seq1 = pF1KB3313.tfa, 1659 bp
seq2 = pF1KB3313/gi568815582r_4705239.tfa (gi568815582r:4705239_4947265), 242027 bp

>pF1KB3313 1659
>gi568815582r:4705239_4947265 (Chr16)

(complement)

1-38  (100001-100038)   100% ->
39-75  (101056-101092)   100% ->
76-155  (102113-102192)   100% ->
156-294  (114354-114492)   100% ->
295-537  (115045-115287)   100% ->
538-624  (123359-123445)   100% ->
625-681  (124335-124391)   100% ->
682-732  (125669-125719)   100% ->
733-806  (125813-125886)   100% ->
807-906  (129569-129668)   100% ->
907-1017  (132619-132729)   100% ->
1018-1119  (133428-133529)   100% ->
1120-1282  (135018-135180)   100% ->
1283-1462  (135464-135643)   100% ->
1463-1587  (135972-136096)   100% ->
1588-1659  (141956-142027)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGTGAGTCTGCGGCTCGGCGACTTGGTGTG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100001 ATGGCGGCTGTGAGTCTGCGGCTCGGCGACTTGGTGTGGTG...TAGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAACTCGGCCGATATCCTCCTTGGCCAGGAAAG         ATTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101059 GAAACTCGGCCGATATCCTCCTTGGCCAGGAAAGGTG...CAGATTGTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ATCCACCAAAGGACTTGAAGAAACCTCGCGGAAAGAAATGCTTCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102120 ATCCACCAAAGGACTTGAAGAAACCTCGCGGAAAGAAATGCTTCTTTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAATTTTTTGGAACAGAAGATCA         TGCCTGGATCAAAGTGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102170 AAATTTTTTGGAACAGAAGATCAGTG...TAGTGCCTGGATCAAAGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 ACAGCTGAAGCCATATCATGCTCATAAAGAGGAAATGATAAAAATTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114372 ACAGCTGAAGCCATATCATGCTCATAAAGAGGAAATGATAAAAATTAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGGTAAACGATTCCAGCAAGCGGTAGATGCTGTCGAAGAGTTCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114422 AGGGTAAACGATTCCAGCAAGCGGTAGATGCTGTCGAAGAGTTCCTCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAGCCAAAGGGAAAGACCAG         ACGTCATCCCACAATTCTTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114472 AGAGCCAAAGGGAAAGACCAGGTG...CAGACGTCATCCCACAATTCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGATGACAAGAATCGACGTAATTCCAGTGAGGAGAGAAGTAGGCCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115065 TGATGACAAGAATCGACGTAATTCCAGTGAGGAGAGAAGTAGGCCAAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGGTGATGAGAAGCGCAAACTTAGCCTGTCTGAAGGGAAGGTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115115 CAGGTGATGAGAAGCGCAAACTTAGCCTGTCTGAAGGGAAGGTGAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACATGGGAGAAGGAAAGAAGAGGGTGTCTTCAGGCTCTTCAGAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115165 AACATGGGAGAAGGAAAGAAGAGGGTGTCTTCAGGCTCTTCAGAGAGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCCAAATCCCCTCTGAAAAGAGCCCAAGAGCAAAGTCCCCGGAAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115215 CTCCAAATCCCCTCTGAAAAGAGCCCAAGAGCAAAGTCCCCGGAAGCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTCGGCCCCCAAAGGATGAGAAG         GATCTCACCATCCCGGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 115265 GTCGGCCCCCAAAGGATGAGAAGGTT...TAGGATCTCACCATCCCGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTAGTACCGTGAAGGGGATGATGGCCGGACCGATGGCCGCGTTTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123377 TCTAGTACCGTGAAGGGGATGATGGCCGGACCGATGGCCGCGTTTAAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGCCAACCGCAAGCGAG         CCTGTTAAAGATGCAGATCCTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 123427 GCAGCCAACCGCAAGCGAGGTA...CAGCCTGTTAAAGATGCAGATCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATTTCCATCATTTCCTGCTAAGCCAAACAGAGAAG         CCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 124357 ATTTCCATCATTTCCTGCTAAGCCAAACAGAGAAGGTG...TAGCCAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTCTGTTACCAGGCAATCACGAAGAAGTTGAAAATATGTGAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 125675 GTCTGTTACCAGGCAATCACGAAGAAGTTGAAAATATGTGAAGAGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733     GAAACTGGCTCCACCTCCATCCAGGCAGCTGACAGCACAGCCGTGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125725 .TAGGAAACTGGCTCCACCTCCATCCAGGCAGCTGACAGCACAGCCGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATGGCAGCATCACACCCACAGACAAAAA         GATAGGATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125859 ATGGCAGCATCACACCCACAGACAAAAAGTA...CAGGATAGGATTTTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GGCCTTGGTCTCATGGGAAGTGGAATCGTCTCCAACTTGCTAAAAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129582 GGCCTTGGTCTCATGGGAAGTGGAATCGTCTCCAACTTGCTAAAAATGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TCACACAGTGACTGTCTGGAACCGCACTGCAGAGAAA         TGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 129632 TCACACAGTGACTGTCTGGAACCGCACTGCAGAGAAAGTA...CAGTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ATTTGTTCATCCAGGAGGGGGCCCGTCTGGGAAGAACCCCCGCTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132623 ATTTGTTCATCCAGGAGGGGGCCCGTCTGGGAAGAACCCCCGCTGAAGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GTCTCAACCTGCGACATCACTTTCGCCTGCGTGTCGGATCCCAAGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132673 GTCTCAACCTGCGACATCACTTTCGCCTGCGTGTCGGATCCCAAGGCGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAAGGAC         CTGGTGCTGGGCCCCAGTGGTGTGCTGCAAGGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132723 CAAGGACGTA...CAGCTGGTGCTGGGCCCCAGTGGTGTGCTGCAAGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCCGCCCTGGGAAGTGCTACGTGGACATGTCAACAGTGGACGCTGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133462 TCCGCCCTGGGAAGTGCTACGTGGACATGTCAACAGTGGACGCTGACACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GTCACTGAGCTGGCCCAG         GTGATTGTGTCCAGGGGGGGGCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 133512 GTCACTGAGCTGGCCCAGGTA...CAGGTGATTGTGTCCAGGGGGGGGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CTTTCTGGAAGCCCCCGTCTCAGGGAATCAGCAGCTGTCTAATGACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135041 CTTTCTGGAAGCCCCCGTCTCAGGGAATCAGCAGCTGTCTAATGACGGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGTTGGTGATCTTAGCGGCTGGAGACAGGGGCTTATATGAGGACTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135091 TGTTGGTGATCTTAGCGGCTGGAGACAGGGGCTTATATGAGGACTGCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AGCTGCTTCCAGGCGATGGGGAAGACCTCCTTCTTCCTAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 135141 AGCTGCTTCCAGGCGATGGGGAAGACCTCCTTCTTCCTAGGTA...CAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGAAGTGGGCAATGCAGCCAAGATGATGCTGATCGTGAACATGGTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135465 TGAAGTGGGCAATGCAGCCAAGATGATGCTGATCGTGAACATGGTCCAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GGAGCTTCATGGCCACTATTGCCGAGGGGCTGACCCTGGCCCAGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135515 GGAGCTTCATGGCCACTATTGCCGAGGGGCTGACCCTGGCCCAGGTGACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GGCCAGTCCCAGCAGACACTCTTGGACATCCTCAATCAGGGACAGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135565 GGCCAGTCCCAGCAGACACTCTTGGACATCCTCAATCAGGGACAGTTGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CAGCATCTTCCTGGACCAGAAGTGCCAAA         ATATCCTGCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 135615 CAGCATCTTCCTGGACCAGAAGTGCCAAAGTG...CAGATATCCTGCAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GAAACTTTAAGCCTGATTTCTACCTGAAATACATTCAGAAGGATCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135984 GAAACTTTAAGCCTGATTTCTACCTGAAATACATTCAGAAGGATCTCCGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TTAGCCATTGCGCTGGGTGATGCGGTCAACCATCCGACTCCCATGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136034 TTAGCCATTGCGCTGGGTGATGCGGTCAACCATCCGACTCCCATGGCAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TGCAGCAAATGAG         GTGTACAAAAGAGCCAAGGCGCTGGACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 136084 TGCAGCAAATGAGGTA...CAGGTGTACAAAAGAGCCAAGGCGCTGGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 AGTCTGACAACGATATGTCCGCCGTGTACCGAGCCTACATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141984 AGTCTGACAACGATATGTCCGCCGTGTACCGAGCCTACATACAC