seq1 = pF1KB3464.tfa, 864 bp
seq2 = pF1KB3464/gi568815589r_121241205.tfa (gi568815589r:121241205_121470187), 228983 bp

>pF1KB3464 864
>gi568815589r:121241205_121470187 (Chr9)

(complement)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-165  (114032-114135)   100% ->
166-238  (115515-115587)   100% ->
239-321  (116886-116968)   100% ->
322-525  (120865-121068)   100% ->
526-660  (122039-122173)   100% ->
661-864  (128780-128983)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGAAGCGGCACACACGGGACTCCGAAGCCCAGCGGCTCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGAAGCGGCACACACGGGACTCCGAAGCCCAGCGGCTCCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCTTCAAGG         ACAGCCCCAGTAAGGGCCTTGGACCTTGCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCTTCAAGGGTG...CAGACAGCCCCAGTAAGGGCCTTGGACCTTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATGGATTTTGGTGGCGTTCTCATTCTTATTCACCGTTATAACTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114062 GATGGATTTTGGTGGCGTTCTCATTCTTATTCACCGTTATAACTTTCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCTCAATATGGATGTGCATAAAG         ATTATAAAAGAGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114112 ATCTCAATATGGATGTGCATAAAGGTA...TAGATTATAAAAGAGTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGAGCCATCATCTTTAGATTGGGTCGCATTTTACAAGGAGGAGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115532 AAGAGCCATCATCTTTAGATTGGGTCGCATTTTACAAGGAGGAGCCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACCTG         GTTTGTTTTTTATTCTGCCATGCACTGACAGCTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115582 GACCTGGTC...CAGGTTTGTTTTTTATTCTGCCATGCACTGACAGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATCAAAGTGGACATGAGAACTATTTCATTTGATATTCCTCCTCAGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116921 ATCAAAGTGGACATGAGAACTATTTCATTTGATATTCCTCCTCAGGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322        ATCCTCACAAAGGATTCAGTGACAATTAGCGTGGATGGTGTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116971 A...TAGATCCTCACAAAGGATTCAGTGACAATTAGCGTGGATGGTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCTATTACCGCGTTCAGAATGCAACCCTGGCTGTGGCAAATATCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120908 TCTATTACCGCGTTCAGAATGCAACCCTGGCTGTGGCAAATATCACCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCTGACTCAGCAACCCGTCTTTTGGCACAAACTACTCTGAGGAATGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120958 GCTGACTCAGCAACCCGTCTTTTGGCACAAACTACTCTGAGGAATGTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGCACCAAGAATCTTTCTCAGATCCTCTCTGACAGAGAAGAAATTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121008 GGGCACCAAGAATCTTTCTCAGATCCTCTCTGACAGAGAAGAAATTGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAACATGCAG         TCTACTCTGGATGATGCCACTGATGCCTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 121058 ACAACATGCAGGTG...CAGTCTACTCTGGATGATGCCACTGATGCCTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGAATAAAGGTGGAGCGTGTGGAAATTAAGGATGTGAAACTACCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122069 GGAATAAAGGTGGAGCGTGTGGAAATTAAGGATGTGAAACTACCTGTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTCCAGAGAGCTATGGCTGCAGAAGCAGAAGCGTCCCGCGAGGCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122119 GCTCCAGAGAGCTATGGCTGCAGAAGCAGAAGCGTCCCGCGAGGCCCGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAAG         GTTATTGCAGCCGAAGGAGAAATGAATGCATCCAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122169 CCAAGGTA...TAGGTTATTGCAGCCGAAGGAGAAATGAATGCATCCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTCTGAAAGAAGCCTCCATGGTCATCACTGAATCTCCTGCAGCCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128816 GCTCTGAAAGAAGCCTCCATGGTCATCACTGAATCTCCTGCAGCCCTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTCCGATACCTGCAGACACTGACCACCATTGCTGCTGAGAAAAACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128866 GCTCCGATACCTGCAGACACTGACCACCATTGCTGCTGAGAAAAACTCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAATTGTCTTCCCTCTGCCCATAGATATGCTGCAAGGAATCATAGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128916 CAATTGTCTTCCCTCTGCCCATAGATATGCTGCAAGGAATCATAGGGGCA

    900     .    :    .
    847 AAACACAGCCATCTAGGC
        ||||||||||||||||||
 128966 AAACACAGCCATCTAGGC