seq1 = pF1KB3241.tfa, 2877 bp
seq2 = pF1KB3241/gi568815596f_178206185.tfa (gi568815596f:178206185_178495556), 289372 bp

>pF1KB3241 2877
>gi568815596f:178206185_178495556 (Chr2)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-195  (117993-118085)   100% ->
196-318  (122072-122194)   100% ->
319-372  (125368-125421)   100% ->
373-486  (126457-126570)   100% ->
487-657  (126687-126857)   100% ->
658-790  (130117-130249)   100% ->
791-894  (132807-132910)   99% ->
895-987  (133488-133580)   100% ->
988-1062  (138102-138176)   100% ->
1063-1228  (143040-143205)   100% ->
1229-1362  (155498-155631)   100% ->
1363-1470  (165942-166049)   100% ->
1471-1608  (167706-167843)   100% ->
1609-1696  (176236-176323)   100% ->
1697-1950  (176840-177093)   100% ->
1951-2088  (177855-177992)   100% ->
2089-2152  (179274-179337)   100% ->
2153-2231  (180877-180955)   100% ->
2232-2376  (182825-182969)   100% ->
2377-2521  (184889-185033)   100% ->
2522-2648  (186228-186354)   100% ->
2649-2771  (188129-188251)   100% ->
2772-2877  (189267-189372)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTCAGATGAGAAGGGCATTTCCCCTGCTCATAAAACATCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTTCAGATGAGAAGGGCATTTCCCCTGCTCATAAAACATCCACTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACCCATAGAAGTGCCTCCTCTTCAACATCCTCCCAAAGGGACAGTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACCCATAGAAGTGCCTCCTCTTCAACATCCTCCCAAAGGGACAGTAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         AGTATTCACATACTGGAGAGGACTGCTTCCTCTAGCACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTA...CAGAGTATTCACATACTGGAGAGGACTGCTTCCTCTAGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCCCTCTGTAAGTCGGCAATTGCTAGAACCGGAGCCAGTCCCCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118032 GAGCCCTCTGTAAGTCGGCAATTGCTAGAACCGGAGCCAGTCCCCCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAG         GAAGCTGACAGCTGGGAAATTATAGAAGGGCTGAAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118082 CAAGGTC...CAGGAAGCTGACAGCTGGGAAATTATAGAAGGGCTGAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGGCCAAACCAATGTCCAGAAACCAGACAAACATGAGGGCTTTATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122109 TAGGCCAAACCAATGTCCAGAAACCAGACAAACATGAGGGCTTTATGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAAAAGAAAATGGCCTTTAAAAGGCTGGCACAAG         CGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122159 AAGAAAAGAAAATGGCCTTTAAAAGGCTGGCACAAGGTA...CAGCGTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTTGTCCTGGATAATGGAATGTTAAAGTATTCAAAGGCACCACTCGAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 125373 TTTTGTCCTGGATAATGGAATGTTAAAGTATTCAAAGGCACCACTCGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         ATTCAGAAAGGAAAGGTCCATGGGAGCATAGATGTGGGACTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125423 TA...CAGATTCAGAAAGGAAAGGTCCATGGGAGCATAGATGTGGGACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCAGTCATGTCAATTAAAAAGAAAGCTCGAAGAATAGACCTTGACACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126499 TCAGTCATGTCAATTAAAAAGAAAGCTCGAAGAATAGACCTTGACACCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAGCACATCTATCATTTGAAG         GTGAAATCCCAGGACTGGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 126549 AGAGCACATCTATCATTTGAAGGTG...TAGGTGAAATCCCAGGACTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGATGCATGGGTCTCCAAACTGCGACATCATCGGTTGTATCGTCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126706 TTGATGCATGGGTCTCCAAACTGCGACATCATCGGTTGTATCGTCAGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAATTGTGAGATCACCAAGAGATGCTAGTTTTCACATATTTCCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126756 GAAATTGTGAGATCACCAAGAGATGCTAGTTTTCACATATTTCCTTCAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTCCACAGCTGAATCCTCACCAGCTGCTAATGTTTCTGTAATGGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126806 GTCCACAGCTGAATCCTCACCAGCTGCTAATGTTTCTGTAATGGATGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AG         ATGCAACCAAACAGCTTTCCGTGGCAGTCCCCTTTACCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126856 AGGTA...TAGATGCAACCAAACAGCTTTCCGTGGCAGTCCCCTTTACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGCAGCAATAGCCTCCCTGCAACGTGCACAACTGGCCAGAGTAAAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130156 TGCAGCAATAGCCTCCCTGCAACGTGCACAACTGGCCAGAGTAAAGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCCTGGTTACAGGACTCGGAAGAGATGGACAGGTGTGCAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 130206 AGCCTGGTTACAGGACTCGGAAGAGATGGACAGGTGTGCAGAAGGTT...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791    ATCTTGCACATTGCCAGTCAAACCTTGTGGAACTTAGCAAACTCCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132804 TAGATCTTGCACATTGCCAGTCAAACCTTGTGGAACTTAGCAAACTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAAAATTTGGAAATACTTCAGAGAACTCAGTCAGCACCTAACTTTACTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 132854 CAAAATTTGGAAATACTTCAGAGAACTCAGTCGGCACCTAACTTTACTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATGCAG         GCTAACTGTGTAGATATTTCAAAGAAAGACAAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132904 CATGCAGGTA...TAGGCTAACTGTGTAGATATTTCAAAGAAAGACAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGGTCACAAGACGATGGAGAACAAAAAGTGTCAGCAAAGATACAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133522 GGGTCACAAGACGATGGAGAACAAAAAGTGTCAGCAAAGATACAAAAATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAACTGCAG         GAAGGGCCACCCGCGAAGGGCCAGTTCAGCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 133572 CAACTGCAGGTA...CAGGAAGGGCCACCCGCGAAGGGCCAGTTCAGCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AACTCGGCGCCGGCAGAGGCTAGCGGCAGCAGTGGCTACAACA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 138134 AACTCGGCGCCGGCAGAGGCTAGCGGCAGCAGTGGCTACAACAGTG...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1063   GTTCCTTTCAGTGCTACCATGTCACCAGTTCGCTTGCATTCCTCCAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143038 AGGTTCCTTTCAGTGCTACCATGTCACCAGTTCGCTTGCATTCCTCCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCCAACCTTTGTGCAGATATTGAATTTCAGACTCCCCCTAGCCACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143088 CCCAACCTTTGTGCAGATATTGAATTTCAGACTCCCCCTAGCCACCTCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGACCCTCTGGAAAGTTCAACAGATTATACAAAGCTGCAAGAAGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143138 TGACCCTCTGGAAAGTTCAACAGATTATACAAAGCTGCAAGAAGAATTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTCTAATCGCACAGAAAG         TGCATTCTCTTTTGAAGTCTGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 143188 GTCTAATCGCACAGAAAGGTA...CAGTGCATTCTCTTTTGAAGTCTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTTAATAGCATAGCTATAGAGAAGGAGAAGCTGAAGCAGATGGTTTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155521 TTTAATAGCATAGCTATAGAGAAGGAGAAGCTGAAGCAGATGGTTTCCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCAGGATCACAGTAAAGGCCACAGCACGCAGATGGCACGGCTCCGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155571 GCAGGATCACAGTAAAGGCCACAGCACGCAGATGGCACGGCTCCGACAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CACTGTCTCAG         GCACTCAACCAGAATGCTGAACTAAGGAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 155621 CACTGTCTCAGGTA...AAGGCACTCAACCAGAATGCTGAACTAAGGAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CGGTTGAACAGAATACATTCAGAGTCTATTATTTGTGATCAGGTTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165972 CGGTTGAACAGAATACATTCAGAGTCTATTATTTGTGATCAGGTTGTCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGTAAATATTATTCCTAGCCCTGATGAG         GCTGGTGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 166022 TGTAAATATTATTCCTAGCCCTGATGAGGTA...CAGGCTGGTGAGCAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TCCATGTCAGTCTCCCCTTATCACAGCAAGTAGCCAATGAGAGCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167719 TCCATGTCAGTCTCCCCTTATCACAGCAAGTAGCCAATGAGAGCCGCCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCCATGTCAGAGTCTGTTTCTGAGTTCTTTGATGCCCAAGAGGTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167769 TCCATGTCAGAGTCTGTTTCTGAGTTCTTTGATGCCCAAGAGGTGCTCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CTCTGCAAGTTCGTCAGAGAATGAG         GCTTCAGATGATGAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 167819 CTCTGCAAGTTCGTCAGAGAATGAGGTA...TAGGCTTCAGATGATGAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTTACATCAGTGATGTGAGTGATAATATATCTGAAGACAACACCAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176252 CTTACATCAGTGATGTGAGTGATAATATATCTGAAGACAACACCAGTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GCAGACAATATTTCTCGGCAAA         TCCTGAATGGGGAGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 176302 GCAGACAATATTTCTCGGCAAAGTA...CAGTCCTGAATGGGGAGCTTAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 AGGAGGGGCCTTCCGAAATGGGCGTCGAGCATGCCTGCCAGCTCCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176859 AGGAGGGGCCTTCCGAAATGGGCGTCGAGCATGCCTGCCAGCTCCTTGTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CTGACACCAGTAACATTAACCTGTGGAATATCTTGAGGAACAACATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176909 CTGACACCAGTAACATTAACCTGTGGAATATCTTGAGGAACAACATTGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AAAGACCTGTCTAAAGTCTCTATGCCTGTGGAGCTAAACGAGCCGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176959 AAAGACCTGTCTAAAGTCTCTATGCCTGTGGAGCTAAACGAGCCGCTCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CACCCTGCAGCACCTCTGTGAGGAAATGGAATACAGCGAGCTCCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177009 CACCCTGCAGCACCTCTGTGAGGAAATGGAATACAGCGAGCTCCTGGACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGGCTTCGGAAACTGATGATCCATATGAGCGCATG         GTTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 177059 AGGCTTCGGAAACTGATGATCCATATGAGCGCATGGTA...CAGGTTCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GTTGCCGCATTTGCAGTTTCAGGATACTGCTCCACCTATTTCAGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177861 GTTGCCGCATTTGCAGTTTCAGGATACTGCTCCACCTATTTCAGAGCAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 AAGTAAGCCATTCAACCCAGTCCTTGGGGAGACTTATGAATGCATTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177911 AAGTAAGCCATTCAACCCAGTCCTTGGGGAGACTTATGAATGCATTAGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 AAGACAAGGGATTCCGCTTTTTCTCAGAACAG         GTTAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 177961 AAGACAAGGGATTCCGCTTTTTCTCAGAACAGGTA...CAGGTTAGCCAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 CATCCACCCATTTCTGCCTGTCACTGTGAATCAAAGAATTTTGTGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179283 CATCCACCCATTTCTGCCTGTCACTGTGAATCAAAGAATTTTGTGTTTTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GCAAG         ATATCAGATGGAAAAACAAGTTCTGGGGGAAGTCGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179333 GCAAGGTT...TAGATATCAGATGGAAAAACAAGTTCTGGGGGAAGTCGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 TGGAAATCCTGCCTGTTGGAACACTGAATGTCATGCTTCCAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 180913 TGGAAATCCTGCCTGTTGGAACACTGAATGTCATGCTTCCAAAGTA...T

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2232   GTATGGAGATTACTATGTGTGGAATAAAGTCACCACTTGCATACACAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182823 AGGTATGGAGATTACTATGTGTGGAATAAAGTCACCACTTGCATACACAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 CATCCTCAGTGGGAGAAGATGGATAGAACATTATGGAGAAGTAACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182873 CATCCTCAGTGGGAGAAGATGGATAGAACATTATGGAGAAGTAACCATCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 GAAATACCAAAAGCAGTGTTTGCATTTGCAAACTCACATTTGTCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 182923 GAAATACCAAAAGCAGTGTTTGCATTTGCAAACTCACATTTGTCAAGGTA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2377       GTGAATTATTGGAATTCTAACATGAATGAAGTCCAGGGGGTGGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182973 ...CAGGTGAATTATTGGAATTCTAACATGAATGAAGTCCAGGGGGTGGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 GATAGATCAGGAGGGGAAGGCGGTGTACCGGCTGTTTGGAAAGTGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184933 GATAGATCAGGAGGGGAAGGCGGTGTACCGGCTGTTTGGAAAGTGGCATG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 AAGGACTCTACTGTGGTGTGGCCCCCTCTGCAAAGTGCATTTGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184983 AAGGACTCTACTGTGGTGTGGCCCCCTCTGCAAAGTGCATTTGGAGACCA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 G         GTTCCATGCCAACAAACTATGAGCTGTACTATGGCTTCAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185033 GGTG...CAGGTTCCATGCCAACAAACTATGAGCTGTACTATGGCTTCAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 AAGGTTTGCTATTGAGCTCAATGAGTTAGATCCAGTACTAAAAGATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186268 AAGGTTTGCTATTGAGCTCAATGAGTTAGATCCAGTACTAAAAGATCTCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 TTCCACCAACAGACGCCCGGTTCCGGCCAGATCAAAG         ATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 186318 TTCCACCAACAGACGCCCGGTTCCGGCCAGATCAAAGGTG...TAGATTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 TTGGAAGAAGGAAATTTAGAAGCTGCAGCATCAGAGAAGCAAAGAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188133 TTGGAAGAAGGAAATTTAGAAGCTGCAGCATCAGAGAAGCAAAGAGTAGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 GGAACTCCAGAGATCTCGGAGACGATATATGGAAGAAAACAATCTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188183 GGAACTCCAGAGATCTCGGAGACGATATATGGAAGAAAACAATCTTGAAC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 ATATACCAAAATTTTTTAA         AAAAGTTATTGATGCCAATCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 188233 ATATACCAAAATTTTTTAAGTA...CAGAAAAGTTATTGATGCCAATCAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2794 AGAGAAGCCTGGGTTTCTAACGACACCTACTGGGAGCTTCGAAAGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189289 AGAGAAGCCTGGGTTTCTAACGACACCTACTGGGAGCTTCGAAAGGACCC

   3050     .    :    .    :    .    :
   2844 TGGGTTTAGCAAAGTAGACAGCCCTGTTCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189339 TGGGTTTAGCAAAGTAGACAGCCCTGTTCTTTGG