seq1 = pF1KB3391.tfa, 864 bp
seq2 = pF1KB3391/gi568815586r_112305227.tfa (gi568815586r:112305227_112508656), 203430 bp

>pF1KB3391 864
>gi568815586r:112305227_112508656 (Chr12)

(complement)

1-237  (100001-100237)   100% ->
238-336  (100319-100417)   100% ->
337-480  (101767-101910)   100% ->
481-529  (102315-102363)   100% ->
530-714  (102620-102804)   100% ->
715-864  (103281-103430)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGTGAAAAAGTTGAGAAGCCAGATACTAAAGAGAAGAAACCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGTGAAAAAGTTGAGAAGCCAGATACTAAAGAGAAGAAACCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCAAGAAGGTTGATGCTGGTGGCAAGGTGAAAAAGGGTAACCTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCAAGAAGGTTGATGCTGGTGGCAAGGTGAAAAAGGGTAACCTCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTAAAAAGCCCAAGAAGGGGAAGCCCCATTGCAGCCGCAACCCTGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTAAAAAGCCCAAGAAGGGGAAGCCCCATTGCAGCCGCAACCCTGTCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCAGAGGAATTGGCAGGTATTCCCGATCTGCCATGTATTCCAGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCAGAGGAATTGGCAGGTATTCCCGATCTGCCATGTATTCCAGAAAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGTACAAGAGGAAGTACTCAGCCGCTAAATCCAAG         GTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100201 CATGTACAAGAGGAAGTACTCAGCCGCTAAATCCAAGGTA...TAGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAAGAAAAAGAAGGAGAAGGTTCTCGCAACTGTTACAAAACCAGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100323 AAAAGAAAAAGAAGGAGAAGGTTCTCGCAACTGTTACAAAACCAGTTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGTGACAAGAACGGCGGTACCCGGGTGGTTAAACTTCGCAAAATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100373 GGTGACAAGAACGGCGGTACCCGGGTGGTTAAACTTCGCAAAATGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337     CCTAGATATTATCCTACTGAAGATGTGCCTCGAAAGCTGTTGAGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100423 .CAGCCTAGATATTATCCTACTGAAGATGTGCCTCGAAAGCTGTTGAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGGCAAAAAACCCTTCAGTCAGCACGTGAGAAAACTGCGAGCCAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101813 ACGGCAAAAAACCCTTCAGTCAGCACGTGAGAAAACTGCGAGCCAGCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCCCCGGGACCATTCTGATCATCCTCACTGGACGCCACAGGGGCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101863 ACCCCCGGGACCATTCTGATCATCCTCACTGGACGCCACAGGGGCAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481        AGGGTGGTTTTCCTGAAGCAGCTGGCTAGTGGCTTATTACTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101913 G...CAGAGGGTGGTTTTCCTGAAGCAGCTGGCTAGTGGCTTATTACTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGACTG         GACCTCTGGTCCTCAATCGAGTTCCTCTACGAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102358 TGACTGGTA...TAGGACCTCTGGTCCTCAATCGAGTTCCTCTACGAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACACACCAGAAATTTGTCATTGCCACTTCAACCAAAATCGATATCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102655 ACACACCAGAAATTTGTCATTGCCACTTCAACCAAAATCGATATCAGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTAAAAATCCCAAAACATCTTACTGATGCTTACTTCAAGAAGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102705 TGTAAAAATCCCAAAACATCTTACTGATGCTTACTTCAAGAAGAAGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCGGAAGCCCAGACACCAGGAAGGTGAGATCTTCGACACAGAAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102755 TGCGGAAGCCCAGACACCAGGAAGGTGAGATCTTCGACACAGAAAAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715          AAATATGAGATTACGGAGCAGCGCAAGATTGATCAGAAAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102805 GTA...TAGAAATATGAGATTACGGAGCAGCGCAAGATTGATCAGAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTGGACTCACAAATTTTACCAAAAATCAAAGCTATTCCTCAGCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103322 TGTGGACTCACAAATTTTACCAAAAATCAAAGCTATTCCTCAGCTCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTACCTGCGATCTGTGTTTGCTCTGACGAATGGAATTTATCCTCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103372 GCTACCTGCGATCTGTGTTTGCTCTGACGAATGGAATTTATCCTCACAAA

    900     .
    856 TTGGTGTTC
        |||||||||
 103422 TTGGTGTTC