seq1 = pF1KB3115.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KB3115/gi568815581r_17147101.tfa (gi568815581r:17147101_17381186), 234086 bp

>pF1KB3115 1269
>gi568815581r:17147101_17381186 (Chr17)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-185  (105023-105152)   100% ->
186-298  (110179-110291)   100% ->
299-348  (110380-110429)   100% ->
349-441  (113210-113302)   100% ->
442-621  (116206-116385)   100% ->
622-762  (119081-119221)   100% ->
763-936  (120713-120886)   100% ->
937-1023  (126242-126328)   100% ->
1024-1137  (132148-132261)   100% ->
1138-1218  (133627-133707)   100% ->
1219-1269  (134036-134086)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCTGCCCTGGAGCAGTTCGTGAACAGTGTCCGACAGCTCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCTGCCCTGGAGCAGTTCGTGAACAGTGTCCGACAGCTCTCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAAG         GGCAAATGACACAGCTTTGTGAACTGATCAACAAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAAGGTA...CAGGGCAAATGACACAGCTTTGTGAACTGATCAACAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGGGGAACTCCTTGCGAAGAACTTATCCCATCTGGACACTGTGCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105059 GTGGGGAACTCCTTGCGAAGAACTTATCCCATCTGGACACTGTGCTCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCTGGATGTACAAGAACACTCCTTGGGCGTCCTTGCTGTTTT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105109 GCTCTGGATGTACAAGAACACTCCTTGGGCGTCCTTGCTGTTTTGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GTTTGTGAAGTTTTCTATGCCCAGTGTTCCTGACTTCGAAACGCTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110176 TAGGTTTGTGAAGTTTTCTATGCCCAGTGTTCCTGACTTCGAAACGCTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTCACAGGTTCAGCTCTTCATCAGCACTTGTAATGGGGAGCACATTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110226 TCTCACAGGTTCAGCTCTTCATCAGCACTTGTAATGGGGAGCACATTCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGCAACAGACACTT         TTGCTGGGCTTTGCCATCAGCTAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 110276 TATGCAACAGACACTTGTA...TAGTTGCTGGGCTTTGCCATCAGCTAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAATGCACTTGTGGAAAGAAAACAG         CCCCTGCGAGGAATTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110405 AAATGCACTTGTGGAAAGAAAACAGGTA...CAGCCCCTGCGAGGAATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCATCCTTAAGCAAGCCATAGACAAGATGCAGATGAATACAAACCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113226 GCATCCTTAAGCAAGCCATAGACAAGATGCAGATGAATACAAACCAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCTCAATACATGCTGATCTCTGCCAG         CTTTGTTTGCTAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113276 ACCTCAATACATGCTGATCTCTGCCAGGTA...CAGCTTTGTTTGCTAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAAATGCTTTAAGCCTGCCCTTCCATATCTTGACGTGGATATGATGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116220 AAAATGCTTTAAGCCTGCCCTTCCATATCTTGACGTGGATATGATGGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCTGTAAAGAGAATGGAGCCTATGATGCAAAACACTTTTTATGTTACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116270 TCTGTAAAGAGAATGGAGCCTATGATGCAAAACACTTTTTATGTTACTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATTATGGAGGGATGATCTATACTGGGCTGAAGAACTTTGAAAGAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116320 TATTATGGAGGGATGATCTATACTGGGCTGAAGAACTTTGAAAGAGCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTACTTTTATGAACAG         GCTATAACTACTCCTGCCATGGCGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116370 CTACTTTTATGAACAGGTA...TAGGCTATAACTACTCCTGCCATGGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCAGTCATATCATGTTGGAATCATATAAAAAGTATATTTTAGTGTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119106 TCAGTCATATCATGTTGGAATCATATAAAAAGTATATTTTAGTGTCTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATATTACTTGGCAAAGTACAACAGCTACCAAAATATACATCTCAAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119156 ATATTACTTGGCAAAGTACAACAGCTACCAAAATATACATCTCAAATTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGTAGATTCATTAAG         CCTCTTAGCAATGCATACCACGAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119206 GGGTAGATTCATTAAGGTA...TAGCCTCTTAGCAATGCATACCACGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TAGCACAAGTGTATTCAACCAACAACCCCTCAGAACTCCGAAACCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120738 TAGCACAAGTGTATTCAACCAACAACCCCTCAGAACTCCGAAACCTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AATAAGCACAGTGAAACCTTCACTCGCGATAACAACATGGGGCTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120788 AATAAGCACAGTGAAACCTTCACTCGCGATAACAACATGGGGCTGGTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAATGCTTGTCATCTCTTTATAAGAAGAATATTCAGAGGCTAACAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120838 GCAATGCTTGTCATCTCTTTATAAGAAGAATATTCAGAGGCTAACAAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937         ACCTTTTTAACTCTATCATTACAAGATATGGCAAGTCGTGTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120888 TG...CAGACCTTTTTAACTCTATCATTACAAGATATGGCAAGTCGTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAGTTGTCTGGACCTCAGGAGGCAGAGAAATACGTTCTGCACATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 126284 CAGTTGTCTGGACCTCAGGAGGCAGAGAAATACGTTCTGCACATGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024     ATAGAAGATGGTGAGATTTTTGCAAGTATTAACCAGAAGGACGGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126334 .CAGATAGAAGATGGTGAGATTTTTGCAAGTATTAACCAGAAGGACGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGTCAGTTTCCATGATAACCCTGAAAAATATAATAACCCAGCCATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132194 TGGTCAGTTTCCATGATAACCCTGAAAAATATAATAACCCAGCCATGCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CATAACATTGATCAGGAG         ATGCTGAAGTGCATTGAGCTGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 132244 CATAACATTGATCAGGAGGTA...CAGATGCTGAAGTGCATTGAGCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGAGCGGCTGAAAGCCATGGACCAGGAGATCACAGTGAACCCTCAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133650 TGAGCGGCTGAAAGCCATGGACCAGGAGATCACAGTGAACCCTCAGTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TACAAAAG         AGTATGGGCTCACAAGAAGATGATTCAGGAAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 133700 TACAAAAGGTG...CAGAGTATGGGCTCACAAGAAGATGATTCAGGAAAC

   1350     .    :    .
   1252 AAACCATCCAGTTATTCT
        ||||||||||||||||||
 134069 AAACCATCCAGTTATTCT