seq1 = pF1KB3424.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KB3424/gi568815595f_68535705.tfa (gi568815595f:68535705_68737024), 201320 bp

>pF1KB3424 1320
>gi568815595f:68535705_68737024 (Chr3)

1-1320  (100001-101320)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCAAAGTCAGAGTGGTGGTCATGGTCCTGGAGGTGGCAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCAAAGTCAGAGTGGTGGTCATGGTCCTGGAGGTGGCAAGAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACAAGGACAAGAAAAAGAAATATGAACCTCCTGTACCAACTAGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACAAGGACAAGAAAAAGAAATATGAACCTCCTGTACCAACTAGAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAAAAAGAAGAAGAAAACAAAGGGACCAGATGCTGCCAGCAAACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAAAAAGAAGAAGAAAACAAAGGGACCAGATGCTGCCAGCAAACTGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGTGACACCTCACACTCAGTGCCGGTTAAAATTACTGAAGTTAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGTGACACCTCACACTCAGTGCCGGTTAAAATTACTGAAGTTAGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATTAAAGACTATCTTCTCATGGAGGAAGAATTCATTAGAAATCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AATTAAAGACTATCTTCTCATGGAGGAAGAATTCATTAGAAATCAGGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAATGAAACCATTAGAAGAAAAGCAAGAGGAGGAAAGATCAAAAGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAATGAAACCATTAGAAGAAAAGCAAGAGGAGGAAAGATCAAAAGTGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATCTGAGGGGGACCCCGATGTCAGTAGGAACCTTGGAAGAGATCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATCTGAGGGGGACCCCGATGTCAGTAGGAACCTTGGAAGAGATCATTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGACAATCATGCCATCGTGTCTACATCTGTGGGCTCAGAACACTACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGACAATCATGCCATCGTGTCTACATCTGTGGGCTCAGAACACTACGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCATTCTTTCATTTGTAGACAAGGATCTGCTGGAACCTGGCTGCTCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCATTCTTTCATTTGTAGACAAGGATCTGCTGGAACCTGGCTGCTCGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCTCAACCACAAGGTGCATGCCGTGATAGGGGTGCTGATGGATGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGCTCAACCACAAGGTGCATGCCGTGATAGGGGTGCTGATGGATGACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGATCCCCTGGTCACAGTGATGAAGGTAGAAAAGGCCCCCCAGGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGATCCCCTGGTCACAGTGATGAAGGTAGAAAAGGCCCCCCAGGAGACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATGCAGATATTGGGGGGTTGGACAACCAAATTCAGGAAATTAAGGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATGCAGATATTGGGGGGTTGGACAACCAAATTCAGGAAATTAAGGAATCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGGAGCTTCCTCTCACCCATCCTGAATATTATGAAGAGATGGGTATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGGAGCTTCCTCTCACCCATCCTGAATATTATGAAGAGATGGGTATAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCCTCCTAAGGGGGTCATTCTCTATGGTCCACCTGGCACAGGTAAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCCTCCTAAGGGGGTCATTCTCTATGGTCCACCTGGCACAGGTAAAACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGTTAGCCAAAGCAGTAGCAAACCAAACCTCAGCCACTTTCTTGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGTTAGCCAAAGCAGTAGCAAACCAAACCTCAGCCACTTTCTTGAGAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTTGGCTCTGAACTTATTCAGAAGTACCTAGGTGATGGGCCCAAACTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTTGGCTCTGAACTTATTCAGAAGTACCTAGGTGATGGGCCCAAACTCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACGGGAATTGTTCCGAGTTGCTGAAGAACATGCACCGTCCATCGTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACGGGAATTGTTCCGAGTTGCTGAAGAACATGCACCGTCCATCGTGTTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGATGAAATTGACGCCATTGGGACAAAAAGATATGACTCCAATTCTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100851 TTGATGAAATTGACGCCATTGGGACAAAAAGATAAGACTCCAATTCTGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGTGAGAGAGAAATTCAGCGAACAATGTTGGAACTGCTGAACCAGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGTGAGAGAGAAATTCAGCGAACAATGTTGGAACTGCTGAACCAGTTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGGATTTGATTCTAGGGGAGATGTGAAAGTTATCATGGCCACAAACCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGGATTTGATTCTAGGGGAGATGTGAAAGTTATCATGGCCACAAACCGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TAGAAACTTTGGATCCAGCACTTATCAGACCAGGCCGCATTGACAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TAGAAACTTTGGATCCAGCACTTATCAGACCAGGCCGCATTGACAGGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATTGAGTTCCCCCTGCCTGATGAAAAGACGAAGAAGCGCATCTTTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATTGAGTTCCCCCTGCCTGATGAAAAGACGAAGAAGCGCATCTTTCAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TCACACAAGCAGGATGACGCTGGCTGATGATGTAACCCTGGACGACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TCACACAAGCAGGATGACGCTGGCTGATGATGTAACCCTGGACGACCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCATGGCTAAAGATGACCTCTCTGGTGCTGACATCAAGGCAATCTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCATGGCTAAAGATGACCTCTCTGGTGCTGACATCAAGGCAATCTGTACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GAAGCTGGTCTGATGGCCTTAAGAGAACGTAGAATGAAAGTAACAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GAAGCTGGTCTGATGGCCTTAAGAGAACGTAGAATGAAAGTAACAAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AGACTTCAAAAAATCTAAAGAAAATGTTCTTTATAAGAAACAGGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AGACTTCAAAAAATCTAAAGAAAATGTTCTTTATAAGAAACAGGAAGGCA

   1300     .    :    .    :
   1301 CCCCTGAGGGGCTGTATCTC
        ||||||||||||||||||||
 101301 CCCCTGAGGGGCTGTATCTC