seq1 = pF1KB3477.tfa, 603 bp
seq2 = pF1KB3477/gi568815586r_119997248.tfa (gi568815586r:119997248_120216650), 219403 bp

>pF1KB3477 603
>gi568815586r:119997248_120216650 (Chr12)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-103  (108184-108234)   100% ->
104-227  (112702-112825)   100% ->
228-352  (117497-117621)   100% ->
353-477  (117716-117840)   100% ->
478-603  (119278-119403)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGGACTACGACCACCTCTTCAAGCTGCTCATCATCGGCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGGGACTACGACCACCTCTTCAAGCTGCTCATCATCGGCGACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CG         GTGTGGGCAAGAGCAGTTTACTGTTGCGTTTTGCAGACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGTG...CAGGTGTGGGCAAGAGCAGTTTACTGTTGCGTTTTGCAGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACACTTTCTCAG         GCAGCTACATCACCACGATCGGAGTGGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108223 ACACTTTCTCAGGTG...CAGGCAGCTACATCACCACGATCGGAGTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTCAAGATCCGGACCGTGGAGATCAACGGGGAGAAGGTGAAGCTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112731 TTCAAGATCCGGACCGTGGAGATCAACGGGGAGAAGGTGAAGCTGCAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGGGACACAGCGGGGCAGGAGCGCTTCCGCACCATCACCTCCAC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112781 CTGGGACACAGCGGGGCAGGAGCGCTTCCGCACCATCACCTCCACGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    228     GTATTATCGGGGGACCCACGGGGTCATTGTGGTTTACGACGTCACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112831 .CAGGTATTATCGGGGGACCCACGGGGTCATTGTGGTTTACGACGTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGTGCCGAGTCCTTTGTCAACGTCAAGCGGTGGCTTCACGAAATCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117543 AGTGCCGAGTCCTTTGTCAACGTCAAGCGGTGGCTTCACGAAATCAACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAACTGTGATGATGTGTGCCGAATATTAG         TGGGTAATAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117593 GAACTGTGATGATGTGTGCCGAATATTAGGTG...AAGTGGGTAATAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGACGACCCTGAGCGGAAGGTGGTGGAGACGGAAGATGCCTACAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117728 ATGACGACCCTGAGCGGAAGGTGGTGGAGACGGAAGATGCCTACAAATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCGGGCAGATGGGCATCCAGTTGTTCGAGACCAGCGCCAAGGAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117778 GCCGGGCAGATGGGCATCCAGTTGTTCGAGACCAGCGCCAAGGAGAATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAACGTGGAAGAG         ATGTTCAACTGCATCACGGAGCTGGTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117828 CAACGTGGAAGAGGTG...CAGATGTTCAACTGCATCACGGAGCTGGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCCGAGCAAAGAAAGACAACCTGGCAAAACAGCAGCAGCAACAACAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119306 TCCGAGCAAAGAAAGACAACCTGGCAAAACAGCAGCAGCAACAACAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    556 GATGTGGTGAAGCTCACGAAGAACAGTAAACGAAAGAAACGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119356 GATGTGGTGAAGCTCACGAAGAACAGTAAACGAAAGAAACGCTGCTGC