seq1 = pF1KB3201.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KB3201/gi568815593f_69134976.tfa (gi568815593f:69134976_69376691), 241716 bp

>pF1KB3201 1038
>gi568815593f:69134976_69376691 (Chr5)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-126  (100419-100478)   100% ->
127-160  (117443-117476)   100% ->
161-228  (119627-119694)   100% ->
229-297  (120485-120553)   100% ->
298-408  (123068-123178)   100% ->
409-527  (124843-124961)   100% ->
528-627  (127230-127329)   100% ->
628-714  (134232-134318)   100% ->
715-864  (137917-138066)   100% ->
865-1012  (141568-141715)   100% ->
1013-1038  (142132-142157)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTGGACGTGAAGTCTCGGGCAAAGCGTTATGAGAAGCTGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTGGACGTGAAGTCTCGGGCAAAGCGTTATGAGAAGCTGGACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTGGGGAGGGACAG         TTTGCCACCGTTTACAAGGCCAGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTGGGGAGGGACAGGTG...TAGTTTGCCACCGTTTACAAGGCCAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAAGAACACCAACCAAATTGTCGCCATTAAGAAA         ATCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100444 ATAAGAACACCAACCAAATTGTCGCCATTAAGAAAGTG...CAGATCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTTGGACATAGATCAGAAGCTAAAGATG         GTATAAATAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117449 CTTGGACATAGATCAGAAGCTAAAGATGGTA...TAGGTATAAATAGAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CGCCTTAAGAGAGATAAAATTATTACAGGAGCTAAGTCATCCAAATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119640 CGCCTTAAGAGAGATAAAATTATTACAGGAGCTAAGTCATCCAAATATAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTGGT         CTCCTTGATGCTTTTGGACATAAATCTAATATTAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119690 TTGGTGTG...CAGCTCCTTGATGCTTTTGGACATAAATCTAATATTAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CTTGTCTTTGATTTTATGGAAACTGATCTAGAG         GTTATAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120521 CTTGTCTTTGATTTTATGGAAACTGATCTAGAGGTA...CAGGTTATAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 AAAGGATAATAGTCTTGTGCTGACACCATCACACATCAAAGCCTACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123076 AAAGGATAATAGTCTTGTGCTGACACCATCACACATCAAAGCCTACATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TGATGACTCTTCAAGGATTAGAATATTTACATCAACATTGGATCCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123126 TGATGACTCTTCAAGGATTAGAATATTTACATCAACATTGGATCCTACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AGG         GATCTGAAACCAAACAACTTGTTGCTAGATGAAAATGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123176 AGGGTA...TAGGATCTGAAACCAAACAACTTGTTGCTAGATGAAAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AGTTCTAAAACTGGCAGATTTTGGCCTGGCCAAATCTTTTGGGAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124881 AGTTCTAAAACTGGCAGATTTTGGCCTGGCCAAATCTTTTGGGAGCCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATAGAGCTTATACACATCAGGTTGTAACCAG         GTGGTATCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124931 ATAGAGCTTATACACATCAGGTTGTAACCAGGTA...TAGGTGGTATCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GCCCCCGAGTTACTATTTGGAGCTAGGATGTATGGTGTAGGTGTGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127240 GCCCCCGAGTTACTATTTGGAGCTAGGATGTATGGTGTAGGTGTGGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTGGGCTGTTGGCTGTATATTAGCAGAGTTACTTCTAAGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 127290 GTGGGCTGTTGGCTGTATATTAGCAGAGTTACTTCTAAGGGTA...CAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TTCCTTTTTTGCCAGGAGATTCAGACCTTGATCAGCTAACAAGAATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134233 TTCCTTTTTTGCCAGGAGATTCAGACCTTGATCAGCTAACAAGAATATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GAAACTTTGGGCACACCAACTGAGGAACAGTGGCCG         GACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 134283 GAAACTTTGGGCACACCAACTGAGGAACAGTGGCCGGTA...CAGGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 GTGTAGTCTTCCAGATTATGTGACATTTAAGAGTTTCCCTGGAATACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137922 GTGTAGTCTTCCAGATTATGTGACATTTAAGAGTTTCCCTGGAATACCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGCATCACATCTTCAGTGCAGCAGGAGACGACTTACTAGATCTCATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137972 TGCATCACATCTTCAGTGCAGCAGGAGACGACTTACTAGATCTCATACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GGCTTATTCTTATTTAATCCATGTGCTCGAATTACGGCCACACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 138022 GGCTTATTCTTATTTAATCCATGTGCTCGAATTACGGCCACACAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865     GCACTGAAAATGAAGTATTTCAGTAATCGGCCAGGGCCAACACCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138072 .AAGGCACTGAAAATGAAGTATTTCAGTAATCGGCCAGGGCCAACACCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GATGTCAGCTGCCAAGACCAAACTGTCCAGTGGAAACCTTAAAGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141614 GATGTCAGCTGCCAAGACCAAACTGTCCAGTGGAAACCTTAAAGGAGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TCAAATCCAGCTTTGGCAATAAAAAGGAAAAGAACAGAGGCCTTAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141664 TCAAATCCAGCTTTGGCAATAAAAAGGAAAAGAACAGAGGCCTTAGAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1011 AG         GAGGATTGCCCAAGAAACTAATTTTT
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 141714 AGGTA...TAGGAGGATTGCCCAAGAAACTAATTTTT