seq1 = pF1KB3446.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KB3446/gi568815597r_101686339.tfa (gi568815597r:101686339_101887186), 200848 bp

>pF1KB3446 885
>gi568815597r:101686339_101887186 (Chr1)

(complement)

1-885  (99967-100848)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGGAGCCCTTGATGTCCTGCAAATGAAGGAGGAGGATGTCCTTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||---||||||||||||||||
  99967 ATGTCCGGAGCCCTTGATGTCCTGCAAATGA   AGGAGGATGTCCTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCCTTGCAGCAGGAACCCACTTAGGTGGCACCAATCTTGACTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 GTTCCTTGCAGCAGGAACCCACTTAGGTGGCACCAATCTTGACTTCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAACAGTACATCTATAAAAGGAAAAGTGATGGCATCTATATCATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 TGGAACAGTACATCTATAAAAGGAAAAGTGATGGCATCTATATCATAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCAAGAGGACCTGGGAGAAGCTTCTGCTGGCAGCTCGTGCAATTGTTGC
        || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
 100114 CTGAAGAGGACCTGGGAGAAGCTTCTGCTGGCAGGTCGTGCTATTGTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATTGAAAACCCTGCTGATGTCAGTGTTATATCCTCCAGGAATACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100164 CATTGAAAACCCTGCTGATGTCAGTGTTATATCCTCCAGGAATACTGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAGGGCTGTGCTGAAGTTTGCTGCTGCCACTGGAGCCACTCCAATTGCT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100214 AGAGGGCTGTGCTGAAATTTGCTGCTGCCACTGGAGCCACTCCAATTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCGCTTCACTCCTGGAACCTTCACTAACCAGATCCAGGCAGCCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100264 GGCCGCTTCACTCCTGGAACCTTCACTAACCGGATCCAGGCAGCCTTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGCCACGGCTTCTTGTGGTTACTGACCCCAGGGCTGACCACCAGCCTC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100314 GGAGCCACGGCTTGTTGTGGTTACTGACCCCAGGGCTGACCACCAGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCACGGAGGCATCTTATGTTAACCTACCTACCATTGCGCTGTGTAACACA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100364 TCACAGAGGCATCTTATGTTAACCTACCTACCATTGCGCTGTGTAACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATTCTCCTCTGCGCTATGTGGACATTGCCATCCCATGCAACAACAAGGG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100414 GATTCTCCTCTGTGCTATGTGGACATTGCCATCCCATGCAACAACAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCTCACTCAGTGGGTTTGATGTGGTGGATGCTGGCTCGGGAAGTTCTGC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100464 AACTCACTCAGTGGGTTTGATGTGGTGGATGCTGGCTCGGGAAGTTCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCATGCGTGGCACCATTTCCCGTGAACACCCATGGGAGGTCATGCCTGAT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100514 GCATGTGTGGCACCATTTCCCGTGAACACCCATGGGAGGTCATGCCTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGTACTTCTACAGAGATCCTGAAGAGATTGAAAAAGAAGAGCAGGCTGC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100564 CTGTACTTCGACAGAGATCCTGAAGAGATTGAAAAAGAAGAGCAGGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCTGAGAAGGCAGTGACCAAGGAGGAATTTCAGGGTGAATGGACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100614 TGCTGAGAAGGCAGTGACCAAGGAGGAATTTCAGGGTGAATGGACTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCGCTCCTGAGTTCACTGCTACTCAGCCTGAGGTTGCAGACTGGTCTGAA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100664 CAGCTCCTGAGTTCACTGCTACTCAGCCTGAGGTTGCAGACTGGTCTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGTGTACAGGTGCCCTCTGTGCCTATTCAGCAATTCCCTACTGAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100714 GGTGTACAGGTGCCCTCTGTGCCTATTCAGCAATTCCCTACTGAAGACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAGCGCTCAGCCTGCCACGGAAGACTGGTCTGCAGCTCCCACTGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100764 GAGCGCTCAGCCTGCCACGGAAGACTGGTCTGCAGCTCCCACTGCTCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .
    851 CCACTGAATGGGTAGGAGCAACCACTGACTGGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100814 CCACTGAATGGGTAGGAGCAACCACTGACTGGTCT