seq1 = pF1KB3200.tfa, 2037 bp
seq2 = pF1KB3200/gi568815593r_138456040.tfa (gi568815593r:138456040_138675318), 219279 bp

>pF1KB3200 2037
>gi568815593r:138456040_138675318 (Chr5)

(complement)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-140  (101193-101251)   100% ->
141-228  (101469-101556)   100% ->
229-410  (104178-104359)   100% ->
411-535  (106270-106394)   100% ->
536-609  (107597-107670)   100% ->
610-716  (107758-107864)   100% ->
717-879  (108156-108318)   100% ->
880-972  (108601-108693)   100% ->
973-1182  (113530-113739)   100% ->
1183-1410  (115228-115455)   100% ->
1411-1515  (116662-116766)   100% ->
1516-1633  (117333-117450)   100% ->
1634-1728  (117823-117917)   100% ->
1729-1821  (118453-118545)   100% ->
1822-1962  (118727-118867)   100% ->
1963-2037  (119205-119279)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATAAGTGCCAGCCGAGCTGCAGCAGCCCGTCTCGTGGGCGCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATAAGTGCCAGCCGAGCTGCAGCAGCCCGTCTCGTGGGCGCCGCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCCGGGGCCCTACGGCCGCCCGCCACCAG         GATAGCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 CTCCCGGGGCCCTACGGCCGCCCGCCACCAGGTG...TAGGATAGCTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGCCTTAGTCATGAGGCTTTTAGACTTGTTTCAAGGCGGGATTATGC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101203 ATGGCCTTAGTCATGAGGCTTTTAGACTTGTTTCAAGGCGGGATTATGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141         ATCAGAAGCAATCAAGGGAGCAGTTGTTGGTATTGATTTGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101253 TA...CAGATCAGAAGCAATCAAGGGAGCAGTTGTTGGTATTGATTTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TACTACCAACTCCTGCGTGGCAGTTATGGAAGGTAAACAAGCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101511 TACTACCAACTCCTGCGTGGCAGTTATGGAAGGTAAACAAGCAAAGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    229      GTGCTGGAGAATGCCGAAGGTGCCAGAACCACCCCTTCAGTTGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101561 ..TAGGTGCTGGAGAATGCCGAAGGTGCCAGAACCACCCCTTCAGTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCTTTACAGCAGATGGTGAGCGACTTGTTGGAATGCCGGCCAAGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104223 GCCTTTACAGCAGATGGTGAGCGACTTGTTGGAATGCCGGCCAAGCGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCTGTCACCAACCCAAACAATACATTTTATGCTACCAAGCGTCTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104273 GGCTGTCACCAACCCAAACAATACATTTTATGCTACCAAGCGTCTCATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCGGCGATATGATGATCCTGAAGTACAGAAAGACAT         TAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104323 GCCGGCGATATGATGATCCTGAAGTACAGAAAGACATGTG...CAGTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATGTTCCCTTTAAAATTGTCCGTGCCTCCAATGGTGATGCCTGGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106274 AATGTTCCCTTTAAAATTGTCCGTGCCTCCAATGGTGATGCCTGGGTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCTCATGGGAAATTGTATTCTCCGAGTCAGATTGGAGCATTTGTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106324 GGCTCATGGGAAATTGTATTCTCCGAGTCAGATTGGAGCATTTGTGTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAAGATGAAAGAGACTGCAG         AAAATTACTTGGGGCACACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106374 TGAAGATGAAAGAGACTGCAGGTG...CAGAAAATTACTTGGGGCACACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAAAAAATGCTGTGATCACAGTCCCAGCTTATTTCAATGACTCGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107617 GCAAAAAATGCTGTGATCACAGTCCCAGCTTATTTCAATGACTCGCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACAG         GCCACTAAAGATGCTGGCCAGATATCTGGACTGAATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107667 ACAGGTG...TAGGCCACTAAAGATGCTGGCCAGATATCTGGACTGAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCTTCGGGTGATTAATGAGCCCACAGCTGCTGCTCTTGCCTATGGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107795 TGCTTCGGGTGATTAATGAGCCCACAGCTGCTGCTCTTGCCTATGGTCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACAAATCAGAAGACAAAGT         CATTGCTGTATATGATTTAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107845 GACAAATCAGAAGACAAAGTGTA...CAGCATTGCTGTATATGATTTAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGTGGAACTTTTGATATTTCTATCCTGGAAATTCAGAAAGGAGTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108177 TGGTGGAACTTTTGATATTTCTATCCTGGAAATTCAGAAAGGAGTATTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGTGAAATCCACAAATGGGGATACCTTCTTAGGTGGGGAAGACTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108227 AGGTGAAATCCACAAATGGGGATACCTTCTTAGGTGGGGAAGACTTTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGGCCTTGCTACGGCACATTGTGAAGGAGTTCAAGAGAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108277 CAGGCCTTGCTACGGCACATTGTGAAGGAGTTCAAGAGAGAGGTG...TA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880  ACAGGGGTTGATTTGACTAAAGACAACATGGCACTTCAGAGGGTACGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108600 GACAGGGGTTGATTTGACTAAAGACAACATGGCACTTCAGAGGGTACGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGCTGCTGAAAAGGCTAAATGTGAACTCTCCTCATCTGTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108650 AAGCTGCTGAAAAGGCTAAATGTGAACTCTCCTCATCTGTGCAGGTG...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973    ACTGACATCAATTTGCCCTATCTTACAATGGATTCTTCTGGACCCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113527 CAGACTGACATCAATTTGCCCTATCTTACAATGGATTCTTCTGGACCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCATTTGAATATGAAGTTGACCCGTGCTCAATTTGAAGGGATTGTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113577 GCATTTGAATATGAAGTTGACCCGTGCTCAATTTGAAGGGATTGTCACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATCTAATCAGAAGGACTATCGCTCCATGCCAAAAAGCTATGCAAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113627 ATCTAATCAGAAGGACTATCGCTCCATGCCAAAAAGCTATGCAAGATGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAAGTCAGCAAGAGTGACATAGGAGAAGTGATTCTTGTGGGTGGCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113677 GAAGTCAGCAAGAGTGACATAGGAGAAGTGATTCTTGTGGGTGGCATGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAGGATGCCCAAG         GTTCAGCAGACTGTACAGGATCTTTTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 113727 TAGGATGCCCAAGGTA...CAGGTTCAGCAGACTGTACAGGATCTTTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCAGAGCCCCAAGTAAAGCTGTCAATCCTGATGAGGCTGTGGCCATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115256 GCAGAGCCCCAAGTAAAGCTGTCAATCCTGATGAGGCTGTGGCCATTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCTGCCATTCAGGGAGGTGTGTTGGCCGGCGATGTCACGGATGTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115306 GCTGCCATTCAGGGAGGTGTGTTGGCCGGCGATGTCACGGATGTGCTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTTGATGTCACTCCCCTGTCTCTGGGTATTGAAACTCTAGGAGGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115356 CCTTGATGTCACTCCCCTGTCTCTGGGTATTGAAACTCTAGGAGGTGTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTACCAAACTTATTAATAGGAATACCACTATTCCAACCAAGAAGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115406 TTACCAAACTTATTAATAGGAATACCACTATTCCAACCAAGAAGAGCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411          GTATTCTCTACTGCCGCTGATGGTCAAACGCAAGTGGAAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115456 GTA...TAGGTATTCTCTACTGCCGCTGATGGTCAAACGCAAGTGGAAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TAAAGTGTGTCAGGGTGAAAGAGAGATGGCTGGAGACAACAAACTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116703 TAAAGTGTGTCAGGGTGAAAGAGAGATGGCTGGAGACAACAAACTCCTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GACAGTTTACTTTG         ATTGGAATTCCACCAGCCCCTCGTGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116753 GACAGTTTACTTTGGTA...TAGATTGGAATTCCACCAGCCCCTCGTGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTTCCTCAGATTGAAGTTACATTTGACATTGATGCCAATGGGATAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117360 GTTCCTCAGATTGAAGTTACATTTGACATTGATGCCAATGGGATAGTACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGTTTCTGCTAAAGATAAAGGCACAGGACGTGAGCAGCAGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117410 TGTTTCTGCTAAAGATAAAGGCACAGGACGTGAGCAGCAGAGTA...CAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TTGTAATCCAGTCTTCTGGTGGATTAAGCAAAGATGATATTGAAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117823 TTGTAATCCAGTCTTCTGGTGGATTAAGCAAAGATGATATTGAAAATATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GTTAAAAATGCAGAGAAATATGCTGAAGAAGACCGGCGAAAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117873 GTTAAAAATGCAGAGAAATATGCTGAAGAAGACCGGCGAAAGAAGGTG..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729     GAACGAGTTGAAGCAGTTAATATGGCTGAAGGAATCATTCACGACA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117923 .AAGGAACGAGTTGAAGCAGTTAATATGGCTGAAGGAATCATTCACGACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CAGAAACCAAGATGGAAGAATTCAAGGACCAATTACCTGCTGATGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118499 CAGAAACCAAGATGGAAGAATTCAAGGACCAATTACCTGCTGATGAGGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1822       TGCAACAAGCTGAAAGAAGAGATTTCCAAAATGAGGGAGCTCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118549 ...AAGTGCAACAAGCTGAAAGAAGAGATTTCCAAAATGAGGGAGCTCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GGCTAGAAAAGACAGCGAAACAGGAGAAAATATTAGACAGGCAGCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118771 GGCTAGAAAAGACAGCGAAACAGGAGAAAATATTAGACAGGCAGCATCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CTCTTCAGCAGGCATCACTGAAGCTGTTCGAAATGGCATACAAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118821 CTCTTCAGCAGGCATCACTGAAGCTGTTCGAAATGGCATACAAAAAGGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1963       ATGGCATCTGAGCGAGAAGGCTCTGGAAGTTCTGGCACTGGGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118871 ...CAGATGGCATCTGAGCGAGAAGGCTCTGGAAGTTCTGGCACTGGGGA

   2150     .    :    .    :    .    :
   2007 ACAAAAGGAAGATCAAAAGGAGGAAAAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 119249 ACAAAAGGAAGATCAAAAGGAGGAAAAACAG