seq1 = pF1KB3443.tfa, 744 bp
seq2 = pF1KB3443/gi568815586f_18989167.tfa (gi568815586f:18989167_19189888), 200722 bp

>pF1KB3443 744
>gi568815586f:18989167_19189888 (Chr12)

1-744  (99985-100722)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGTGTAGAAGAGAAGAAGAAGGAGGTTCCTGCTGTGCCAGAAAC
        |||||| |||||||||||||||------|||||| |||||||||||||||
  99985 ATGGAGTGTGTAGAAGAGAAGA      AGGTTCTTGCTGTGCCAGAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTAAGAAAAAGCGAAGGAATTTCGCAGAGCTGAAGATCAAGCGCCTGA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100029 CCTTAAGAAAAAGCGAAGGAATTTTGCAGAGCTGAAGATCAAGCGCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAAGAAGTTTGCCCAAAAGATGCTTCGAAAGGCAAGGAGGAAGCTTATC
        ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
 100079 GAAAGAAGTTTGCCCAAAAGACGCTTCGAAAGACAAGGAGGAAGCTTATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATGAAAAAGCAAAGCACTATCACAAGGAATATAGGCAGATGTACAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100129 TATGAAAAAGCAAAGCACTATCACAAGGAATACAGGCAGATGTACAGAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAAATTCGAATGGCGAGGATGGCAAGAAAAGCTGGCAACTTCTATGTAC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100179 TGAAATTCGAAAGGCGAGGATGGCAAGAAAAGCTGGCAATTTCTATGTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGCAGAACCCAAATTGGCGTTTGTCATCAGAATCAGAGGTATCAATGGA
        ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| 
 100229 CTGCAGAACCCAAATTGGCATTTGTCGTCAGAATCAGAGGTGTCAATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGAGCCCAAAGGTTCGAAAGGTGTTGCAGCTTCTTCGCCTTCGTCAAAT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100279 GTGAGCCCAAAGGTCCGAAAGGTGTTGCAGCTTCTTCGCCTTCGTCAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCAATGGAACCTTTGTGAAGCTCAACAAGGCTTCGATTAACATGCTGA
        ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100329 CTTCAATGGCACCTTTGTGAAGCTCGACAAGGCTTCGATTAACATGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGATTGTAGAGCCATATATTGCATGGGGGTACCCCAATCTGAAGTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100379 GGATTGTAGAGCCATATATTGCATGGGGGTACCCCAATCTGAAGTCAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATGAACTAATCTACAAGCGTGGTTATGGCAAAATCAATAAGAAGCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100429 AATGAACTAATCTACAAGCGTGGTTATGGCAAAATGAATAAGAAGCGAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCTTTGACAGATAACGCTTTGATTGCTCGATCTCTTGGTAAATACGGCA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100479 TGCTTTGACAGATAACACTTTGATTGCTCGATCTCTTGGTAAATACGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCATCTGCATGGAGGATTTGATTCATGAGATCTATACTGTTGGAAAACGC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100529 TCATCTGCATGGAGGATCTGATTCATGAGATCTATACTGTTGGAAAAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCAAAGAGGCAAATAACTTCCTGTGGCCCTTCAAATTGTCTTCTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100579 TTCAAAGAGGCAAATAACTTCCTGTGGGCCTTCAAATTGTCTTCTCCACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGGTGGAATGAAGAAAAAGACCACCCATTTTGTAGAAGGTGGAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100629 AGGTGGAATGAAGAAAAAGACCACCCATTTTGTAGAAGGTGGAGATGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAACAGGGAGGACCAGATCAACAGGCTTATTAGAAGAATGAAC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100679 GCAACAGGGAGGACCAGGTCAACAGGCTTATTAGAAGAATGAAC