seq1 = pF1KB3107.tfa, 495 bp
seq2 = pF1KB3107/gi568815597f_87232016.tfa (gi568815597f:87232016_87440204), 208189 bp

>pF1KB3107 495
>gi568815597f:87232016_87440204 (Chr1)

1-236  (100001-100236)   100% ->
237-333  (107521-107617)   100% ->
334-495  (108032-108190)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAATCCGGGCAGCAGCTCGCAGCCGCCCCCGGTGACGGCCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGAATCCGGGCAGCAGCTCGCAGCCGCCCCCGGTGACGGCCGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCTCCTGGAAGCGGTGCGCAGGCTGCGGGGGCAAGATTGCGGACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCTCCTGGAAGCGGTGCGCAGGCTGCGGGGGCAAGATTGCGGACCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTGCTCTATGCCATGGACAGCTATTGGCACAGCCGGTGCCTCAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTGCTCTATGCCATGGACAGCTATTGGCACAGCCGGTGCCTCAAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCTGCTGCCAGGCGCAGCTGGGCGACATCGGCACGTCCTGTTACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCTGCTGCCAGGCGCAGCTGGGCGACATCGGCACGTCCTGTTACACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAGTGGCATGATCCTTTGCAGAAATGACTACATTAG         GTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100201 AAGTGGCATGATCCTTTGCAGAAATGACTACATTAGGTA...CAGGTTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGGAAATAGCGGTGCTTGCAGCGCTTGCGGACAGTCGATTCCTGCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107526 TTGGAAATAGCGGTGCTTGCAGCGCTTGCGGACAGTCGATTCCTGCGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAACTCGTCATGAGGGCGCAAGGCAATGTGTATCATCTTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107576 GAACTCGTCATGAGGGCGCAAGGCAATGTGTATCATCTTAAGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334  TGTTTTACATGCTCTACCTGCCGGAATCGCCTGGTCCCGGGAGATCGGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108031 GTGTTTTACATGCTCTACCTGCCGGAATCGCCTGGTCCCGGGAGATCGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCACTACATCAATGGCAGTTTATTTTGTGAACATGATAGACCTACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108081 TTCACTACATCAATGGCAGTTTATTTTGTGAACATGATAGACCTACAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCATCAATGGCCATTTGAATTCACTTCAGAGCAATCCACTACTGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108131 CTCATCAATGGCCATTTGAATTCACTTCAGAGCAATCCACTACTGCCAGA

    500     .    :
    483 CCAGAAGGTCTGC
        |||||||||--|-
 108181 CCAGAAGGT  G