seq1 = pF1KB3467.tfa, 1986 bp
seq2 = pF1KB3467/gi568815575f_41234253.tfa (gi568815575f:41234253_41447716), 213464 bp

>pF1KB3467 1986
>gi568815575f:41234253_41447716 (ChrX)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-103  (103156-103213)   100% ->
104-151  (104784-104831)   100% ->
152-284  (107232-107364)   100% ->
285-443  (108243-108401)   100% ->
444-543  (108485-108584)   100% ->
544-679  (108964-109099)   100% ->
680-765  (109485-109570)   100% ->
766-864  (109778-109876)   100% ->
865-1025  (109987-110147)   100% ->
1026-1170  (110928-111072)   100% ->
1171-1315  (111152-111296)   100% ->
1316-1497  (111977-112158)   100% ->
1498-1615  (112253-112370)   100% ->
1616-1769  (112607-112760)   100% ->
1770-1909  (113060-113199)   100% ->
1910-1986  (113388-113464)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTCATGTGGCAGTGGAAAATGCGCTCGGGCTGGACCAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGAGTCATGTGGCAGTGGAAAATGCGCTCGGGCTGGACCAGCAGGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     TTTGCTGGCCTAGACCTGAACTCTTCAGATAATCAGAGTGGAGGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .TAGTTTGCTGGCCTAGACCTGAACTCTTCAGATAATCAGAGTGGAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTACAGCCAGCA         AAGGGCGCTATATTCCTCCTCATTTAAGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103202 GTACAGCCAGCAGTA...TAGAAGGGCGCTATATTCCTCCTCATTTAAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACCGAGAAGCTACTAAAG         GTTTCTACGATAAAGACAGTTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104813 AACCGAGAAGCTACTAAAGGTA...AAGGTTTCTACGATAAAGACAGTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AGGGTGGAGTTCTAGCAAAGATAAGGATGCGTATAGCAGTTTTGGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107254 AGGGTGGAGTTCTAGCAAAGATAAGGATGCGTATAGCAGTTTTGGATCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTAGTGATTCAAGAGGGAAGTCTAGCTTCTTCAGTGATCGTGGAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107304 GTAGTGATTCAAGAGGGAAGTCTAGCTTCTTCAGTGATCGTGGAAGTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCAAGGGGAAG         GTTTGATGATCGTGGACGGAGTGATTACGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107354 TCAAGGGGAAGGTA...CAGGTTTGATGATCGTGGACGGAGTGATTACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGGCATTGGCAGCCGTGGTGACAGAAGTGGCTTTGGCAAATTTGAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108273 TGGCATTGGCAGCCGTGGTGACAGAAGTGGCTTTGGCAAATTTGAACGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTGGAAACAGTCGCTGGTGTGACAAATCAGATGAAGATGATTGGTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108323 GTGGAAACAGTCGCTGGTGTGACAAATCAGATGAAGATGATTGGTCAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCACTCCCACCAAGTGAACGCTTGGAACA         GGAACTCTTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108373 CCACTCCCACCAAGTGAACGCTTGGAACAGTA...GAGGGAACTCTTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGGAGGCAACACTGGGATTAATTTTGAGAAATACGATGACATTCCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108497 TGGAGGCAACACTGGGATTAATTTTGAGAAATACGATGACATTCCAGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGCAACAGGCAACAACTGTCCTCCACATATTGAAAGT         TTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108547 AGGCAACAGGCAACAACTGTCCTCCACATATTGAAAGTGTG...CAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGTGATGTTGAGATGGGAGAAATTATCATGGGAAACATTGAGCTTACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108967 AGTGATGTTGAGATGGGAGAAATTATCATGGGAAACATTGAGCTTACTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTATACTCGCCCAACTCCAGTGCAAAAGCATGCTATTCCTATTATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109017 TTATACTCGCCCAACTCCAGTGCAAAAGCATGCTATTCCTATTATCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGAAAAGAGACTTGATGGCTTGTGCCCAAACAG         GGTCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109067 AGAAAAGAGACTTGATGGCTTGTGCCCAAACAGGTA...CAGGGTCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAAACTGCAGCATTTCTGTTGCCCATCTTGAGTCAGATTTATTCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109493 AAAACTGCAGCATTTCTGTTGCCCATCTTGAGTCAGATTTATTCAGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCCAGGCGAGGCTTTGAGGGCCATGAAG         GAAAATGGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109543 TCCAGGCGAGGCTTTGAGGGCCATGAAGGTA...TAGGAAAATGGAAGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATGGGCGCCGCAAACAATACCCAATCTCCTTGGTATTAGCACCAACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109791 ATGGGCGCCGCAAACAATACCCAATCTCCTTGGTATTAGCACCAACGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGTTGGCAGTACAGATCTACGAGGAAGCCAGAAAA         TTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109841 GAGTTGGCAGTACAGATCTACGAGGAAGCCAGAAAAGTA...TAGTTTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ATACCGATCTAGAGTTCGTCCTTGCGTGGTTTATGGTGGTGCCGATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109992 ATACCGATCTAGAGTTCGTCCTTGCGTGGTTTATGGTGGTGCCGATATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GTCAGCAGATTCGAGACTTGGAACGTGGATGCCATTTGTTAGTAGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110042 GTCAGCAGATTCGAGACTTGGAACGTGGATGCCATTTGTTAGTAGCCACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCAGGACGTCTAGTGGATATGATGGAAAGAGGAAAGATTGGATTAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110092 CCAGGACGTCTAGTGGATATGATGGAAAGAGGAAAGATTGGATTAGACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTGCAA         ATACTTGGTGTTAGATGAAGCTGATCGGATGTTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110142 TTGCAAGTA...CAGATACTTGGTGTTAGATGAAGCTGATCGGATGTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATATGGGGTTTGAGCCTCAGATTCGTAGAATAGTCGAACAAGATACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110963 ATATGGGGTTTGAGCCTCAGATTCGTAGAATAGTCGAACAAGATACTATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCTCCAAAGGGTGTCCGCCACACTATGATGTTTAGTGCTACTTTTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111013 CCTCCAAAGGGTGTCCGCCACACTATGATGTTTAGTGCTACTTTTCCTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGAAATACAG         ATGCTGGCTCGTGATTTCTTAGATGAATATA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111063 GGAAATACAGGTA...CAGATGCTGGCTCGTGATTTCTTAGATGAATATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCTTCTTGGCTGTAGGAAGAGTTGGCTCTACCTCTGAAAACATCACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111183 TCTTCTTGGCTGTAGGAAGAGTTGGCTCTACCTCTGAAAACATCACACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAAGTAGTTTGGGTGGAAGAATCAGACAAACGGTCATTTCTGCTTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111233 AAAGTAGTTTGGGTGGAAGAATCAGACAAACGGTCATTTCTGCTTGACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCTAAATGCAACAG         GCAAGGATTCACTGACCTTAGTGTTTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111283 CCTAAATGCAACAGGTA...CAGGCAAGGATTCACTGACCTTAGTGTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGGAGACCAAAAAGGGTGCAGATTCTCTGGAGGATTTCTTATACCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112004 TGGAGACCAAAAAGGGTGCAGATTCTCTGGAGGATTTCTTATACCATGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GGATACGCATGTACCAGCATCCATGGAGACCGTTCTCAGAGGGATAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112054 GGATACGCATGTACCAGCATCCATGGAGACCGTTCTCAGAGGGATAGAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGAGGCCCTTCACCAGTTCCGCTCAGGAAAAAGCCCAATTTTAGTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112104 AGAGGCCCTTCACCAGTTCCGCTCAGGAAAAAGCCCAATTTTAGTGGCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CAGCA         GTAGCAGCAAGAGGACTGGACATTTCAAATGTGAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112154 CAGCAGTA...CAGGTAGCAGCAAGAGGACTGGACATTTCAAATGTGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CATGTTATCAATTTTGACTTGCCAAGTGATATTGAAGAATATGTACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112289 CATGTTATCAATTTTGACTTGCCAAGTGATATTGAAGAATATGTACATCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TATTGGTCGTACGGGACGTGTAGGAAACCTTG         GCCTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112339 TATTGGTCGTACGGGACGTGTAGGAAACCTTGGTA...TAGGCCTGGCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCTCATTCTTTAACGAGAGGAACATAAATATTACTAAGGATTTGTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112616 CCTCATTCTTTAACGAGAGGAACATAAATATTACTAAGGATTTGTTGGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CTTCTTGTTGAAGCTAAACAAGAAGTGCCGTCTTGGTTAGAAAACATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112666 CTTCTTGTTGAAGCTAAACAAGAAGTGCCGTCTTGGTTAGAAAACATGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TTATGAACACCACTACAAGGGTAGCAGTCGTGGACGTTCTAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112716 TTATGAACACCACTACAAGGGTAGCAGTCGTGGACGTTCTAAGAGGTG..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770     TAGCAGATTTAGTGGAGGGTTTGGTGCCAGAGACTACCGACAAAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112766 .TAGTAGCAGATTTAGTGGAGGGTTTGGTGCCAGAGACTACCGACAAAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AGCGGTGCCAGCAGTTCCAGCTTCAGCAGCAGCCGCGCAAGCAGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113106 AGCGGTGCCAGCAGTTCCAGCTTCAGCAGCAGCCGCGCAAGCAGCAGCCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CAGTGGCGGAGGTGGCCACGGTAGCAGCAGAGGATTTGGTGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113156 CAGTGGCGGAGGTGGCCACGGTAGCAGCAGAGGATTTGGTGGAGGTA...

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1910    GTGGCTATGGAGGCTTTTACAACAGTGATGGATATGGAGGAAATTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113385 TAGGTGGCTATGGAGGCTTTTACAACAGTGATGGATATGGAGGAAATTAT

   2100     .    :    .    :    .    :
   1957 AACTCCCAGGGGGTTGACTGGTGGGGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 113435 AACTCCCAGGGGGTTGACTGGTGGGGTAAC