seq1 = pF1KB3435.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KB3435/gi568815581f_7474259.tfa (gi568815581f:7474259_7678483), 204225 bp

>pF1KB3435 1218
>gi568815581f:7474259_7678483 (Chr17)

1-23  (98584-98606)   100% ->
24-72  (100002-100050)   100% ->
73-205  (100288-100420)   99% ->
206-345  (100861-101000)   100% ->
346-514  (102266-102434)   100% ->
515-624  (102798-102907)   100% ->
625-768  (103086-103229)   100% ->
769-906  (103311-103448)   100% ->
907-996  (103569-103658)   100% ->
997-1076  (103907-103986)   100% ->
1077-1218  (104084-104225)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGCGAGCCAGGATTCCCG         ATCCAGAGACAATGGCCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  98584 ATGTCTGCGAGCCAGGATTCCCGGTA...CAGATCCAGAGACAATGGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGATGGGATGGAGCCCGAAGGCGTCATCGAG         AGTAACTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100020 CGATGGGATGGAGCCCGAAGGCGTCATCGAGGTG...TAGAGTAACTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ATGAGATTGTTGACAGCTTTGATGACATGAACCTCTCGGAGTCCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100298 ATGAGATTGTTGACAGCTTTGATGACATGAACCTCTCGGAGTCCCTTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CGTGGCATCTACGCCTATGGTTTTGAGAAGCCCTCTGCCATCCAGCAGCG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100348 CGTGGCATCTACGCGTATGGTTTTGAGAAGCCCTCTGCCATCCAGCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCCATTCTACCTTGTATCAAGG         GTTATGATGTGATTGCTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100398 AGCCATTCTACCTTGTATCAAGGGTG...TAGGTTATGATGTGATTGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGCCCAATCTGGGACTGGGAAAACGGCCACATTTGCCATATCGATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100879 AAGCCCAATCTGGGACTGGGAAAACGGCCACATTTGCCATATCGATTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGCAGATTGAATTAGATCTAAAAGCCACCCAGGCCTTGGTCCTAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100929 CAGCAGATTGAATTAGATCTAAAAGCCACCCAGGCCTTGGTCCTAGCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACTCGAGAATTGGCTCAGCAG         ATACAGAAGGTGGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100979 CACTCGAGAATTGGCTCAGCAGGTA...CAGATACAGAAGGTGGTCATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CACTAGGAGACTACATGGGCGCCTCCTGTCACGCCTGTATCGGGGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102285 CACTAGGAGACTACATGGGCGCCTCCTGTCACGCCTGTATCGGGGGCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACGTGCGTGCTGAGGTGCAGAAACTGCAGATGGAAGCTCCCCACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102335 AACGTGCGTGCTGAGGTGCAGAAACTGCAGATGGAAGCTCCCCACATCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGTGGGTACCCCTGGCCGTGTGTTTGATATGCTTAACCGGAGATACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102385 CGTGGGTACCCCTGGCCGTGTGTTTGATATGCTTAACCGGAGATACCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515          CCCCCAAATACATCAAGATGTTTGTACTGGATGAAGCTGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102435 GTG...TAGCCCCCAAATACATCAAGATGTTTGTACTGGATGAAGCTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAATGTTAAGCCGTGGATTCAAGGACCAGATCTATGACATATTCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102839 GAAATGTTAAGCCGTGGATTCAAGGACCAGATCTATGACATATTCCAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTCAACAGCAACACCCAG         GTAGTTTTGCTGTCAGCCACAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102889 GCTCAACAGCAACACCCAGGTG...TAGGTAGTTTTGCTGTCAGCCACAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCCTTCTGATGTGCTTGAGGTGACCAAGAAGTTCATGAGGGACCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103108 TGCCTTCTGATGTGCTTGAGGTGACCAAGAAGTTCATGAGGGACCCCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGGATTCTTGTCAAGAAGGAAGAGTTGACCCTGGAGGGTATCCGCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103158 CGGATTCTTGTCAAGAAGGAAGAGTTGACCCTGGAGGGTATCCGCCAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTACATCAACGTGGAACGAGAG         GAGTGGAAGCTGGACACAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103208 CTACATCAACGTGGAACGAGAGGTG...CAGGAGTGGAAGCTGGACACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TATGTGACTTGTATGAAACCCTGACCATCACCCAGGCAGTCATCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103330 TATGTGACTTGTATGAAACCCTGACCATCACCCAGGCAGTCATCTTCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACACCCGGAGGAAGGTGGACTGGCTCACCGAGAAGATGCATGCTCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103380 AACACCCGGAGGAAGGTGGACTGGCTCACCGAGAAGATGCATGCTCGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTTCACTGTATCCGCCATG         CATGGAGATATGGACCAAAAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103430 TTTCACTGTATCCGCCATGGTG...CAGCATGGAGATATGGACCAAAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AACGAGACGTGATTATGAGGGAGTTTCGTTCTGGCTCTAGCAGAGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103591 AACGAGACGTGATTATGAGGGAGTTTCGTTCTGGCTCTAGCAGAGTTTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATTACCACTGACCTGCTG         GCCAGAGGCATTGATGTGCAGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103641 ATTACCACTGACCTGCTGGTG...TAGGCCAGAGGCATTGATGTGCAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGTTTCTTTAGTCATCAACTATGACCTTCCCACCAACAGGGAAAACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103930 GGTTTCTTTAGTCATCAACTATGACCTTCCCACCAACAGGGAAAACTATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCCACAG         AATCGGTCGAGGTGGACGGTTTGGCCGTAAAGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103980 TCCACAGGTA...CAGAATCGGTCGAGGTGGACGGTTTGGCCGTAAAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTGGCTATTAACATGGTGACAGAAGAAGACAAGAGGACTCTTCGAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104118 GTGGCTATTAACATGGTGACAGAAGAAGACAAGAGGACTCTTCGAGACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGAGACCTTCTACAACACCTCCATTGAGGAAATGCCCCTCAATGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104168 TGAGACCTTCTACAACACCTCCATTGAGGAAATGCCCCTCAATGTTGCTG

   1300     .
   1211 ACCTCATC
        ||||||||
 104218 ACCTCATC