seq1 = pF1KB3450.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KB3450/gi568815586f_118146084.tfa (gi568815586f:118146084_118346962), 200879 bp

>pF1KB3450 879
>gi568815586f:118146084_118346962 (Chr12)

1-879  (100001-100879)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGATGACGCCGGTGCAGCGGGGGGGCCCGGGGGCCCTGGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
 100001 ATGGCGGATGACGCCGGTGCAGCGGGGGGGCACGGAGGCCCTGGTGGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGATGGGGAACCGCGGTGGCTTCCGCGGAGGTTTCGGCAGTGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGATGGGGAACCGCGGTGGCTTCCGCGGAGGTTTCGGCAGTGGCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGCCGGGGTCGCGGCCGTGGACGGGGCCGGGGCCGAGGCCGCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGCCGGGGTCGCGGCCGTGGACGGGGCCGGGGCCGAGGCCGCGGAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCGGAGGCAAGGCCGAGGATAAGGAGTGGATGCCCGTCACCAAGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCGGAGGCAAGGCCGAGGATAAGGAGTGGATGCCCGTCACCAAGTTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCTTGGTCAAGGACATGAAGATCAAGTCCCTGGAGGAGATCTATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCTTGGTCAAGGACATGAAGATCAAGTCCCTGGAGGAGATCTATCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTCCCTGCCCATTAAGGAATCAGAGATCATTGATTTCTTCCTGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTCCCTGCCCATTAAGGAATCAGAGATCATTGATTTCTTCCTGGGGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTCTCAAGGATGAGGTTTTGAAGATTATGCCAGTGCAGAAGCAGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCTCTCAAGGATGAGGTTTTGAAGATTATGCCAGTGCAGAAGCAGACCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCCGGCCAGCGCACCAGGTTCAAGGCATTTGTTGCTATCGGGGACTACA
        |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100351 TGCCAGCCAGCGCACCAGGTTCAAGGCGTTTGTTGCTATCGGGGACTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGGCCACGTCGGTCTGGGTGTTAAGTGCTCCAAGGAGGTGGCCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGGCCACGTCGGTCTGGGTGTTAAGTGCTCCAAGGAGGTGGCCACCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCCGTGGGGCCATCATCCTGGCCAAGCTCTCCATCGTCCCCGTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100451 ATCCGTGGGGCCATCATCCTGGCCAAGCTCTCCATTGTCCCCGTGCGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGCTACTGGGGGAACAAGATCGGCAAGCCCCACACTGTCCCTTGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGCTACTGGGGGAACAAGATCGGCAAGCCCCACACTGTCCCTTGCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGACAGGCCGCTGCGGCTCTGTGCTGGTACGCCTCATCCCTGCACCCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100551 TGACAGGCCGCTGCGGCTCTGTGCTGGTGCGCCTCATCCCTGCACCCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCACTGGCATCGTCTCCGCACCTGTGCCTAAGAAGCTGCTCATGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCACTGGCATCGTCTCCGCACCTGTGCCTAAGAAGCTGCTCATGATGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGGTATCGATGACTGCTACACCTCAGCCCGGGGCTGCACTGCCACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGGTATCGATGACTGCTACACCTCAGCCCGGGGCTGCACTGCCACCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAACTTCGCCAAGGCCACCTTTGATGCCATTTCTAAGACCTACAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAACTTCGCCAAGGCCACCTTTGATGCCATTTCTAAGACCTACAGCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGACCCCCGACCTCTGGAAGGAGACTGTATTCACCAAGTCTCCCTATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100751 CTGACCCCCGACCTCTGGAAGGAGACTGTATTTACCAAGTCTCCCTATCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAGTTCACTGACCACCTCGTCAAGACCCACACCAGAGTCTCCGTGCAGC
        ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGAATTCACTGACCACCTCGTTAAGACCCACACCAGAGTCTCCGTGCAGC

    850     .    :    .    :    .
    851 GGACTCAGGCTCCAGCTGTGGCTACAACA
        ||||||||| |||||||||||||||||||
 100851 GGACTCAGGATCCAGCTGTGGCTACAACA