seq1 = pF1KB3406.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KB3406/gi568815576f_31299684.tfa (gi568815576f:31299684_31533968), 234285 bp

>pF1KB3406 1101
>gi568815576f:31299684_31533968 (Chr22)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-166  (100937-101060)   100% ->
167-342  (103346-103521)   100% ->
343-412  (111329-111398)   100% ->
413-582  (120573-120742)   100% ->
583-713  (123597-123727)   100% ->
714-881  (126932-127099)   100% ->
882-1004  (127377-127499)   100% ->
1005-1101  (134189-134285)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAGCACCTTAGCTAAGATCGCGGAGATAGAAGCAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGAGCAGCACCTTAGCTAAGATCGCGGAGATAGAAGCAGAGGTA...TA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  ATGGCTCGGACTCAAAAGAACAAGGCCACAGCACACCACTTAGGGCTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100936 GATGGCTCGGACTCAAAAGAACAAGGCCACAGCACACCACTTAGGGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTAAGGCTCGTCTTGCTAAGCTTCGTCGAGAACTCATTACTCCAAAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100986 TTAAGGCTCGTCTTGCTAAGCTTCGTCGAGAACTCATTACTCCAAAGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGGTGGTGGAGGTCCAGGAGAAG         GTTTTGATGTGGCCAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101036 GGTGGTGGTGGAGGTCCAGGAGAAGGTT...TAGGTTTTGATGTGGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GACAGGTGATGCTCGAATTGGATTTGTTGGTTTTCCATCTGTGGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103362 GACAGGTGATGCTCGAATTGGATTTGTTGGTTTTCCATCTGTGGGGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAACACTGCTTAGTAACCTGGCAGGGGTATATTCTGAGGTGGCAGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103412 CAACACTGCTTAGTAACCTGGCAGGGGTATATTCTGAGGTGGCAGCCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAATTCACTACTCTGACCACTGTGCCTGGTGTCATCAGATACAAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103462 GAATTCACTACTCTGACCACTGTGCCTGGTGTCATCAGATACAAAGGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGATCCAG         CTCCTGGATCTCCCAGGTATCATTGAAGGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103512 CAAGATCCAGGTG...CAGCTCCTGGATCTCCCAGGTATCATTGAAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAAGGATGGGAAAGGTAGAGGTCGTCAAGTCATTGCAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111360 CCAAGGATGGGAAAGGTAGAGGTCGTCAAGTCATTGCAGGTG...CAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCCGAACCTGTAACTTGATCTTGATTGTTCTGGATGTCCTGAAACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120575 GCCCGAACCTGTAACTTGATCTTGATTGTTCTGGATGTCCTGAAACCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGACATAAGAAGATAATTGAAAATGAGCTGGAAGGCTTTGGCATTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120625 GGGACATAAGAAGATAATTGAAAATGAGCTGGAAGGCTTTGGCATTCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAACAGCAAACCCCCCAACATTGGCTTTAAGAAGAAGGACAAGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120675 TGAACAGCAAACCCCCCAACATTGGCTTTAAGAAGAAGGACAAGGGAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTAATCTCACAGCCACT         TGCCCCCAGAGTGAGCTGGATGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120725 ATTAATCTCACAGCCACTGTA...CAGTGCCCCCAGAGTGAGCTGGATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAAACTGTGAAGAGCATTCTGGCTGAATACAAGATTCATAATGCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123620 TGAAACTGTGAAGAGCATTCTGGCTGAATACAAGATTCATAATGCCGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGACTCTACGTAGTGATGCTACAGCTGATGACCTCATTGATGTGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123670 TGACTCTACGTAGTGATGCTACAGCTGATGACCTCATTGATGTGGTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGAAACAG         AGTTTATATCCCCTGTATCTATGTGTTAAATAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 123720 GGAAACAGGTA...TAGAGTTTATATCCCCTGTATCTATGTGTTAAATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATTGACCAAATCTCCATTGAGGAATTGGATATCATCTATAAGGTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126965 GATTGACCAAATCTCCATTGAGGAATTGGATATCATCTATAAGGTGCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTGTGTACCCATCTCTGCCCATCACCGCTGGAATTTTGATGACCTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127015 ACTGTGTACCCATCTCTGCCCATCACCGCTGGAATTTTGATGACCTATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAAAGATCTGGGACTATCTGAAACTAGTGAGAAT         TTACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 127065 GAAAAGATCTGGGACTATCTGAAACTAGTGAGAATGTA...TAGTTACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAACCCAAAGGCCAGTTACCAGATTACACATCCCCAGTGGTGCTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127383 CAAACCCAAAGGCCAGTTACCAGATTACACATCCCCAGTGGTGCTTCCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACTCCAGGACCACAGTGGAGGATTTCTGCATGAAGATTCACAAAAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127433 ACTCCAGGACCACAGTGGAGGATTTCTGCATGAAGATTCACAAAAATCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCAAAGAATTTAAATA         TGCTCTGGTCTGGGGTCTCTCTGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 127483 ATCAAAGAATTTAAATAGTA...CAGTGCTCTGGTCTGGGGTCTCTCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAAACACAATCCTCAGAAAGTGGGTAAAGACCATACGTTGGAGGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134213 GAAACACAATCCTCAGAAAGTGGGTAAAGACCATACGTTGGAGGATGAGG

   1150     .    :    .    :
   1079 ATGTCATTCAAATTGTGAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||
 134263 ATGTCATTCAAATTGTGAAGAAG