seq1 = pF1KB3446.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KB3446/gi568815589f_76298736.tfa (gi568815589f:76298736_76499583), 200848 bp

>pF1KB3446 885
>gi568815589f:76298736_76499583 (Chr9)

1-885  (99964-100848)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGGAGCCCTTGATGTCCTGCAAATGAAGGAGGAGGATGTCCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99964 ATGTCCGGAGCCCTTGATGTCCTGCAAATGAAGGAGGAGGATGTCCTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCCTTGCAGCAGGAACCCACTTAGGTGGCACCAATCTTGACTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 GTTCCTTGCAGCAGGAACCCACTTAGGTGGCACCAATCTTGACTTCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAACAGTACATCTATAAAAGGAAAAGTGATGGCATCTATATCATAAAT
        ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100064 TGGAACAGTACATCTGTAAAAGGAAAAGTAATGGCATCTATATCATAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCAAGAGGACCTGGGAGAAGCTTCTGCTGGCAGCTCGTGCAATTGTTGC
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
 100114 CTGAAGAGGACCTGGGAGAAGCTTCTGCTGGCAGCTAGTGCTATTGTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATTGAAAACCCTGCTGATGTCAGTGTTATATCCTCCAGGAATACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100164 CATTGAAAACCCTGCTGATGTCAGTGTTATATCCTCCAGGAATACTGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAGGGCTGTGCTGAAGTTTGCTGCTGCCACTGGAGCCACTCCAATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100214 AGAGGGCTGTGCTGAAGTTTGCTGCTGCCACTGGAGCCACTCCAATTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCGCTTCACTCCTGGAACCTTCACTAACCAGATCCAGGCAGCCTTCCG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100264 GGCCACTTCACTCCTGGAACCTTCACTAACCAGATCCAGGCAGCCTTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGCCACGGCTTCTTGTGGTTACTGACCCCAGGGCTGACCACCAGCCTC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100314 GGAGCCATGGCTTCTTGTGGTTACTGACCCCAGGGCTGACCACCAGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCACGGAGGCATCTTATGTTAACCTACCTACCATTGCGCTGTGTAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100364 TCACGGAGGCATCTTATGTTAACCTACCTACCATTGCTCTGTGTAACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATTCTCCTCTGCGCTATGTGGACATTGCCATCCCATGCAACAACAAGGG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100414 GATTCTCCTATGCGCTATGTGGACATTGCCATCCCATGCAACAACAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCTCACTCAGTGGGTTTGATGTGGTGGATGCTGGCTCGGGAAGTTCTGC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100464 AGCTCACTCAGTGGGTTTGATGTGGTAGATGCTGGCTCGGGAAGTTCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCATGCGTGGCACCATTTCCCGTGAACACCCATGGGAGGTCATGCCTGAT
        ||||| || |||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||
 100514 GCATGTGTAGCACGATTTCCTATGACCACCCGTGGGAGGTCATGCCTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGTACTTCTACAGAGATCCTGAAGAGATTGAAAAAGAAGAGCAGGCTGC
        || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100564 CTCTACTTCTACAGAGATCCTGAAGATATTGAAAAAGAAGAGCAGGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCTGAGAAGGCAGTGACCAAGGAGGAATTTCAGGGTGAATGGACTGCTC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100614 TGCTGAAAAGGCAGTGACCAAGGAGGAATTTCAGGGTGAATGGACTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCGCTCCTGAGTTCACTGCTACTCAGCCTGAGGTTGCAGACTGGTCTGAA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100664 CAGCTCCTGAGTTCACTGCTACTCAGCCTGAGGTTGCAGACTGGTCTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGTGTACAGGTGCCCTCTGTGCCTATTCAGCAATTCCCTACTGAAGACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100714 GGTGTACAGGTGCCCTCTGTGCCTATTCAGCAGTTCCCTACTGAAGACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAGCGCTCAGCCTGCCACGGAAGACTGGTCTGCAGCTCCCACTGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100764 GAGCGCTCAGCCTGCCACGGAAGACTGGTCTGCAGCTCCCACTGCTCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .
    851 CCACTGAATGGGTAGGAGCAACCACTGACTGGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100814 CCACTGAATGGGTAGGAGCAACCACTGACTGGTCT