seq1 = pF1KB3238.tfa, 2196 bp
seq2 = pF1KB3238/gi568815596f_216013014.tfa (gi568815596f:216013014_216304396), 291383 bp

>pF1KB3238 2196
>gi568815596f:216013014_216304396 (Chr2)

1-21  (96424-96444)   100% ->
22-135  (100003-100116)   100% ->
136-319  (103646-103829)   100% ->
320-368  (104733-104781)   100% ->
369-491  (106030-106152)   100% ->
492-683  (109049-109240)   100% ->
684-798  (112904-113018)   100% ->
799-937  (114523-114661)   100% ->
938-1050  (117862-117974)   100% ->
1051-1113  (119312-119374)   100% ->
1114-1251  (124075-124212)   100% ->
1252-1342  (125076-125166)   100% ->
1343-1476  (128173-128306)   100% ->
1477-1670  (135070-135263)   99% ->
1671-1764  (147055-147148)   100% ->
1765-1834  (148966-149035)   100% ->
1835-1944  (177212-177321)   100% ->
1945-2041  (179626-179722)   100% ->
2042-2109  (181906-181973)   100% ->
2110-2184  (191309-191383)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCGGTCGGGGAATAAG         GCAGCTGTTGTGCTGTGTAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  96424 ATGGTGCGGTCGGGGAATAAGGTA...CAGGCAGCTGTTGTGCTGTGTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGACGTGGGCTTTACCATGAGTAACTCCATTCCTGGTATAGAATCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 GGACGTGGGCTTTACCATGAGTAACTCCATTCCTGGTATAGAATCCCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGAACAAGCAAAGAAGGTGATAACCATGTTTGTACAGCGACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100073 TTGAACAAGCAAAGAAGGTGATAACCATGTTTGTACAGCGACAGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    GTGTTTGCTGAGAACAAGGATGAGATTGCTTTAGTCCTGTTTGGTAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103643 TAGGTGTTTGCTGAGAACAAGGATGAGATTGCTTTAGTCCTGTTTGGTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGATGGCACTGACAATCCCCTTTCTGGTGGGGATCAGTATCAGAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103693 AGATGGCACTGACAATCCCCTTTCTGGTGGGGATCAGTATCAGAACATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGTGCACAGACATCTGATGCTACCAGATTTTGATTTGCTGGAGGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103743 CAGTGCACAGACATCTGATGCTACCAGATTTTGATTTGCTGGAGGACATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAGCAAAATCCAACCAGGTTCTCAACAGGCTGACT         TCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103793 GAAAGCAAAATCCAACCAGGTTCTCAACAGGCTGACTGTA...GAGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGATGCACTAATCGTGAGCATGGATGTGATTCAACATGAAACAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104737 GGATGCACTAATCGTGAGCATGGATGTGATTCAACATGAAACAATGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369     AGGAAAGAAGTTTGAGAAGAGGCATATTGAAATATTCACTGACCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104787 .TAGAGGAAAGAAGTTTGAGAAGAGGCATATTGAAATATTCACTGACCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGCAGCCGATTCAGCAAAAGTCAGCTGGATATTATAATTCATAGCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106076 AGCAGCCGATTCAGCAAAAGTCAGCTGGATATTATAATTCATAGCTTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAATGTGACATCTCCCTGCAATTCTT         CTTGCCTTTCTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106126 GAAATGTGACATCTCCCTGCAATTCTTGTA...TAGCTTGCCTTTCTCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGGCAAGGAAGATGGAAGTGGGGACAGAGGAGATGGCCCCTTTCGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109063 TTGGCAAGGAAGATGGAAGTGGGGACAGAGGAGATGGCCCCTTTCGCTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGTGGCCATGGGCCTTCCTTTCCACTAAAAGGAATTACCGAACAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109113 GGTGGCCATGGGCCTTCCTTTCCACTAAAAGGAATTACCGAACAGCAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAAGGTCTTGAGATAGTGAAAATGGTGATGATATCTTTAGAAGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109163 AGAAGGTCTTGAGATAGTGAAAATGGTGATGATATCTTTAGAAGGTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGGTTGGATGAAATTTATTCATTCAG         TGAGAGTCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109213 ATGGGTTGGATGAAATTTATTCATTCAGGTA...AAGTGAGAGTCTGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAACTGTGCGTCTTCAAGAAAATTGAGAGGCATTCCATTCACTGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112917 AAACTGTGCGTCTTCAAGAAAATTGAGAGGCATTCCATTCACTGGCCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCGACTGACCATTGGCTCCAATTTGTCTATAAGGATTGCAGCCTATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112967 CCGACTGACCATTGGCTCCAATTTGTCTATAAGGATTGCAGCCTATAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CG         ATTCTACAGGAGAGAGTTAAAAAGACTTGGACAGTTGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113017 CGGTA...AAGATTCTACAGGAGAGAGTTAAAAAGACTTGGACAGTTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATGCAAAAACCCTAAAAAAAGAAGATATACAAAAAGAAACAGTTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114562 GATGCAAAAACCCTAAAAAAAGAAGATATACAAAAAGAAACAGTTTATTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTTAAATGATGATGATGAAACTGAAGTTTTAAAAGAGGATATTATTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114612 CTTAAATGATGATGATGAAACTGAAGTTTTAAAAGAGGATATTATTCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938          GGTTCCGCTATGGAAGTGATATAGTTCCTTTCTCTAAAGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114662 GTA...CAGGGTTCCGCTATGGAAGTGATATAGTTCCTTTCTCTAAAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATGAGGAACAAATGAAATATAAATCGGAGGGGAAGTGCTTCTCTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117903 GATGAGGAACAAATGAAATATAAATCGGAGGGGAAGTGCTTCTCTGTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGGATTTTGTAAATCTTCTCAG         GTTCAGAGAAGATTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117953 GGGATTTTGTAAATCTTCTCAGGTA...TAGGTTCAGAGAAGATTCTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGGAAATCAAGTTCTAAAGGTCTTTGCAGCAAGAGATGATGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119331 TGGGAAATCAAGTTCTAAAGGTCTTTGCAGCAAGAGATGATGAGGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114    GCAGCTGCAGTTGCACTTTCCTCCCTGATTCATGCTTTGGATGACTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124072 CAGGCAGCTGCAGTTGCACTTTCCTCCCTGATTCATGCTTTGGATGACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGACATGGTGGCCATAGTTCGATATGCTTATGACAAAAGAGCTAATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124122 AGACATGGTGGCCATAGTTCGATATGCTTATGACAAAAGAGCTAATCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGTCGGCGTGGCTTTTCCTCATATCAAGCATAACTATGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 124172 AAGTCGGCGTGGCTTTTCCTCATATCAAGCATAACTATGAGGTA...TAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGTTTAGTGTATGTGCAGCTGCCTTTCATGGAAGACTTGCGGCAATACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125076 TGTTTAGTGTATGTGCAGCTGCCTTTCATGGAAGACTTGCGGCAATACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GTTTTCATCCTTGAAAAACAGTAAGAAATATGCTCCCACCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125126 GTTTTCATCCTTGAAAAACAGTAAGAAATATGCTCCCACCGGTG...AAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AGGCACAGTTGAATGCTGTTGATGCTTTGATTGACTCCATGAGCTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128173 AGGCACAGTTGAATGCTGTTGATGCTTTGATTGACTCCATGAGCTTGGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAGAAAGATGAGAAGACAGACACCCTTGAAGACTTGTTTCCAACCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128223 AAGAAAGATGAGAAGACAGACACCCTTGAAGACTTGTTTCCAACCACCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AATCCCAAATCCTCGATTTCAGAGATTATTTCAG         TGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 128273 AATCCCAAATCCTCGATTTCAGAGATTATTTCAGGTA...CAGTGTCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGCACAGAGCTTTACATCCCCGGGAGCCTCTACCCCCAATTCAGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135077 TGCACAGAGCTTTACATCCCCGGGAGCCTCTACCCCCAATTCAGCAGCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATTTGGAATATGCTGAATCCTCCCGCTGAGGTGACAACGAAAAGTCAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 135127 ATTTGGAATATGCTGAATCCTCCCGCTGAGGTGACAACAAAAAGTCAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TCCTCTCTCTAAAATAAAGACCCTTTTTCCTCTGATTGAAGCCAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135177 TCCTCTCTCTAAAATAAAGACCCTTTTTCCTCTGATTGAAGCCAAGAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGGATCAAGTGACTGCTCAGGAAATTTTCCAAGACAA         CCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 135227 AGGATCAAGTGACTGCTCAGGAAATTTTCCAAGACAAGTA...TAGCCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAAGATGGACCTACAGCTAAAAAATTAAAGACTGAGCAAGGGGGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147059 GAAGATGGACCTACAGCTAAAAAATTAAAGACTGAGCAAGGGGGAGCCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CTTCAGCGTCTCCAGTCTGGCTGAAGGCAGTGTCACCTCT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 147109 CTTCAGCGTCTCCAGTCTGGCTGAAGGCAGTGTCACCTCTGTA...TAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TTGGAAGTGTGAATCCTGCTGAAAACTTCCGTGTTCTAGTGAAACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148967 TTGGAAGTGTGAATCCTGCTGAAAACTTCCGTGTTCTAGTGAAACAGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AAGGCCAGCTTTGAGGAAG         CGAGTAACCAGCTCATAAATCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 149017 AAGGCCAGCTTTGAGGAAGGTG...TAGCGAGTAACCAGCTCATAAATCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CATCGAACAGTTTTTGGATACTAATGAAACACCGTATTTTATGAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177234 CATCGAACAGTTTTTGGATACTAATGAAACACCGTATTTTATGAAGAGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TAGACTGCATCCGAGCCTTCCGGGAAGAAGCCATTAAG         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 177284 TAGACTGCATCCGAGCCTTCCGGGAAGAAGCCATTAAGGTA...CAGTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 TCAGAAGAGCAGCGCTTTAACAACTTCCTGAAAGCCCTTCAAGAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179629 TCAGAAGAGCAGCGCTTTAACAACTTCCTGAAAGCCCTTCAAGAGAAAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GGAAATTAAACAATTAAATCATTTCTGGGAAATTGTTGTCCAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 179679 GGAAATTAAACAATTAAATCATTTCTGGGAAATTGTTGTCCAGGGTA...

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042    ATGGAATTACTCTGATCACCAAAGAGGAAGCCTCTGGAAGTTCTGTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181903 TAGATGGAATTACTCTGATCACCAAAGAGGAAGCCTCTGGAAGTTCTGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 ACAGCTGAGGAAGCCAAAAAG         TTTCTGGCCCCCAAAGACAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 181953 ACAGCTGAGGAAGCCAAAAAGGTA...CAGTTTCTGGCCCCCAAAGACAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 ACCAAGTGGAGACACAGCAGCTGTATTTGAAGAAGGTGGTGATGTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191329 ACCAAGTGGAGACACAGCAGCTGTATTTGAAGAAGGTGGTGATGTGGACG

   2350     .
   2180 ATTTA
        |||||
 191379 ATTTA