAGGACTACAGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 GAGTCAGGCACCAAAGTGGATGAATATGGAGCCAAGGACTACAGGCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATGCCGCTGAAGGACGACCACACCTCCAGGCCCCTCTGGGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100165 AATGCCGCTGAAGGACGACCACACCTCCAGGCCCCTCTGGGTGGTA...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   GCTCCCGATGGCCATATCTTCTTGGAAGCCTTCTCTCCAGTTTACAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100872 AGGCTCCCGATGGCCATATCTTCTTGGAAGCCTTCTCTCCAGTTTACAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGCCCAAGACTTCTTGGTGGCTATTGCAGAGCCAGTGTGCCGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100922 TATGCCCAAGACTTCTTGGTGGCTATTGCAGAGCCAGTGTGCCGACCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCATGTGCATGAGTACAAACTAACTGCCTACTCCTTGTATGCAGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100972 CCATGTGCATGAGTACAAACTAACTGCCTACTCCTTGTATGCAGCTGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCGTTGGGCTGCAAACCAGTGACATCACCGAGTACCTCAGGAAGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101022 GCGTTGGGCTGCAAACCAGTGACATCACCGAGTACCTCAGGAAGCTCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGACTGGAGTCCCTGATGGAATTATGCAGTTTATTAAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101072 AAGACTGGAGTCCCTGATGGAATTATGCAGTTTATTAAGGCA...CAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTGTACTGTCAGCTATGGAAAAGTCAAGCTGGTCTTGAAGCACAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103449 GTGTACTGTCAGCTATGGAAAAGTCAAGCTGGTCTTGAAGCACAACAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522        ATACTTCGTTGAAAGTTGCCACCCTGATGTAATCCAGCATCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103499 A...CAGATACTTCGTTGAAAGTTGCCACCCTGATGTAATCCAGCATCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCCAGGACCCCGTGATCCGAGAATGCCGCTTAAGAAACTCTGAAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103939 CTCCAGGACCCCGTGATCCGAGAATGCCGCTTAAGAAACTCTGAAGGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCCACTGAGCTCATCACAGAGACTTTCACAAGCAAATCTGCC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103989 GGCCACTGAGCTCATCACAGAGACTTTCACAAGCAAATCTGCCGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658   ATTTCTAAGACTGCTGAAAGCAGTGGTGGGCCCTCCACTTCCCGAGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104217 AGATTTCTAAGACTGCTGAAAGCAGTGGTGGGCCCTCCACTTCCCGAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACAGATCCACAGGGTAAATCTGACATCCCCATGGACCTGTTTGACTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104267 ACAGATCCACAGGGTAAATCTGACATCCCCATGGACCTGTTTGACTTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGAGCAAATGGACAAGGATGAAGAAGAAGAAGAAGAGACACAGACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104317 TGAGCAAATGGACAAGGATGAAGAAGAAGAAGAAGAGACACAGACAGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTTTTGAAGTCAAGCAG         GAAATGATTGAGGAACTCCAGAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104367 CTTTTGAAGTCAAGCAGGTT...CAGGAAATGATTGAGGAACTCCAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGTTGCATCCACCTGGAGTACCCTCTGTTGGCAGAATATGACTTCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104880 CGTTGCATCCACCTGGAGTACCCTCTGTTGGCAGAATATGACTTCCGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATTCTGTCAACCCTGATATCAACATTGACCTAAAGCCCACAGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104930 TGATTCTGTCAACCCTGATATCAACATTGACCTAAAGCCCACAGCTGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCAGACCCTATCAGGAGAAGAGCTTGCGAAAGATGTTTGGAAACGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104980 TCAGACCCTATCAGGAGAAGAGCTTGCGAAAGATGTTTGGAAACGGGCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCACGTTCGGGGGTCATTGTTCTTCCCTGCG         GTGCTGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105030 GCACGTTCGGGGGTCATTGTTCTTCCCTGCGGTA...TAGGTGCTGGAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GTCCCTGGTTGGTGTGACTGCTGCATGCACTGTCAGAAAACGCTGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106713 GTCCCTGGTTGGTGTGACTGCTGCATGCACTGTCAGAAAACGCTGTCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCTGGGCAACTCAGCTGTTTCTGTGGAGCAGTGGAAAGCCCAGTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106763 TGCTGGGCAACTCAGCTGTTTCTGTGGAGCAGTGGAAAGCCCAGTTCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATGTGGTCCACCATTGACGACAGCCAGATCTGCCGGTTCACCTCCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106813 ATGTGGTCCACCATTGACGACAGCCAGATCTGCCGGTTCACCTCCGATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAAGGACAAGCCCATCGGCTGCTCCGTTGCCATTAGCACCTACTCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106863 CAAGGACAAGCCCATCGGCTGCTCCGTTGCCATTAGCACCTACTCCATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGGGCCACACCACCAAAAGGTCCTGGGAGGCCGAGCGAGTCATGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106913 TGGGCCACACCACCAAAAGGTCCTGGGAGGCCGAGCGAGTCATGGAGTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTCAAGACCCAGGAGTGGGGCCTCATGATCCTGGATGAAGTGCACACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106963 CTCAAGACCCAGGAGTGGGGCCTCATGATCCTGGATGAAGTGCACACCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ACCAG         CCAAGATGTTCCGAAGGGTGCTCACCATCGTGCAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107013 ACCAGGTA...CAGCCAAGATGTTCCGAAGGGTGCTCACCATCGTGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCCACTGTAAGCTGGGTTTGACTGCGACCCTCGTCCGCGAAGATGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113125 CCCACTGTAAGCTGGGTTTGACTGCGACCCTCGTCCGCGAAGATGACAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATTGTGGATTTAAATTTTCTGATTGGGCCTAAGCTCTACGAAGCCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113175 ATTGTGGATTTAAATTTTCTGATTGGGCCTAAGCTCTACGAAGCCAACTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GATGGAGCTGCAGAATAATGGCTACATCGCCAAAGTCCAGTGTGCTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113225 GATGGAGCTGCAGAATAATGGCTACATCGCCAAAGTCCAGTGTGCTGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1528         GTCTGGTGCCCTATGTCTCCTGAATTTTACCGGGAATATGTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113275 TA...CAGGTCTGGTGCCCTATGTCTCCTGAATTTTACCGGGAATATGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCAATCAAAACCAAGAAACGAATCTTGCTGTACACCATGAACCCCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114387 GCAATCAAAACCAAGAAACGAATCTTGCTGTACACCATGAACCCCAACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 ATTTAGAGCTTGCCAGTTTCTGATCAAGTTTCATGAAAGGAGGAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114437 ATTTAGAGCTTGCCAGTTTCTGATCAAGTTTCATGAAAGGAGGAATGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AGATTATTGTCTTTGCTGACAATGTGTTTGCCCTAAAGGAATATGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114487 AGATTATTGTCTTTGCTGACAATGTGTTTGCCCTAAAGGAATATGCCATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 CGACTGAACAA         ACCCTATATCTACGGACCTACGTCTCAGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114537 CGACTGAACAAGTA...TAGACCCTATATCTACGGACCTACGTCTCAGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GGAAAGGATGCAAATTCTCCAGAATTTCAAGCACAACCCCAAAATTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120789 GGAAAGGATGCAAATTCTCCAGAATTTCAAGCACAACCCCAAAATTAACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CCATCTTCATATCCAAG         GTAGGTGACACTTCGTTTGATCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 120839 CCATCTTCATATCCAAGGTT...TAGGTAGGTGACACTTCGTTTGATCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CCGGAAGCAAATGTCCTCATTCAGATCTCATCCCATGGTGGCTCCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122291 CCGGAAGCAAATGTCCTCATTCAGATCTCATCCCATGGTGGCTCCAGGCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TCAGGAAGCCCAAAGGCTAGGGCGGGTGCTTCGAGCTAAAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 122341 TCAGGAAGCCCAAAGGCTAGGGCGGGTGCTTCGAGCTAAAAAAGGTA...

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1946    GGATGGTTGCAGAAGAGTACAATGCCTTTTTCTACTCACTGGTATCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132371 CAGGGATGGTTGCAGAAGAGTACAATGCCTTTTTCTACTCACTGGTATCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CAGGACACACAGGAAATGGCTTACTCAACCAAGCGGCAGAGATTCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132421 CAGGACACACAGGAAATGGCTTACTCAACCAAGCGGCAGAGATTCTTGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 AGATCAAGGTTATAGCTTCAAG         GTGATCACGAAACTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 132471 AGATCAAGGTTATAGCTTCAAGGTA...CAGGTGATCACGAAACTCGCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 GCATGGAGGAGGAAGACTTGGCGTTTTCGACAAAAGAAGAGCAACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134291 GCATGGAGGAGGAAGACTTGGCGTTTTCGACAAAAGAAGAGCAACAGCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CTCTTACAGAAAGTCCTGGCAGCCACTGACCTGGATGCCGAGGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134341 CTCTTACAGAAAGTCCTGGCAGCCACTGACCTGGATGCCGAGGAGGAGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GGTGGCTGGGGAATTTGGCTCCAGATCCAGCCAG         GCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 134391 GGTGGCTGGGGAATTTGGCTCCAGATCCAGCCAGGTG...CAGGCATCTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 GGCGCTTTGGCACCATGAGTTCTATGTCTGGGGCCGACGACACTGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136000 GGCGCTTTGGCACCATGAGTTCTATGTCTGGGGCCGACGACACTGTGTAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 ATGGAGTACCACTCATCGCGGAGCAAGGCGCCCAGCAAACATGTACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136050 ATGGAGTACCACTCATCGCGGAGCAAGGCGCCCAGCAAACATGTACACCC

   2450     .    :    .    :
   2325 GCTCTTCAAGCGCTTTAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||
 136100 GCTCTTCAAGCGCTTTAGGAAA