seq1 = pF1KB3414.tfa, 2628 bp
seq2 = pF1KB3414/gi568815581f_47550245.tfa (gi568815581f:47550245_47780667), 230423 bp

>pF1KB3414 2628
>gi568815581f:47550245_47780667 (Chr17)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-99  (100142-100200)   100% ->
100-282  (102450-102632)   100% ->
283-483  (106616-106816)   100% ->
484-636  (108264-108416)   100% ->
637-696  (110875-110934)   100% ->
697-786  (112845-112934)   100% ->
787-897  (113915-114025)   100% ->
898-999  (114813-114914)   100% ->
1000-1224  (117942-118166)   100% ->
1225-1416  (119434-119625)   100% ->
1417-1547  (120458-120588)   100% ->
1548-1695  (122774-122921)   100% ->
1696-1767  (123246-123317)   100% ->
1768-1912  (124394-124538)   99% ->
1913-1995  (126165-126247)   100% ->
1996-2103  (126776-126883)   100% ->
2104-2247  (127802-127945)   100% ->
2248-2353  (128064-128169)   100% ->
2354-2468  (129776-129890)   100% ->
2469-2628  (130264-130423)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGATCACCATTCTCGAGAAGACCGTGTCTCCCG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGAGCTGATCACCATTCTCGAGAAGACCGTGTCTCCCGGTA...TAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCGGCTGGAGCTGGAAGCGGCGCAGAAGTTCCTGGAGCGTGCGGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100143 TCGGCTGGAGCTGGAAGCGGCGCAGAAGTTCCTGGAGCGTGCGGCCGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAACCTG         CCCACTTTCCTTGTGGAACTGTCCAGAGTGCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100193 AGAACCTGGTG...CAGCCCACTTTCCTTGTGGAACTGTCCAGAGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCAAATCCAGGAAACAGTCAGGTTGCCAGAGTTGCAGCTGGTCTACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102483 GCAAATCCAGGAAACAGTCAGGTTGCCAGAGTTGCAGCTGGTCTACAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGAACTCTTTGACATCTAAAGATCCAGATATCAAGGCACAATATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 CAAGAACTCTTTGACATCTAAAGATCCAGATATCAAGGCACAATATCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGGTGGCTTGCTATTGATGCTAATGCTCGACGAGAAGTCAAGAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102583 AGAGGTGGCTTGCTATTGATGCTAATGCTCGACGAGAAGTCAAGAACTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          GTTTTGCAGACATTGGGTACAGAAACTTACCGGCCTAGTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102633 GTG...CAGGTTTTGCAGACATTGGGTACAGAAACTTACCGGCCTAGTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCCTCACAGTGTGTGGCTGGTATTGCTTGTGCAGAGATCCCAGTAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106657 TGCCTCACAGTGTGTGGCTGGTATTGCTTGTGCAGAGATCCCAGTAAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTGGCCAGAACTCATTCCTCAGCTGGTGGCCAATGTCACAAACCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106707 AGTGGCCAGAACTCATTCCTCAGCTGGTGGCCAATGTCACAAACCCCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCACAGAGCACATGAAGGAGTCGACATTGGAAGCCATCGGTTATATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106757 AGCACAGAGCACATGAAGGAGTCGACATTGGAAGCCATCGGTTATATTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAAGATATA         GACCCAGAGCAGCTACAAGATAAATCCAATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106807 CCAAGATATAGTA...CAGGACCCAGAGCAGCTACAAGATAAATCCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGATTCTGACTGCCATAATCCAGGGGATGAGGAAAGAAGAGCCTAGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108295 AGATTCTGACTGCCATAATCCAGGGGATGAGGAAAGAAGAGCCTAGTAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATGTGAAGCTAGCTGCTACGAATGCACTCCTGAACTCATTGGAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108345 AATGTGAAGCTAGCTGCTACGAATGCACTCCTGAACTCATTGGAGTTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAAGCAAACTTTGATAAAGAG         TCTGAAAGGCACTTTATTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108395 CAAAGCAAACTTTGATAAAGAGGTA...CAGTCTGAAAGGCACTTTATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCAGGTGGTCTGTGAAGCCACACAGTGTCCAGATACGAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110894 TGCAGGTGGTCTGTGAAGCCACACAGTGTCCAGATACGAGGGTA...AAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTACGAGTGGCTGCTTTACAGAATCTGGTGAAGATAATGTCCTTATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112845 GTACGAGTGGCTGCTTTACAGAATCTGGTGAAGATAATGTCCTTATATTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCAGTACATGGAGACATATATGGGTCCTGCTCTTTTTGCA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112895 TCAGTACATGGAGACATATATGGGTCCTGCTCTTTTTGCAGTA...AAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCACAATCGAAGCAATGAAAAGTGACATTGATGAGGTGGCTTTACAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113916 TCACAATCGAAGCAATGAAAAGTGACATTGATGAGGTGGCTTTACAAGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATAGAATTCTGGTCCAATGTCTGTGATGAGGAAATGGATTTGGCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113966 ATAGAATTCTGGTCCAATGTCTGTGATGAGGAAATGGATTTGGCCATTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCTTCAGAG         GCAGCAGAACAAGGACGGCCCCCTGAGCACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 114016 AGCTTCAGAGGTG...CAGGCAGCAGAACAAGGACGGCCCCCTGAGCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCAGCAAGTTTTATGCGAAGGGAGCACTACAGTATCTGGTTCCAATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114844 CCAGCAAGTTTTATGCGAAGGGAGCACTACAGTATCTGGTTCCAATCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACACAGACACTAACTAAACAG         GACGAAAATGATGATGACGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114894 ACACAGACACTAACTAAACAGGTG...CAGGACGAAAATGATGATGACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGACTGGAACCCCTGCAAAGCAGCAGGGGTGTGCCTCATGCTTCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117962 TGACTGGAACCCCTGCAAAGCAGCAGGGGTGTGCCTCATGCTTCTGGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCTGCTGTGAAGATGACATTGTCCCACATGTCCTCCCCTTCATTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118012 CCTGCTGTGAAGATGACATTGTCCCACATGTCCTCCCCTTCATTAAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CACATCAAGAACCCAGATTGGCGGTACCGGGATGCAGCAGTGATGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118062 CACATCAAGAACCCAGATTGGCGGTACCGGGATGCAGCAGTGATGGCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGGTTGTATCTTGGAAGGACCAGAGCCCAGTCAGCTCAAACCACTAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118112 TGGTTGTATCTTGGAAGGACCAGAGCCCAGTCAGCTCAAACCACTAGTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TACAG         GCTATGCCCACCCTAATAGAATTAATGAAAGACCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118162 TACAGGTG...CAGGCTATGCCCACCCTAATAGAATTAATGAAAGACCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGTGTAGTTGTTCGAGATACAGCTGCATGGACTGTAGGCAGAATTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119470 AGTGTAGTTGTTCGAGATACAGCTGCATGGACTGTAGGCAGAATTTGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCTGCTTCCTGAAGCTGCCATCAATGATGTCTACTTGGCTCCCCTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119520 GCTGCTTCCTGAAGCTGCCATCAATGATGTCTACTTGGCTCCCCTGCTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGTGTCTGATTGAGGGTCTCAGTGCTGAACCCAGAGTGGCTTCAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119570 AGTGTCTGATTGAGGGTCTCAGTGCTGAACCCAGAGTGGCTTCAAATGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TGCTGG         GCTTTCTCCAGTCTGGCTGAAGCTGCTTATGAAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119620 TGCTGGGTA...CAGGCTTTCTCCAGTCTGGCTGAAGCTGCTTATGAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGCAGACGTTGCTGATGATCAGGAAGAACCAGCTACTTACTGCTTATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120493 TGCAGACGTTGCTGATGATCAGGAAGAACCAGCTACTTACTGCTTATCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTTCATTTGAACTCATAGTTCAGAAGCTCCTAGAGACTACAGACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 120543 CTTCATTTGAACTCATAGTTCAGAAGCTCCTAGAGACTACAGACAGGTA.

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548      ACCTGATGGACACCAGAACAACCTGAGGAGTTCTGCATATGAATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120593 ..CAGACCTGATGGACACCAGAACAACCTGAGGAGTTCTGCATATGAATC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TCTGATGGAAATTGTGAAAAACAGTGCCAAGGATTGTTATCCTGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122819 TCTGATGGAAATTGTGAAAAACAGTGCCAAGGATTGTTATCCTGCTGTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGAAAACGACTTTGGTCATCATGGAACGACTGCAACAGGTTCTTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122869 AGAAAACGACTTTGGTCATCATGGAACGACTGCAACAGGTTCTTCAGATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAG         TCACATATCCAGAGCACATCCGATAGAATCCAGTTCAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122919 GAGGTG...TAGTCACATATCCAGAGCACATCCGATAGAATCCAGTTCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGACCTTCAGTCTTTACTCTGTGCAACTCTTCAG         AATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 123284 TGACCTTCAGTCTTTACTCTGTGCAACTCTTCAGGTA...CAGAATGTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TTCGGAAAGTGCAACATCAAGATGCTTTGCAGATCTCTGATGTGGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124401 TTCGGAAAGTGCAACATCAAGATGCTTTGCAGATCTCTGATGTGGTTATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GCCTCCCTGTTAAGGATGTTCCAAAGCACAGCTGGGTCTGGGGGAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124451 GCCTCCCTGTTAAGGATGTTCCAAAGCACAGCTGGGTCTGGGGGAGTACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 AGAGGATGCCCTGATGGCAGTTAGCACACTAGTGGAAG         TGT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||>>>...>>>|||
 124501 AGAGGATGCCCTGATGGCAGTTAGCACACTGGTGGAAGGTC...CAGTGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TGGGTGGTGAATTCCTCAAGTACATGGAGGCCTTTAAACCCTTCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126168 TGGGTGGTGAATTCCTCAAGTACATGGAGGCCTTTAAACCCTTCCTGGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 ATTGGATTAAAAAATTATGCTGAATACCAG         GTTTGTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 126218 ATTGGATTAAAAAATTATGCTGAATACCAGGTA...CAGGTTTGTTTGGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 AGCTGTGGGCTTAGTGGGAGACTTGTGCCGTGCCCTGCAATCCAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126787 AGCTGTGGGCTTAGTGGGAGACTTGTGCCGTGCCCTGCAATCCAACATCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TACCTTTCTGTGACGAGGTGATGCAGCTGCTTCTGGAAAATTTGGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 126837 TACCTTTCTGTGACGAGGTGATGCAGCTGCTTCTGGAAAATTTGGGGGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2104       AATGAGAACGTCCACAGGTCTGTGAAGCCGCAGATTCTGTCAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126887 ...CAGAATGAGAACGTCCACAGGTCTGTGAAGCCGCAGATTCTGTCAGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GTTTGGTGATATTGCCCTTGCTATTGGAGGAGAGTTTAAAAAATACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127846 GTTTGGTGATATTGCCCTTGCTATTGGAGGAGAGTTTAAAAAATACTTAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AGGTTGTATTGAATACTCTTCAGCAGGCCTCCCAAGCCCAGGTGGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127896 AGGTTGTATTGAATACTCTTCAGCAGGCCTCCCAAGCCCAGGTGGACAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248          TCAGACTATGACATGGTGGATTATCTGAATGAGCTAAGGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127946 GTA...CAGTCAGACTATGACATGGTGGATTATCTGAATGAGCTAAGGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 AAGCTGCTTGGAAGCCTATACTGGAATCGTCCAGGGATTAAAGGGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128105 AAGCTGCTTGGAAGCCTATACTGGAATCGTCCAGGGATTAAAGGGGGATC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 AGGAGAACGTACACC         CGGATGTGATGCTGGTACAACCCAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 128155 AGGAGAACGTACACCGTT...TAGCGGATGTGATGCTGGTACAACCCAGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GTAGAATTTATTCTGTCTTTCATTGACCACATTGCTGGAGATGAGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129802 GTAGAATTTATTCTGTCTTTCATTGACCACATTGCTGGAGATGAGGATCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 CACAGATGGAGTAGTAGCTTGTGCTGCTGGACTAATAGG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 129852 CACAGATGGAGTAGTAGCTTGTGCTGCTGGACTAATAGGGTA...CAGGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 ACTTATGTACAGCATTTGGGAAGGATGTACTGAAATTAGTAGAAGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130266 ACTTATGTACAGCATTTGGGAAGGATGTACTGAAATTAGTAGAAGCTAGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 CCAATGATCCATGAATTGTTAACTGAAGGGCGGAGATCGAAGACTAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130316 CCAATGATCCATGAATTGTTAACTGAAGGGCGGAGATCGAAGACTAACAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 AGCAAAAACCCTTGCTACATGGGCAACAAAAGAACTGAGGAAACTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130366 AGCAAAAACCCTTGCTACATGGGCAACAAAAGAACTGAGGAAACTGAAGA

   2800     .
   2621 ACCAAGCT
        ||||||||
 130416 ACCAAGCT