seq1 = pF1KB3476.tfa, 2169 bp
seq2 = pF1KB3476/gi568815593f_33341087.tfa (gi568815593f:33341087_33567705), 226619 bp

>pF1KB3476 2169
>gi568815593f:33341087_33567705 (Chr5)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-138  (104238-104318)   100% ->
139-329  (107455-107645)   100% ->
330-453  (112203-112326)   100% ->
454-575  (113859-113980)   100% ->
576-693  (114501-114618)   100% ->
694-758  (114916-114980)   100% ->
759-837  (115063-115141)   100% ->
838-984  (116171-116317)   100% ->
985-1083  (117480-117578)   100% ->
1084-1250  (118609-118775)   100% ->
1251-1413  (119816-119978)   100% ->
1414-1551  (120072-120209)   100% ->
1552-1629  (120581-120658)   100% ->
1630-1730  (120820-120920)   100% ->
1731-1835  (121013-121117)   100% ->
1836-1908  (122667-122739)   100% ->
1909-2023  (125785-125899)   100% ->
2024-2169  (126474-126619)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGAGGAGAAGGCCAGCAGTCCTTCAGGGAAGATGGGAGGCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGAGGAGAAGGCCAGCAGTCCTTCAGGGAAGATGGGAGGCGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCCG         ATTGGTGCTGGTGAAGAGAAGCAAAAGGAAGGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCCGGTG...TAGATTGGTGCTGGTGAAGAGAAGCAAAAGGAAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAAAAAGAAGAACAAAGAAGGATCTGGAGATGGAGGTCGAGCTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104272 GCAAAAAGAAGAACAAAGAAGGATCTGGAGATGGAGGTCGAGCTGAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       TTGAATCCTTGGCCTGAATATATTTACACACGTCTTGAGATGTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104322 ...CAGTTGAATCCTTGGCCTGAATATATTTACACACGTCTTGAGATGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAATATACTAAAAGCAGAACATGATTCCATTCTGGCAGAAAAGGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107499 TAATATACTAAAAGCAGAACATGATTCCATTCTGGCAGAAAAGGCAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGATAGCAAGCCAATTAAAGTCACTTTGCCTGATGGTAAACAGGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107549 AAGATAGCAAGCCAATTAAAGTCACTTTGCCTGATGGTAAACAGGTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGGAATCTTGGAAAACTACACCATATCAAATTGCCTGTGGAATTAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107599 GCGGAATCTTGGAAAACTACACCATATCAAATTGCCTGTGGAATTAGGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330       TCAAGGCCTGGCCGACAACACCGTTATTGCTAAAGTAAATAATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107649 ...AAGTCAAGGCCTGGCCGACAACACCGTTATTGCTAAAGTAAATAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGTGTGGGACCTGGACCGCCCTCTGGAAGAAGATTGTACCTTGGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112247 TTGTGTGGGACCTGGACCGCCCTCTGGAAGAAGATTGTACCTTGGAGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCAAGTTTGAGGATGAGGAAGCTCAGGCA         GTGTATTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112297 CTCAAGTTTGAGGATGAGGAAGCTCAGGCAGTA...CAGGTGTATTGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCTAGTGCTCACATAATGGGTGAAGCCATGGAAAGAGTCTATGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113870 CTCTAGTGCTCACATAATGGGTGAAGCCATGGAAAGAGTCTATGGTGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTTTATGCTACGGTCCGCCAATAGAAAATGGATTCTATTATGACATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113920 GTTTATGCTACGGTCCGCCAATAGAAAATGGATTCTATTATGACATGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCGAAGAAGG         GGGTGTGTCTAGCAATGATTTCTCTTCTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113970 CTCGAAGAAGGGTA...CAGGGGTGTGTCTAGCAATGATTTCTCTTCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGGCTTTGTGTAAGAAAATCATTAAAGAAAAACAAGCTTTTGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114531 GGAGGCTTTGTGTAAGAAAATCATTAAAGAAAAACAAGCTTTTGAAAGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGAAGTTAAGAAAGAAACTTTACTGGCAATGTTTAAG         TAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114581 TGGAAGTTAAGAAAGAAACTTTACTGGCAATGTTTAAGGTA...CAGTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACAAGTTCAAATGCCGGATATTGAATGAAAAGGTGAATACTCCAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114919 AACAAGTTCAAATGCCGGATATTGAATGAAAAGGTGAATACTCCAACTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACAGTCTATAG         ATGTGGCCCTTTGATAGATCTCTGCCGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114969 CACAGTCTATAGGTA...TAGATGTGGCCCTTTGATAGATCTCTGCCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTCCTCATGTTAGACACACGGGCAAAATTAAGGCTTTAAAAATACACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115092 GTCCTCATGTTAGACACACGGGCAAAATTAAGGCTTTAAAAATACACAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838          AATTCCTCCACGTACTGGGAAGGCAAAGCAGATATGGAGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115142 GTA...CAGAATTCCTCCACGTACTGGGAAGGCAAAGCAGATATGGAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCTCCAGAGAATTTATGGCATTTCATTCCCAGATCCTAAAATGTTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116212 TCTCCAGAGAATTTATGGCATTTCATTCCCAGATCCTAAAATGTTGAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGTGGGAGAAGTTCCAAGAGGAAGCTAAAAACCGAGATCATAGGAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116262 AGTGGGAGAAGTTCCAAGAGGAAGCTAAAAACCGAGATCATAGGAAAATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGCAGG         GACCAAGAACTATATTTCTTTCATGAACTCAGCCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116312 GGCAGGGTA...CAGGACCAAGAACTATATTTCTTTCATGAACTCAGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGAAGTTGCTTTTTTCTGCCAAAAGGAGCCTACATTTATAATGCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117515 TGGAAGTTGCTTTTTTCTGCCAAAAGGAGCCTACATTTATAATGCACTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTGAATTCATTAGG         AGCGAATATAGGAAAAGAGGATTCCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 117565 TTGAATTCATTAGGGTA...CAGAGCGAATATAGGAAAAGAGGATTCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGGTAGTCACCCCAAACATCTTCAACAGCCGACTCTGGATGACCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118636 GAGGTAGTCACCCCAAACATCTTCAACAGCCGACTCTGGATGACCTCGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCACTGGCAGCACTACAGCGAGAACATGTTCTCCTTTGAGGTGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118686 CCACTGGCAGCACTACAGCGAGAACATGTTCTCCTTTGAGGTGGAGAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGCTGTTTGCCCTGAAACCCATGAACTGCCCAGGACACTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 118736 AGCTGTTTGCCCTGAAACCCATGAACTGCCCAGGACACTGGTA...CAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTTATGTTTGATCATCGGCCAAGGTCCTGGCGAGAACTGCCTCTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119817 CTTATGTTTGATCATCGGCCAAGGTCCTGGCGAGAACTGCCTCTGCGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGCTGATTTTGGGGTACTTCATAGGAACGAGCTGTCTGGAGCACTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119867 AGCTGATTTTGGGGTACTTCATAGGAACGAGCTGTCTGGAGCACTCACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GACTCACCCGGGTACGAAGATTCCAACAGGATGATGCTCACATATTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119917 GACTCACCCGGGTACGAAGATTCCAACAGGATGATGCTCACATATTCTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCCATGGAGCAG         ATTGAAGATGAAATAAAAGGTTGTTTGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119967 GCCATGGAGCAGGTA...AAGATTGAAGATGAAATAAAAGGTTGTTTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TTTTCTACGTACGGTATATAGCGTATTTGGATTTTCTTTTAAACTAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120101 TTTTCTACGTACGGTATATAGCGTATTTGGATTTTCTTTTAAACTAAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTTCTACTCGCCCGGAAAAATTCCTTGGAGATATCGAAGTATGGGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120151 TTTCTACTCGCCCGGAAAAATTCCTTGGAGATATCGAAGTATGGGATCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCTGAGAAA         CAACTTGAAAACAGTCTGAATGAATTTGGTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 120201 GCTGAGAAAGTA...CAGCAACTTGAAAACAGTCTGAATGAATTTGGTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AAAGTGGGAGTTAAACTCTGGAGATGGAGCTTTCTATGGCCCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 120613 AAAGTGGGAGTTAAACTCTGGAGATGGAGCTTTCTATGGCCCAAAGGTG.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630      ATTGACATACAGATTAAAGATGCGATTGGGCGGTACCACCAGTGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120663 ..TAGATTGACATACAGATTAAAGATGCGATTGGGCGGTACCACCAGTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GCAACCATCCAGCTGGATTTCCAGTTGCCCATCAGATTTAATCTTACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120865 GCAACCATCCAGCTGGATTTCCAGTTGCCCATCAGATTTAATCTTACTTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGTAAG         CCATGATGGTGATGATAAGAAAAGGCCAGTGATTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120915 TGTAAGGTG...TAGCCATGATGGTGATGATAAGAAAAGGCCAGTGATTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TTCATCGAGCCATCTTGGGATCAGTGGAAAGAATGATTGCTATCCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121048 TTCATCGAGCCATCTTGGGATCAGTGGAAAGAATGATTGCTATCCTCACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GAAAACTATGGGGGCAAATG         GCCCTTTTGGCTGTCCCCTCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 121098 GAAAACTATGGGGGCAAATGGTA...AAGGCCCTTTTGGCTGTCCCCTCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CCAGGTAATGGTAGTTCCAGTGGGACCAACCTGTGATGAATATGCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122688 CCAGGTAATGGTAGTTCCAGTGGGACCAACCTGTGATGAATATGCCCAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 AG         GTACGACAACAATTCCACGATGCCAAATTCATGGCAGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122738 AGGTA...TAGGTACGACAACAATTCCACGATGCCAAATTCATGGCAGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 ATTGATCTGGATCCAGGCTGTACATTGAATAAAAAGATTCGAAATGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125824 ATTGATCTGGATCCAGGCTGTACATTGAATAAAAAGATTCGAAATGCACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GTTAGCACAGTATAACTTCATTTTAG         TTGTTGGTGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 125874 GTTAGCACAGTATAACTTCATTTTAGGTA...TAGTTGTTGGTGAAAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 AGAAAATCAGTGGCACTGTTAATATCCGCACAAGAGACAATAAGGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126489 AGAAAATCAGTGGCACTGTTAATATCCGCACAAGAGACAATAAGGTCCAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GGGGAACGCACCATTTCTGAAACTATCGAGCGGCTACAGCAGCTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126539 GGGGAACGCACCATTTCTGAAACTATCGAGCGGCTACAGCAGCTCAAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :
   2139 GTTCCGCAGCAAACAGGCAGAAGAAGAATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 126589 GTTCCGCAGCAAACAGGCAGAAGAAGAATTT