seq1 = pF1KB3304.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KB3304/gi568815581f_68415400.tfa (gi568815581f:68415400_68630446), 215047 bp

>pF1KB3304 1143
>gi568815581f:68415400_68630446 (Chr17)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-348  (107357-107527)   100% ->
349-440  (108326-108417)   100% ->
441-502  (108617-108678)   100% ->
503-549  (109513-109559)   100% ->
550-708  (110355-110513)   100% ->
709-769  (112441-112501)   100% ->
770-891  (113471-113592)   100% ->
892-973  (114521-114602)   100% ->
974-1143  (114878-115047)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCTGGCAGTACCGCCGCCAGTGAGGAGGCACGCAGCCTTCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCTGGCAGTACCGCCGCCAGTGAGGAGGCACGCAGCCTTCGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGTGAGCTCTACGTCCAGAAGCATAACATTCAAGCGCTGCTCAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGTGAGCTCTACGTCCAGAAGCATAACATTCAAGCGCTGCTCAAAGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTATTGTGCAGTTGTGCACTGCTCGACCTGAGAGACCCATGGCATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTATTGTGCAGTTGTGCACTGCTCGACCTGAGAGACCCATGGCATTCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGGAATACTTTGAGAGGTTGGAGAAG         GAGGAGGCAAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 AGGGAATACTTTGAGAGGTTGGAGAAGGTA...CAGGAGGAGGCAAAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATTCAGAATCTGCAGAAAGCAGGCACTCGTACAGACTCAAGGGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107371 GATTCAGAATCTGCAGAAAGCAGGCACTCGTACAGACTCAAGGGAGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGATTTCTCCTCCTCCACCCAACCCAGTGGTTAAAGGTAGGAGGCGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107421 AGATTTCTCCTCCTCCACCCAACCCAGTGGTTAAAGGTAGGAGGCGACGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGTGCTATCAGCGCTGAGGTCTACACGGAGGAAGATGCGGCATCCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107471 GGTGCTATCAGCGCTGAGGTCTACACGGAGGAAGATGCGGCATCCTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TAGAAAG         GTTATACCAAAAGATTACAAGACAATGGCCGCTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107521 TAGAAAGGTA...TAGGTTATACCAAAAGATTACAAGACAATGGCCGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGCCAAAGCCATTGAAAAGAATGTGCTGTTTTCACATCTTGATGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108360 TAGCCAAAGCCATTGAAAAGAATGTGCTGTTTTCACATCTTGATGATAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGAGAAG         TGATATTTTTGATGCCATGTTTTCGGTCTCCTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108410 GAGAGAAGGTA...CAGTGATATTTTTGATGCCATGTTTTCGGTCTCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TATCGCAGGAGAGACTGTGATTCAGCAAG         GTGATGAAGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108650 TATCGCAGGAGAGACTGTGATTCAGCAAGGTA...TAGGTGATGAAGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATAACTTCTATGTGATTGATCAAGGAGAGACGGAT         GTCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109525 ATAACTTCTATGTGATTGATCAAGGAGAGACGGATGTA...TAGGTCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTAACAATGAATGGGCAACCAGTGTTGGGGAAGGAGGGAGCTTTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110361 GTTAACAATGAATGGGCAACCAGTGTTGGGGAAGGAGGGAGCTTTGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTTGCTTTGATTTATGGAACACCGAGAGCAGCCACTGTCAAAGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110411 ACTTGCTTTGATTTATGGAACACCGAGAGCAGCCACTGTCAAAGCAAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAAATGTGAAATTGTGGGGCATCGACCGAGACAGCTATAGAAGAATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110461 CAAATGTGAAATTGTGGGGCATCGACCGAGACAGCTATAGAAGAATCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATG         GGAAGCACACTGAGAAAGCGGAAGATGTATGAGGAATT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110511 ATGGTA...TAGGGAAGCACACTGAGAAAGCGGAAGATGTATGAGGAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTTAGTAAAGTCTCTATTTTAG         AGTCTCTGGACAAGTGGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112479 CCTTAGTAAAGTCTCTATTTTAGGTG...CAGAGTCTCTGGACAAGTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AACGTCTTACGGTAGCTGATGCATTGGAACCAGTGCAGTTTGAAGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113489 AACGTCTTACGGTAGCTGATGCATTGGAACCAGTGCAGTTTGAAGATGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGAAGATTGTGGTGCAGGGAGAACCAGGGGATGAGTTCTTCATTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113539 CAGAAGATTGTGGTGCAGGGAGAACCAGGGGATGAGTTCTTCATTATTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAG         GGGTCAGCTGCTGTGCTACAACGTCGGTCAGAAAATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113589 AGAGGTA...TAGGGGTCAGCTGCTGTGCTACAACGTCGGTCAGAAAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGAGTTTGTTGAAGTGGGAAGATTGGGGCCTTCTGATTATTTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114558 AAGAGTTTGTTGAAGTGGGAAGATTGGGGCCTTCTGATTATTTTGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974     GTGAAATTGCACTACTGATGAATCGTCCTCGTGCTGCCACAGTTGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114608 .CAGGTGAAATTGCACTACTGATGAATCGTCCTCGTGCTGCCACAGTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGCTCGTGGCCCCTTGAAGTGCGTTAAGCTGGACCGACCTAGATTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114924 TGCTCGTGGCCCCTTGAAGTGCGTTAAGCTGGACCGACCTAGATTTGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GTGTTCTTGGCCCATGCTCAGACATCCTCAAACGAAACATCCAGCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114974 GTGTTCTTGGCCCATGCTCAGACATCCTCAAACGAAACATCCAGCAGTAC

   1200     .    :    .    :
   1120 AACAGTTTTGTGTCACTGTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||
 115024 AACAGTTTTGTGTCACTGTCTGTC