seq1 = pF1KB3288.tfa, 2232 bp
seq2 = pF1KB3288/gi568815595f_99690683.tfa (gi568815595f:99690683_99896133), 205451 bp

>pF1KB3288 2232
>gi568815595f:99690683_99896133 (Chr3)

1-328  (100001-100328)   100% ->
329-2232  (103548-105451)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTGCTGCCTGGCCCTCTGCAGCTGCTGGGAGTGCTGCTTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTGCTGCCTGGCCCTCTGCAGCTGCTGGGAGTGCTGCTTACCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCCTGAGTTCCATCAGGCTCATTCAGGCTGGTGCCTACTATGGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCCTGAGTTCCATCAGGCTCATTCAGGCTGGTGCCTACTATGGGATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCGCTGCCACCTCAAATTCCTCCTCAGATGCCACCACAAATTCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCGCTGCCACCTCAAATTCCTCCTCAGATGCCACCACAAATTCCACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACCAGCCCCTGGGTCAGCAAGTACCTCACATGCCTTTGGCCAAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACCAGCCCCTGGGTCAGCAAGTACCTCACATGCCTTTGGCCAAAGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTTGCCATGGGCAAGGAGATGCCCCACTTGCAGTATGGCAAAGAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTTGCCATGGGCAAGGAGATGCCCCACTTGCAGTATGGCAAAGAGTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACACCTACCCCAATATATGAAGGAAATTCAACCGGCGCCAAGAATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACACCTACCCCAATATATGAAGGAAATTCAACCGGCGCCAAGAATGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGAAGCCGTACCCAAGAAAGGCAAAG         AAATACCATTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100301 AAGGAAGCCGTACCCAAGAAAGGCAAAGGTA...TAGAAATACCATTAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGTTTACGAGGGGAACAAGGTCCCCGTGGAGAGCCTGGCCCAAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103561 CAGTTTACGAGGGGAACAAGGTCCCCGTGGAGAGCCTGGCCCAAGAGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CACCTGGGCCCCCTGGTTTGCCAGGTCATGGGATACCTGGAATTAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103611 CACCTGGGCCCCCTGGTTTGCCAGGTCATGGGATACCTGGAATTAAAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAACCAGGGCCACAGGGATATCCAGGAGTTGGAAAGCCAGGTATGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103661 AAACCAGGGCCACAGGGATATCCAGGAGTTGGAAAGCCAGGTATGCCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AATGCCAGGGAAGCCAGGAGCCATGGGCATGCCTGGGGCAAAAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103711 AATGCCAGGGAAGCCAGGAGCCATGGGCATGCCTGGGGCAAAAGGAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTGGACAGAAAGGGGAAATTGGGCCTATGGGGATCCCAGGACCACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103761 TTGGACAGAAAGGGGAAATTGGGCCTATGGGGATCCCAGGACCACAAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCTCCAGGGCCTCATGGACTTCCTGGCATTGGGAAGCCAGGTGGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103811 CCTCCAGGGCCTCATGGACTTCCTGGCATTGGGAAGCCAGGTGGGCCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTTACCAGGGCAACCAGGACCAAAGGGTGATCGAGGACCCAAAGGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103861 GTTACCAGGGCAACCAGGACCAAAGGGTGATCGAGGACCCAAAGGACTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAGGACCTCAAGGCCTTCGGGGTCCTAAAGGAGACAAGGGCTTCGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103911 CAGGACCTCAAGGCCTTCGGGGTCCTAAAGGAGACAAGGGCTTCGGGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCAGGTGCGCCAGGTGTAAAGGGGCCTCCAGGGATGCACGGCCCTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103961 CCAGGTGCGCCAGGTGTAAAGGGGCCTCCAGGGATGCACGGCCCTCCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCCTGTTGGACTGCCAGGAGTGGGCAAACCAGGAGTGACAGGCTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104011 CCCTGTTGGACTGCCAGGAGTGGGCAAACCAGGAGTGACAGGCTTCCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GGCCCCAGGGCCCCCTGGGAAAGCCAGGGGCTCCAGGAGAACCTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104061 GGCCCCAGGGCCCCCTGGGAAAGCCAGGGGCTCCAGGAGAACCTGGGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAAGGCCCTATTGGGGTACCGGGGGTTCAAGGACCTCCTGGGATACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104111 CAAGGCCCTATTGGGGTACCGGGGGTTCAAGGACCTCCTGGGATACCCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AATTGGAAAGCCAGGCCAGGATGGGATCCCAGGCCAGCCAGGATTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104161 AATTGGAAAGCCAGGCCAGGATGGGATCCCAGGCCAGCCAGGATTTCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTGGCAAAGGGGAGCAAGGACTGCCAGGGCTACCAGGACCCCCAGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104211 GTGGCAAAGGGGAGCAAGGACTGCCAGGGCTACCAGGACCCCCAGGCCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CCAGGGATTGGGAAACCAGGCTTCCCAGGACCCAAAGGTGACCGGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104261 CCAGGGATTGGGAAACCAGGCTTCCCAGGACCCAAAGGTGACCGGGGCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGGAGGTGTTCCTGGGGCTCTTGGACCAAGAGGGGAGAAAGGACCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104311 GGGAGGTGTTCCTGGGGCTCTTGGACCAAGAGGGGAGAAAGGACCAATAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GTGCCCCAGGAATAGGGGGTCCTCCAGGAGAGCCAGGCCTGCCTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104361 GTGCCCCAGGAATAGGGGGTCCTCCAGGAGAGCCAGGCCTGCCTGGAATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CCAGGTCCTATGGGCCCTCCAGGTGCTATTGGTTTTCCTGGACCCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104411 CCAGGTCCTATGGGCCCTCCAGGTGCTATTGGTTTTCCTGGACCCAAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 AGAAGGTGGGATTGTAGGGCCACAGGGGCCACCAGGTCCCAAGGGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104461 AGAAGGTGGGATTGTAGGGCCACAGGGGCCACCAGGTCCCAAGGGTGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CAGGGCTTCAAGGCTTCCCAGGAAAGCCAGGTTTCCTTGGTGAAGTAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104511 CAGGGCTTCAAGGCTTCCCAGGAAAGCCAGGTTTCCTTGGTGAAGTAGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCTCCTGGCATGAGGGGTTTGCCAGGTCCCATAGGGCCCAAGGGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104561 CCTCCTGGCATGAGGGGTTTGCCAGGTCCCATAGGGCCCAAGGGGGAAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 TGGGCAAAAAGGTGTACCAGGACTCCCTGGTGTTCCAGGGCTTCTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104611 TGGGCAAAAAGGTGTACCAGGACTCCCTGGTGTTCCAGGGCTTCTCGGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CTAAGGGAGAGCCAGGAATCCCAGGGGATCAGGGTTTACAGGGCCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104661 CTAAGGGAGAGCCAGGAATCCCAGGGGATCAGGGTTTACAGGGCCCCCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GGTATCCCAGGGATTGGGGGCCCTAGTGGCCCCATTGGACCACCTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104711 GGTATCCCAGGGATTGGGGGCCCTAGTGGCCCCATTGGACCACCTGGGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TCCAGGCCCCAAAGGGGAGCCGGGCCTCCCAGGGCCCCCTGGGTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104761 TCCAGGCCCCAAAGGGGAGCCGGGCCTCCCAGGGCCCCCTGGGTTCCCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GTATAGGGAAACCCGGAGTGGCAGGACTTCATGGCCCCCCAGGGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104811 GTATAGGGAAACCCGGAGTGGCAGGACTTCATGGCCCCCCAGGGAAGCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GGTGCCCTTGGTCCTCAAGGCCAGCCTGGCCTTCCAGGACCCCCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104861 GGTGCCCTTGGTCCTCAAGGCCAGCCTGGCCTTCCAGGACCCCCAGGCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TCCAGGACCTCCAGGACCCCCAGCTGTGATGCCCCCTACACCACCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104911 TCCAGGACCTCCAGGACCCCCAGCTGTGATGCCCCCTACACCACCACCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 AGGGAGAGTATCTGCCAGATATGGGGCTGGGAATTGATGGCGTGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104961 AGGGAGAGTATCTGCCAGATATGGGGCTGGGAATTGATGGCGTGAAACCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 CCCCATGCCTACGGGGCTAAGAAAGGCAAGAATGGAGGGCCAGCCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105011 CCCCATGCCTACGGGGCTAAGAAAGGCAAGAATGGAGGGCCAGCCTATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 GATGCCTGCATTTACCGCCGAGCTAACCGCACCTTTCCCACCGGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105061 GATGCCTGCATTTACCGCCGAGCTAACCGCACCTTTCCCACCGGTGGGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 CCCCAGTGAAGTTTAACAAACTGCTGTATAACGGCAGACAGAACTACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105111 CCCCAGTGAAGTTTAACAAACTGCTGTATAACGGCAGACAGAACTACAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 CCGCAGACAGGCATCTTCACCTGTGAGGTCCCTGGTGTCTACTACTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105161 CCGCAGACAGGCATCTTCACCTGTGAGGTCCCTGGTGTCTACTACTTTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 ATACCACGTTCACTGCAAGGGGGGCAACGTGTGGGTTGCTCTATTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105211 ATACCACGTTCACTGCAAGGGGGGCAACGTGTGGGTTGCTCTATTCAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 ACAACGAGCCCGTGATGTACACGTACGACGAGTACAAAAAGGGCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105261 ACAACGAGCCCGTGATGTACACGTACGACGAGTACAAAAAGGGCTTCCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 GACCAGGCATCTGGGAGTGCAGTGCTGCTGCTCAGGCCCGGAGACCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105311 GACCAGGCATCTGGGAGTGCAGTGCTGCTGCTCAGGCCCGGAGACCGGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142 GTTCCTCCAGATGCCCTCAGAACAGGCTGCAGGACTGTATGCCGGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105361 GTTCCTCCAGATGCCCTCAGAACAGGCTGCAGGACTGTATGCCGGGCAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :
   2192 ATGTCCACTCCTCCTTTTCAGGATATTTATTGTATCCCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105411 ATGTCCACTCCTCCTTTTCAGGATATTTATTGTATCCCATG