seq1 = pF1KB3451.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KB3451/gi568815583f_59668352.tfa (gi568815583f:59668352_59869143), 200792 bp

>pF1KB3451 792
>gi568815583f:59668352_59869143 (Chr15)

1-792  (100001-100792)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTTGGCAAGAACAAGCGCCTTACGAAAGGCGGCAAAAAGGGAGC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTTGGCAAGAACAAGCGCCTTACGAAAGGCGGCAAAAAGGGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAAGAAAGTGGTTGATCCATTTTCTAAGAAAGATTGGTATGATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGAAGAAAGTGGTTGATCCATTTTCTAAGAAAGATTGGTATGATGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCACCTGCTATGTTCAATATAAGAAATATTGGAAAGACGCTCGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCACCTGCTATGTTCAATATAAGAAATATTGGAAAGACGCTCGTCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGACCCAAGGAACCAAAATTGCATCTGATGGTCTCAAGGGTCGTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGACCCAAGGAACCAAAATTGCGTCTGATGGTCTCAAGGGTCGTGTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAAGTGAGTCTTGCTGATTTGCAGAATGATGAAGTTGCATTTAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAAGTGAGTCTTGCTGATTTGCAGAATGATGAAGTTGCATTTAGAAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAAGCTGATTACTGAAGATGTTCAGGGTAAAAACTGCCTGACTAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAAGCTGATTACTGAAGATGTTCAGGGTAAAAACTGCCTGACTAACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATGGCATGGATCTTACCCGTGACAAAATGTGTTCCATGGTCAAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CATGGCATGGATCTTACCCGTGACAAAATGTGTTCCATGGTCAAAAAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGACAATGATTGAAGCTCACGTTGATGTCAAGACTACCGATGGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGACAATGATTGAAGCTCACGTTGATGTCAAGACTACCGATGGTTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCTTCGTCTGTTCTGTGTTGGTTTTACTAAAAAACGCAACAATCAGATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100401 TGCTTCGTCTGTTCTGTGTTGGTTTTACTAAAAAACGCAAAAATCAGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGAAGACCTCTTATGCTCAGCACCAACAGGTCCGCCAAATCCGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGGAAGACCTCTTATGCTCAGCACCAACAGGTCCGCCAAATCCGGAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GATGATGGAAATCATGACCCGAGAGGTGCAGACAAATGACTTGAAAGAAG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GATGATGGAAATCATGATCCGAGAGGTGCAGACAAATGACTTGAAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGTCAATAAATTGATTCCAGACAGCATTGGAAAAGACATAGAAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGTCAATAAATTGATTCCAGACAGCATTGGAAAAGACATAGAAAAGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGCCAATCTATTTATCCTCTCCATGATGTCTTCGTTAGAAAAGTAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGCCAATCTATTTATCCTCTCCATGATGTCTTCGTTAGAAAAGTAAAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGAAGAAGCCCAAGTTTGAATTGGGAAAGCTCATGGAGCTTCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTGAAGAAGCCCAAGTTTGAATTGGGAAAGCTCATGGAGCTTCATGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGGCAGTAGTTCTGGAAAAGCCACTGGGGACGAGACAGGTGCTAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGGCAGTAGTTCTGGAAAAGCCACTGGGGACGAGACAGGTGCTAAAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAACGAGCTGATGGATATGAACCACCAGTCCAAGAATCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAACGAGCTGATGGATATGAACCACCAGTCCAAGAATCTGTT