seq1 = pF1KB3392.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KB3392/gi568815589f_73058536.tfa (gi568815589f:73058536_73270104), 211569 bp

>pF1KB3392 1038
>gi568815589f:73058536_73270104 (Chr9)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-175  (100160-100268)   100% ->
176-270  (100794-100888)   100% ->
271-384  (101728-101841)   99% ->
385-475  (102268-102358)   100% ->
476-555  (104247-104326)   100% ->
556-612  (104941-104997)   100% ->
613-706  (106581-106674)   100% ->
707-802  (107562-107657)   100% ->
803-861  (108962-109020)   100% ->
862-984  (110497-110619)   100% ->
985-1038  (111516-111569)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAATGGTATCAGAATTCCTCAAGCAGGCCTGGTTTATTGAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAATGGTATCAGAATTCCTCAAGCAGGCCTGGTTTATTGAAAATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGCAGGAATATGTT         CAAACTGTGAAGTCATCCAAAGGTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGCAGGAATATGTTGTA...TAGCAAACTGTGAAGTCATCCAAAGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTCCCGGATCAGCGGTGAGCCCCTATCCTACCTTCAATCCATCCTCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100185 GTCCCGGATCAGCGGTGAGCCCCTATCCTACCTTCAATCCATCCTCGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCGCTGCCTTGCATAAGGCCATAATGGTTAAAG         GTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100235 GTCGCTGCCTTGCATAAGGCCATAATGGTTAAAGGTA...CAGGTGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAAGCAACCATCATTGACATTCTAACTAAGCGAAACAATGCACAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGAAGCAACCATCATTGACATTCTAACTAAGCGAAACAATGCACAGCGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACAGATCAAAGCAGCATATCTCCAGGAAACAGGAAAG         CCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100851 AACAGATCAAAGCAGCATATCTCCAGGAAACAGGAAAGGTA...TAGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGGATGAAACACTGAAGAAAGCCCTTACAGGTCACCTTGAGGAGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101731 CTGGATGAAACACTGAAGAAAGCCCTTACAGGTCACCTTGAGGAGGTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTGGCTCTGCTAAAAACTCCAGCGCAATTTGATGCTGATGAACTTCGTG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101781 TTTAGCTCTGCTAAAAACTCCAGCGCAATTTGATGCTGATGAACTTCGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCCATGAAG         GGCCTTGGAACTGATGAAGATACTCTAATT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101831 CTGCCATGAAGGTA...TAGGGCCTTGGAACTGATGAAGATACTCTAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGATTTTGGCATCAAGAACTAACAAAGAAATCAGAGACATTAACAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102298 GAGATTTTGGCATCAAGAACTAACAAAGAAATCAGAGACATTAACAGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTACAGAGAGG         AACTGAAGAGAGATCTGGCCAAAGACATAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102348 CTACAGAGAGGGTA...CAGAACTGAAGAGAGATCTGGCCAAAGACATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTCAGACACATCTGGAGATTTTCGGAACGCTTTGCTTTCTCTTGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104277 CCTCAGACACATCTGGAGATTTTCGGAACGCTTTGCTTTCTCTTGCTAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556          GGTGACCGATCTGAGGACTTTGGTGTGAATGAAGACTTGGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104327 GTA...CAGGGTGACCGATCTGAGGACTTTGGTGTGAATGAAGACTTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGATTCAGATGCCAGG         GCCTTGTATGAAGCAGGAGAAAGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104982 TGATTCAGATGCCAGGGTA...CAGGCCTTGTATGAAGCAGGAGAAAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GAAAGGGGACAGACGTAAACGTGTTCAATACCATCCTTACCACCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106606 GAAAGGGGACAGACGTAAACGTGTTCAATACCATCCTTACCACCAGAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATCCACAACTTCGCAGAG         TGTTTCAGAAATACACCAAGTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 106656 TATCCACAACTTCGCAGAGGTA...CAGTGTTTCAGAAATACACCAAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAGTAAGCATGACATGAACAAAGTTCTGGACCTGGAGTTGAAAGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107584 CAGTAAGCATGACATGAACAAAGTTCTGGACCTGGAGTTGAAAGGTGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTGAGAAATGCCTCACAGCTATCG         TGAAGTGCGCCACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107634 TTGAGAAATGCCTCACAGCTATCGGTA...CAGTGAAGTGCGCCACAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAACCAGCTTTCTTTGCAGAGAAGCTTCATCAAGCCATGAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108979 AAACCAGCTTTCTTTGCAGAGAAGCTTCATCAAGCCATGAAAGTA...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862  GGTGTTGGAACTCGCCATAAGGCATTGATCAGGATTATGGTTTCCCGTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110496 GGGTGTTGGAACTCGCCATAAGGCATTGATCAGGATTATGGTTTCCCGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTGAAATTGACATGAATGATATCAAAGCATTCTATCAGAAGATGTATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110546 CTGAAATTGACATGAATGATATCAAAGCATTCTATCAGAAGATGTATGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ATCTCCCTTTGCCAAGCCATCCTG         GATGAAACCAAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110596 ATCTCCCTTTGCCAAGCCATCCTGGTA...CAGGATGAAACCAAAGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1002 TTATGAGAAAATCCTGGTGGCTCTTTGTGGAGGAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111533 TTATGAGAAAATCCTGGTGGCTCTTTGTGGAGGAAAC