seq1 = pF1KB3480.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KB3480/gi568815597f_161405468.tfa (gi568815597f:161405468_161699800), 294333 bp

>pF1KB3480 948
>gi568815597f:161405468_161699800 (Chr1)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-106  (100520-100540)   100% ->
107-361  (100870-101124)   100% ->
362-616  (104353-104607)   99% ->
617-739  (105367-105489)   100% ->
740-777  (108428-108465)   100% ->
778-948  (112508-112678)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTATGGAGACCCAAATGTCTCAGAATGTATGTCCCAGAAACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTATGGAGACCCAAATGTCTCAGAATGTATGTCCCAGAAACCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTTCAACCATTGACAGTTTTGCTGCTGCTGG         CTTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 GCTGCTTCAACCATTGACAGTTTTGCTGCTGCTGGGTG...CAGCTTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGACAGTCAAGCTG         CTCCCCCAAAGGCTGTGCTGAAACTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100526 CAGACAGTCAAGCTGGTG...CAGCTCCCCCAAAGGCTGTGCTGAAACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGCCCCCGTGGATCAACGTGCTCCAGGAGGACTCTGTGACTCTGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100896 GAGCCCCCGTGGATCAACGTGCTCCAGGAGGACTCTGTGACTCTGACATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAGGGGGCTCGCAGCCCTGAGAGCGACTCCATTCAGTGGTTCCACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100946 CCAGGGGGCTCGCAGCCCTGAGAGCGACTCCATTCAGTGGTTCCACAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAATCTCATTCCCACCCACACGCAGCCCAGCTACAGGTTCAAGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100996 GGAATCTCATTCCCACCCACACGCAGCCCAGCTACAGGTTCAAGGCCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACAATGACAGCGGGGAGTACACGTGCCAGACTGGCCAGACCAGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101046 AACAATGACAGCGGGGAGTACACGTGCCAGACTGGCCAGACCAGCCTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGACCCTGTGCATCTGACTGTGCTTTCCG         AATGGCTGGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101096 CGACCCTGTGCATCTGACTGTGCTTTCCGGTC...CAGAATGGCTGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCAGACCCCTCACCTGGAGTTCCAGGAGGGAGAAACCATCATGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104365 TCCAGACCCCTCACCTGGAGTTCCAGGAGGGAGAAACCATCATGCTGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCCACAGCTGGAAGGACAAGCCTCTGGTCAAGGTCACATTCTTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104415 TGCCACAGCTGGAAGGACAAGCCTCTGGTCAAGGTCACATTCTTCCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGAAAATCCCAGAAATTCTCCCGTTTGGATCCCACCTTCTCCATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 104465 TGGAAAATCCCAGAAATTCTCCCATTTGGATCCCACCTTCTCCATCCCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGCAAACCACAGTCACAGTGGTGATTACCACTGCACAGGAAACATAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104515 AAGCAAACCACAGTCACAGTGGTGATTACCACTGCACAGGAAACATAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACACGCTGTTCTCATCCAAGCCTGTGACCATCACTGTCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104565 TACACGCTGTTCTCATCCAAGCCTGTGACCATCACTGTCCAAGGTA...T

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    617   TGCCCAGCATGGGCAGCTCTTCACCAATGGGGATCATTGTGGCTGTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105365 AGTGCCCAGCATGGGCAGCTCTTCACCAATGGGGATCATTGTGGCTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCATTGCGACTGCTGTAGCAGCCATTGTTGCTGCTGTAGTGGCCTTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105415 TCATTGCGACTGCTGTAGCAGCCATTGTTGCTGCTGTAGTGGCCTTGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TACTGCAGGAAAAAGCGGATTTCAG         CCAATTCCACTGATCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105465 TACTGCAGGAAAAAGCGGATTTCAGGTT...CAGCCAATTCCACTGATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTGAAGGCTGCCCAATTTGAG         CCACCTGGACGTCAAATGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108444 TGTGAAGGCTGCCCAATTTGAGGTG...CAGCCACCTGGACGTCAAATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGCCATCAGAAAGAGACAACTTGAAGAAACCAACAATGACTATGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112527 TTGCCATCAGAAAGAGACAACTTGAAGAAACCAACAATGACTATGAAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTGACGGCGGCTACATGACTCTGAACCCCAGGGCACCTACTGACGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112577 GCTGACGGCGGCTACATGACTCTGAACCCCAGGGCACCTACTGACGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAAAAACATCTACCTGACTCTTCCTCCCAACGACCATGTCAACAGTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112627 TAAAAACATCTACCTGACTCTTCCTCCCAACGACCATGTCAACAGTAATA

   1000 
    947 AC
        ||
 112677 AC