seq1 = pF1KB3465.tfa, 1035 bp
seq2 = pF1KB3465/gi568815594f_38580626.tfa (gi568815594f:38580626_38797260), 216635 bp

>pF1KB3465 1035
>gi568815594f:38580626_38797260 (Chr4)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-544  (107960-108446)   100% ->
545-695  (109104-109254)   100% ->
696-856  (114121-114281)   100% ->
857-1035  (116457-116635)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCATGTTTGACCCAGTTCCTGTCAAGCAAGAGGCCATGGACCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCATGTTTGACCCAGTTCCTGTCAAGCAAGAGGCCATGGACCCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAGTG         TCATACCCATCTAATTACATGGAATCCATGAAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAGTGGTA...TAGTCATACCCATCTAATTACATGGAATCCATGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTAACAAGTATGGGGTCATCTACTCCACACCATTGCCTGAGAAGTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107994 CTAACAAGTATGGGGTCATCTACTCCACACCATTGCCTGAGAAGTTCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGACCCCAGAAGGTCTGTCGCACGGAATACAGATGGAGCCAGTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108044 CAGACCCCAGAAGGTCTGTCGCACGGAATACAGATGGAGCCAGTGGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACGGTGAACAAGCGGAGTTCACCCCCTTCGGCTGGGAATTCGCCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108094 CACGGTGAACAAGCGGAGTTCACCCCCTTCGGCTGGGAATTCGCCCTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCTGAAGTTCCCGTCCTCACACCGGAGAGCCTCGCCTGGGTTGAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108144 CTCTGAAGTTCCCGTCCTCACACCGGAGAGCCTCGCCTGGGTTGAGCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTTCTTCCAGCCCACCGATAAAAAAATACTCACCCCCTTCTCCAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108194 CCTTCTTCCAGCCCACCGATAAAAAAATACTCACCCCCTTCTCCAGGCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGCCCTTCGGCGTGCCGCTGTCCATGCCACCAGTGATGGCAGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108244 GCAGCCCTTCGGCGTGCCGCTGTCCATGCCACCAGTGATGGCAGCTGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCTCGCGGCATGGAATACGGAGCCCGGGGATCCTGCCCGTCATCCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108294 TCTCGCGGCATGGAATACGGAGCCCGGGGATCCTGCCCGTCATCCAGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGGTGGTGCAGCCCGTCCCCTTTATGTACACAAGTCACCTCCAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108344 GTGGTGGTGCAGCCCGTCCCCTTTATGTACACAAGTCACCTCCAGCAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCTCATGGTCTCCTTATCGGAGGAGATGGAAAATTCCAGTAGTAGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108394 TCTCATGGTCTCCTTATCGGAGGAGATGGAAAATTCCAGTAGTAGCATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAG         TACCTGTAATTGAATCATATGAGAAGCCTATATCACAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108444 AAGGTA...TAGTACCTGTAATTGAATCATATGAGAAGCCTATATCACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAAAAATTAAAATAGAACCTGGGATCGAACCACAGAGGACAGATTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109142 AAAAAAATTAAAATAGAACCTGGGATCGAACCACAGAGGACAGATTATTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCCTGAAGAAATGTCACCCCCCTTAATGAACTCAGTGTCCCCCCCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109192 TCCTGAAGAAATGTCACCCCCCTTAATGAACTCAGTGTCCCCCCCGCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CATTGTTGCAAGA         GAATCACCCTTCGGTCATCGTGCAGCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109242 CATTGTTGCAAGAGTA...CAGGAATCACCCTTCGGTCATCGTGCAGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGAAGAGACCTTTACCTGTGGAATCCCCGGATACTCAAAGGAAGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114149 GGGAAGAGACCTTTACCTGTGGAATCCCCGGATACTCAAAGGAAGCGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GATACACAGATGTGATTATGATGGATGCAACAAAGTGTACACTAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114199 GATACACAGATGTGATTATGATGGATGCAACAAAGTGTACACTAAAAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCCACTTGAAAGCACACAGAAGAACACACACAG         GAGAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114249 CCCACTTGAAAGCACACAGAAGAACACACACAGGTA...CAGGAGAAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCCTACAAATGTACATGGGAAGGGTGCACATGGAAGTTTGCTCGGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116465 CCCTACAAATGTACATGGGAAGGGTGCACATGGAAGTTTGCTCGGTCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGAACTAACAAGACATTTCCGAAAACATACTGGAATCAAACCTTTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116515 TGAACTAACAAGACATTTCCGAAAACATACTGGAATCAAACCTTTCCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCCCGGACTGTGACCGCAGCTTCTCCCGTTCTGACCATCTTGCCCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116565 GCCCGGACTGTGACCGCAGCTTCTCCCGTTCTGACCATCTTGCCCTCCAT

   1050     .    :    .    :
   1015 AGGAAACGCCACATGCTAGTC
        |||||||||||||||||||||
 116615 AGGAAACGCCACATGCTAGTC