seq1 = pF1KB3214.tfa, 2523 bp
seq2 = pF1KB3214/gi568815592r_89832411.tfa (gi568815592r:89832411_90108844), 276434 bp

>pF1KB3214 2523
>gi568815592r:89832411_90108844 (Chr6)

(complement)

1-243  (100001-100243)   99% ->
244-1836  (156983-158575)   100% ->
1837-2043  (170495-170701)   100% ->
2044-2523  (175955-176434)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGTGGATGAGAAGCCTGACTCCCCCATGTATGTGTATGAGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGTGGATGAGAAGCCTGACTCCCCCATGTATGTGTATGAGTCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCCACTGCACCAACATCCTCCTGGGCCTCAATGACCAGCGGAAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTCCACTGCACCAACATCCTCCTGGGCCTCAATGACCAGCGGAAAAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATATTCTCTGTGACGTGACTTTGATCGTGGAGAGGAAGGAGTTCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATATTCTCTGTGACGTGACTTTGATCGTGGAGAGGAAGGAGTTCCGGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACCGGGCTGTGCTGGCCGCATGCAGTGAATATTTTTGGCAGGCGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACCGGGCTGTGCTGGCCGCATGCAGTGAATATTTTTGGCAGGCGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGACAGACAAAAAATGATTTGGCGGTCAGCTTGCCTGAGGAG       
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>...>
 100201 TGGACAGACAAAAAATGATTTGGTGGTCAGCTTGCCTGAGGAGGTA...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    244   GTCACAGCCAGGGGCTTTGGGCCGCTGTTACAGTTTGCCTACACTGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156981 AGGTCACAGCCAGGGGCTTTGGGCCGCTGTTACAGTTTGCCTACACTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCTGTTACTCAGCAGAGAAAACATCCGCGAGGTCATCCGCTGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157031 AAGCTGTTACTCAGCAGAGAAAACATCCGCGAGGTCATCCGCTGTGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTTCCTGCGCATGCACAACCTGGAGGACTCCTGCTTCAGCTTCCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157081 GTTCCTGCGCATGCACAACCTGGAGGACTCCTGCTTCAGCTTCCTGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCAGCTCCTGAACAGTGAGGATGGCCTGTTTGTGTGCCGGAAGGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157131 CCCAGCTCCTGAACAGTGAGGATGGCCTGTTTGTGTGCCGGAAGGATGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCGTGCCAGCGCCCACACGAGGACTGCGAGAACTCTGCAGGAGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157181 GCGTGCCAGCGCCCACACGAGGACTGCGAGAACTCTGCAGGAGAGGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGATGAAGAGGAGGAGACGATGGATTCAGAGACGGCCAAGATGGCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157231 GGATGAAGAGGAGGAGACGATGGATTCAGAGACGGCCAAGATGGCTTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCAGGGACCAGATGCTTCCAGAGCCCATCAGCTTTGAGGCCGCCGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157281 CCAGGGACCAGATGCTTCCAGAGCCCATCAGCTTTGAGGCCGCCGCCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCCGTAGCAGAGAAGGAAGAAGCCCTGCTGCCCGAGCCTGACGTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157331 CCCGTAGCAGAGAAGGAAGAAGCCCTGCTGCCCGAGCCTGACGTGCCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGACACCAAGGAGAGCTCAGAAAAGGACGCGTTAACGCAGTACCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157381 AGACACCAAGGAGAGCTCAGAAAAGGACGCGTTAACGCAGTACCCCAGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACAAGAAATACCAGCTTGCATGTACCAAGAATGTCTATAATGCATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157431 ACAAGAAATACCAGCTTGCATGTACCAAGAATGTCTATAATGCATCATCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CACAGTACCTCAGGTTTTGCAAGCACATTCCGGGAAGATAACTCTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157481 CACAGTACCTCAGGTTTTGCAAGCACATTCCGGGAAGATAACTCTAGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAGCCTCAAGCCGGGGCTTGCCAGGGGGCAGATTAAAAGTGAGCCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157531 CAGCCTCAAGCCGGGGCTTGCCAGGGGGCAGATTAAAAGTGAGCCGCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GTGAAGAGAATGAGGAAGAGAGCATCACGCTCTGCCTGTCTGGAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157581 GTGAAGAGAATGAGGAAGAGAGCATCACGCTCTGCCTGTCTGGAGATGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCTGACGCCAAGGACAGAGCGGGGGATGTCGAGATGGACCGGAAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157631 CCTGACGCCAAGGACAGAGCGGGGGATGTCGAGATGGACCGGAAACAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAGCCCTGCCCCTACCCCCACGGCCCCAGCTGGGGCCGCCTGCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157681 CAGCCCTGCCCCTACCCCCACGGCCCCAGCTGGGGCCGCCTGCCTGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GATCCAGGAGCGTGGCCTCGCCCTCCTGCTTAAGGTCTCTGTTCAGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157731 GATCCAGGAGCGTGGCCTCGCCCTCCTGCTTAAGGTCTCTGTTCAGCATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ACGAAAAGTGTGGAGCTGTCTGGCCTGCCCAGTACATCTCAGCAGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157781 ACGAAAAGTGTGGAGCTGTCTGGCCTGCCCAGTACATCTCAGCAGCACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TGCCAGGAGTCCAGCCTGCCCTTTTGACAAGGGGATCACTCAGGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157831 TGCCAGGAGTCCAGCCTGCCCTTTTGACAAGGGGATCACTCAGGGTGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TTAAAACTGACTACACCCCTTTCACAGGGAATTATGGACAGCCCCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157881 TTAAAACTGACTACACCCCTTTCACAGGGAATTATGGACAGCCCCACGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GGCCAGAAGGAGGTGTCCAACTTCACCATGGGGTCGCCCCTCAGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157931 GGCCAGAAGGAGGTGTCCAACTTCACCATGGGGTCGCCCCTCAGGGGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGGGTTGGAGGCTCTCTGTAAACAGGAGGGAGAGCTGGACCGGAGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157981 TGGGTTGGAGGCTCTCTGTAAACAGGAGGGAGAGCTGGACCGGAGGAGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TGATCTTCTCCTCCAGCGCTTGTGACCAAGTGAGCACCTCGGTGCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158031 TGATCTTCTCCTCCAGCGCTTGTGACCAAGTGAGCACCTCGGTGCATTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TATTCTGGGGTGAGCAGTTTGGACAAAGACCTCTCTGAGCCGGTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158081 TATTCTGGGGTGAGCAGTTTGGACAAAGACCTCTCTGAGCCGGTGCCAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GGGTCTGTGGGTGGGAGCCGGCCAGTCCCTCCCCAGCTCGCAGGCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158131 GGGTCTGTGGGTGGGAGCCGGCCAGTCCCTCCCCAGCTCGCAGGCCTACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CCCACGGTGGGCTGATGGCCGACCACTTGCCAGGAAGGATGCGGCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158181 CCCACGGTGGGCTGATGGCCGACCACTTGCCAGGAAGGATGCGGCCCAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 ACCAGCTGCCCGGTACCAATCAAAGTCTGCCCTCGCTCACCCCCCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158231 ACCAGCTGCCCGGTACCAATCAAAGTCTGCCCTCGCTCACCCCCCTTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 GACCAGGACCAGGACTTCCAGCTCCTGCTCTTCCTATTCCTACGCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158281 GACCAGGACCAGGACTTCCAGCTCCTGCTCTTCCTATTCCTACGCGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 ACGGGAGCGGGGGCTCACCCTGCAGCCTCCCTCTCTGTGAGTTCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158331 ACGGGAGCGGGGGCTCACCCTGCAGCCTCCCTCTCTGTGAGTTCTCCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 TCGCCCTGTTCCCAGGGAGCCAGATTCCTTGCCACAGAACATCAGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158381 TCGCCCTGTTCCCAGGGAGCCAGATTCCTTGCCACAGAACATCAGGAACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 AGGCCTGATGGGAGATGGAATGTACAACCAAGTGCGGCCCCAAATTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158431 AGGCCTGATGGGAGATGGAATGTACAACCAAGTGCGGCCCCAAATTAAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 GTGAGCAGTCTTATGGAACCAACTCCAGTGACGAATCCGGATCGTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158481 GTGAGCAGTCTTATGGAACCAACTCCAGTGACGAATCCGGATCGTTCTCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GAAGCAGACAGTGAGTCGTGTCCTGTGCAGGACAGGGGCCAGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 158531 GAAGCAGACAGTGAGTCGTGTCCTGTGCAGGACAGGGGCCAGGAGGTA..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1837     GTAAAACTTCCTTTTCCTGTAGATCAAATCACAGATCTTCCAAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158581 .CAGGTAAAACTTCCTTTTCCTGTAGATCAAATCACAGATCTTCCAAGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 ACGATTTCCAGATGATGATTAAAATGCACAAGCTAACCTCAGAACAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170541 ACGATTTCCAGATGATGATTAAAATGCACAAGCTAACCTCAGAACAGTTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 GAGTTTATTCATGATGTCCGACGGCGCAGCAAGAACCGCATCGCGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170591 GAGTTTATTCATGATGTCCGACGGCGCAGCAAGAACCGCATCGCGGCCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 GCGCTGCCGCAAAAGGAAACTGGACTGTATTCAGAATTTAGAATGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170641 GCGCTGCCGCAAAAGGAAACTGGACTGTATTCAGAATTTAGAATGTGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 TCCGCAAATTG         GTGTGTGAGAAAGAGAAACTGTTGTCAGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 170691 TCCGCAAATTGGTG...CAGGTGTGTGAGAAAGAGAAACTGTTGTCAGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 AGGAATCAACTGAAAGCATGCATGGGGGAACTGTTGGACAACTTCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175985 AGGAATCAACTGAAAGCATGCATGGGGGAACTGTTGGACAACTTCTCCTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 CCTTTCCCAGGAAGTTTGCCGAGACATCCAGAGCCCCGAGCAGATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176035 CCTTTCCCAGGAAGTTTGCCGAGACATCCAGAGCCCCGAGCAGATCCAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 CCCTGCATCGGTATTGCCCTGTCCTCAGACCCATGGACTTGCCCACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176085 CCCTGCATCGGTATTGCCCTGTCCTCAGACCCATGGACTTGCCCACGGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224 TCCAGTATTAACCCTGCGCCCTTGGGTGCTGAGCAGAACATTGCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176135 TCCAGTATTAACCCTGCGCCCTTGGGTGCTGAGCAGAACATTGCGGCCTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2274 CCAATGCGCAGTGGGGGAAAACGTGCCCTGCTGCTTGGAGCCAGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176185 CCAATGCGCAGTGGGGGAAAACGTGCCCTGCTGCTTGGAGCCAGGCGCGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2324 CTCCCCCCGGACCCCCCTGGGCACCCAGCAACACCTCCGAGAATTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176235 CTCCCCCCGGACCCCCCTGGGCACCCAGCAACACCTCCGAGAATTGTACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2374 TCTGGGAGGAGACTAGAAGGCACTGACCCGGGAACCTTCTCAGAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176285 TCTGGGAGGAGACTAGAAGGCACTGACCCGGGAACCTTCTCAGAGAGAGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2424 ACCTCCTCTTGAACCCAGGAGCCAAACAGTGACCGTGGACTTCTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176335 ACCTCCTCTTGAACCCAGGAGCCAAACAGTGACCGTGGACTTCTGCCAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2474 AAATGACTGATAAGTGTACAACTGACGAACAGCCCAGGAAAGATTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176385 AAATGACTGATAAGTGTACAACTGACGAACAGCCCAGGAAAGATTATACC