seq1 = pF1KB3421.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KB3421/gi568815587f_75300692.tfa (gi568815587f:75300692_75504862), 204171 bp

>pF1KB3421 729
>gi568815587f:75300692_75504862 (Chr11)

1-30  (98857-98886)   100% ->
31-161  (100003-100133)   100% ->
162-255  (100949-101042)   100% ->
256-350  (101661-101755)   100% ->
351-538  (103329-103516)   100% ->
539-729  (103981-104171)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGTGCAAATATCCAAGAAGAGGAAG         TTTGTCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  98857 ATGGCAGTGCAAATATCCAAGAAGAGGAAGGTG...TAGTTTGTCGCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGCATCTTCAAAGCTGAACTGAATGAGTTTCTTACTCGGGAGCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 TGGCATCTTCAAAGCTGAACTGAATGAGTTTCTTACTCGGGAGCTGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGATGGCTACTCTGGAGTTGAGGTGCGAGTTACACCAACCAGGACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 AAGATGGCTACTCTGGAGTTGAGGTGCGAGTTACACCAACCAGGACAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCATTATCTTAGCCACCAG         AACACAGAATGTTCTTGGTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100114 ATCATTATCTTAGCCACCAGGTA...CAGAACACAGAATGTTCTTGGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGGGCCGGCGGATTCGGGAACTGACTGCTGTAGTTCAGAAGAGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100970 GAAGGGCCGGCGGATTCGGGAACTGACTGCTGTAGTTCAGAAGAGGTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTTTCCAGAGGGCAGTGTAGAG         CTTTATGCTGAAAAGGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101020 GCTTTCCAGAGGGCAGTGTAGAGGTG...AAGCTTTATGCTGAAAAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCACTAGAGGTCTGTGTGCCATTGCCCAGGCAGAGTCTCTGCGTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101679 GCCACTAGAGGTCTGTGTGCCATTGCCCAGGCAGAGTCTCTGCGTTACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTCCTAGGAGGGCTTGCTGTGCGGAG         GGCCTGCTATGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101729 ACTCCTAGGAGGGCTTGCTGTGCGGAGGTA...AAGGGCCTGCTATGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTGCGGTTCATCATGGAGAGTGGGGCCAAAGGCTGCGAGGTTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103343 TGCTGCGGTTCATCATGGAGAGTGGGGCCAAAGGCTGCGAGGTTGTGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTGGGAAACTCCGAGGACAGAGGGCTAAATCCATGAAGTTTGTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103393 TCTGGGAAACTCCGAGGACAGAGGGCTAAATCCATGAAGTTTGTGGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGATGATCCACAGCGGAGACCCTGTTAACTACTACGTTGACACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103443 CCTGATGATCCACAGCGGAGACCCTGTTAACTACTACGTTGACACTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCGCCACGTGTTGCTCAGACAGG         GTGTGCTGGGCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103493 TGCGCCACGTGTTGCTCAGACAGGGTG...TAGGTGTGCTGGGCATCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGAAGATCATGCTGCCCTGGGACCCAACTGGTAAGATTGGCCCTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103998 GTGAAGATCATGCTGCCCTGGGACCCAACTGGTAAGATTGGCCCTAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCCCTGCCTGACCACGTGAGCATTGTGGAACCCAAAGATGAGATACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104048 GCCCCTGCCTGACCACGTGAGCATTGTGGAACCCAAAGATGAGATACTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCACCACCCCCATCTCAGAACAGAAGGGTGGGAAGCCAGAGCCGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104098 CCACCACCCCCATCTCAGAACAGAAGGGTGGGAAGCCAGAGCCGCCTGCC

    750     .    :    .    :
    706 ATGCCCCAGCCAGTCCCCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||
 104148 ATGCCCCAGCCAGTCCCCACAGCA