seq1 = pF1KB3111.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KB3111/gi568815586f_53354801.tfa (gi568815586f:53354801_53571808), 217008 bp

>pF1KB3111 1083
>gi568815586f:53354801_53571808 (Chr12)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-93  (100547-100570)   100% ->
94-126  (100661-100693)   100% ->
127-243  (101085-101201)   100% ->
244-375  (104472-104603)   100% ->
376-504  (106215-106343)   100% ->
505-579  (107693-107767)   100% ->
580-672  (109960-110052)   100% ->
673-714  (111132-111173)   100% ->
715-787  (112421-112493)   100% ->
788-826  (113005-113043)   100% ->
827-879  (113980-114032)   100% ->
880-1049  (116838-117007)   100% ->
1050-1083  (124606-124639)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACACCGGTGTGATTGAAGGTGGATTAAATGTCACTCTCACCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACACCGGTGTGATTGAAGGTGGATTAAATGTCACTCTCACCATCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTACTTATGCATGGAAAG         GAAGTTGGCAGTATCATCGGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 GCTACTTATGCATGGAAAGGTA...CAGGAAGTTGGCAGTATCATCGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AG         AAAGGAGAATCAGTTAAGAAGATGCGCGAGGAG      
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100569 AGGTA...CAGAAAGGAGAATCAGTTAAGAAGATGCGCGAGGAGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    127    AGTGGTGCACGTATCAACATCTCAGAAGGGAATTGTCCTGAGAGAAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101082 TAGAGTGGTGCACGTATCAACATCTCAGAAGGGAATTGTCCTGAGAGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TATCACTTTGGCTGGACCCACTAATGCCATCTTCAAAGCCTTTGCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101132 TATCACTTTGGCTGGACCCACTAATGCCATCTTCAAAGCCTTTGCTATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCATTGACAAACTGGAAGAG         GACATAAGCAGCTCTATGACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101182 TCATTGACAAACTGGAAGAGGTT...TAGGACATAAGCAGCTCTATGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AATAGCACAGCTGCCAGTAGACCCCCGGTCACCCTGAGGCTGGTGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104493 AATAGCACAGCTGCCAGTAGACCCCCGGTCACCCTGAGGCTGGTGGTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGCTAGTCAGTGTGGCTCTCTCATTGGAAAAGGTGGATGCAAGATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104543 TGCTAGTCAGTGTGGCTCTCTCATTGGAAAAGGTGGATGCAAGATCAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAATACGAGAG         AGTACAGGGGCTCAGGTCCAGGTGGCAGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104593 AAATACGAGAGGTT...AAGAGTACAGGGGCTCAGGTCCAGGTGGCAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GATATGCTACCCAACTCAACTGAGCGGGCCATCACTATTGCTGGCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106245 GATATGCTACCCAACTCAACTGAGCGGGCCATCACTATTGCTGGCATTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACAATCCATCATTGAGTGTGTCAAACAGATCTGCGTGGTCATGTTGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106295 ACAATCCATCATTGAGTGTGTCAAACAGATCTGCGTGGTCATGTTGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505         TCCCCCCCGAAGGGCGTGACCATCCCGTACCGGCCCAAGCCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106345 TA...CAGTCCCCCCCGAAGGGCGTGACCATCCCGTACCGGCCCAAGCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCCAGCTCTCCGGTCATCTTTGCAGGTGGTCAG         GACAGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107735 TCCAGCTCTCCGGTCATCTTTGCAGGTGGTCAGGTA...CAGGACAGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAGCACAGGCAGCGACAGTGCGAGCTTTCCCCACACCACCCCGTCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109968 CAGCACAGGCAGCGACAGTGCGAGCTTTCCCCACACCACCCCGTCCATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GCCTCAACCCTGACCTGGAGGGACCACCTCTAGAG         GCCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110018 GCCTCAACCCTGACCTGGAGGGACCACCTCTAGAGGTG...TAGGCCTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 ACCATTCAAGGACAGTATGCCATTCCACAGCCAGAT         TTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111138 ACCATTCAAGGACAGTATGCCATTCCACAGCCAGATGTA...CAGTTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CAAGCTGCACCAGTTGGCAATGCAACAGTCTCATTTTCCCATGACGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112426 CAAGCTGCACCAGTTGGCAATGCAACAGTCTCATTTTCCCATGACGCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GCAACACCGGATTCAGTG         GCATTGAATCCAGCTCTCCAGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112476 GCAACACCGGATTCAGTGGTA...CAGGCATTGAATCCAGCTCTCCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GTGAAAGGCTATTGGG         GTTTGGATGCATCTGCTCAGACTAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113028 GTGAAAGGCTATTGGGGTA...CAGGTTTGGATGCATCTGCTCAGACTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 TTCTCATGAACTCACCATTCCAAACGAT         TTGATTGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114005 TTCTCATGAACTCACCATTCCAAACGATGTA...AAGTTGATTGGCTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 TAATCGGGCGTCAAGGCGCCAAAATCAATGAGATCCGTCAGATGTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116851 TAATCGGGCGTCAAGGCGCCAAAATCAATGAGATCCGTCAGATGTCTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 GCGCAGATCAAAATTGCGAACCCAGTGGAAGGATCTACTGATAGGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116901 GCGCAGATCAAAATTGCGAACCCAGTGGAAGGATCTACTGATAGGCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TACCATCACTGGATCTGCTGCCAGCATTAGCCTGGCTCAATATCTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116951 TACCATCACTGGATCTGCTGCCAGCATTAGCCTGGCTCAATATCTAATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 ATGTCAG         GCTTTCCTCGGAGACGGGTGGCATGGGGAGCAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117001 ATGTCAGGTA...CAGGCTTTCCTCGGAGACGGGTGGCATGGGGAGCAGC