seq1 = pF1KB3098.tfa, 1938 bp
seq2 = pF1KB3098/gi568815587f_9473934.tfa (gi568815587f:9473934_9688599), 214666 bp

>pF1KB3098 1938
>gi568815587f:9473934_9688599 (Chr11)

1-576  (100001-100576)   100% ->
577-782  (101955-102160)   100% ->
783-846  (102297-102360)   100% ->
847-1019  (102554-102726)   100% ->
1020-1141  (103209-103330)   100% ->
1142-1288  (107599-107745)   100% ->
1289-1384  (111325-111420)   100% ->
1385-1470  (111509-111594)   98% ->
1471-1641  (112516-112686)   100% ->
1642-1787  (112778-112923)   100% ->
1788-1938  (114516-114666)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTTCCTGAGCCGACAGCAGCCGCCGCCACCCCGCCGCGCCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTTCCTGAGCCGACAGCAGCCGCCGCCACCCCGCCGCGCCGGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTGCACCTTGCGGCAGAAGCTGATCTTCTCGCCCTGCAGCGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCTGCACCTTGCGGCAGAAGCTGATCTTCTCGCCCTGCAGCGACTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGGCAGCGGCCACAGCACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGGCAGCGGCCACAGCACCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGACTCGGCCTTTCAAGAGCCCGACTCGCCGCTGCCGCCCGCGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGACTCGGCCTTTCAAGAGCCCGACTCGCCGCTGCCGCCCGCGCGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCACGGAGCCCGGGCCCGAGCGCCGCCGCTCGCCCGGGCCGGCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCACGGAGCCCGGGCCCGAGCGCCGCCGCTCGCCCGGGCCGGCCCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAGCCCCGGCGAGCTGGAGGAGGACCTGTTGCTGCCCGGCGCCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAGCCCCGGCGAGCTGGAGGAGGACCTGTTGCTGCCCGGCGCCTGCCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCGCGGACGAGGCGGGCGGTGGGGCGGAGGGCGACTCGTGGGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCGCGGACGAGGCGGGCGGTGGGGCGGAGGGCGACTCGTGGGAGGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCTTCGGCTCCTCGTCGCCGGTCAAGTCGCCGGCGGCCCCCTACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGCTTCGGCTCCTCGTCGCCGGTCAAGTCGCCGGCGGCCCCCTACTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGGTAGCTCTTTCTCGCCGGTGCGCTGCGGCGGCCCAGGAGATGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGGTAGCTCTTTCTCGCCGGTGCGCTGCGGCGGCCCAGGAGATGCGTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGCGGGGTTGCGGGGCGCGCCGGGCGGGCGAAGGCCGCCGCTCGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCGCGGGGTTGCGGGGCGCGCCGGGCGGGCGAAGGCCGCCGCTCGCCGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCGGACCACCCGGGCACCCCGCCACACAAGACCTTCCGCAAGCTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCGGACCACCCGGGCACCCCGCCACACAAGACCTTCCGCAAGCTGCGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTTCGACACCCCGCACACGCCCAAG         AGTTTGCTCTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100551 TCTTCGACACCCCGCACACGCCCAAGGTG...TAGAGTTTGCTCTCCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCTCGGGGAATTGATTCCAGCTCTGTTAAACTCCGGGGTAGTTCTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101970 GCTCGGGGAATTGATTCCAGCTCTGTTAAACTCCGGGGTAGTTCTCTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATGGATACAGAAAAATCAGGAAAAAGGGAATTTGATGTGCGACAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102020 CATGGATACAGAAAAATCAGGAAAAAGGGAATTTGATGTGCGACAGACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTCAAGTGAATATTAATCCTTTTACTCCGGATTCTTTGTTGCTTCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102070 CTCAAGTGAATATTAATCCTTTTACTCCGGATTCTTTGTTGCTTCATTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCAGGACAGTGTCGTCGTAGAAAGAGAACGTATTGGAATGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102120 TCAGGACAGTGTCGTCGTAGAAAGAGAACGTATTGGAATGAGTA...TAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTCCTGTGGTGAAGACATGGAAGCCAGTGATTATGAGCTTGAAGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102297 TTCCTGTGGTGAAGACATGGAAGCCAGTGATTATGAGCTTGAAGATGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CAAGACCTGCTAAG         AGAATTACAATTACTGAAAGCAATATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102347 CAAGACCTGCTAAGGTA...CAGAGAATTACAATTACTGAAAGCAATATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAGTCCCGGTATACAACAGAATTTCATGAGCTAGAGAAAATCGGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102581 AAGTCCCGGTATACAACAGAATTTCATGAGCTAGAGAAAATCGGCTCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGAATTTGGTTCTGTATTTAAGTGTGTGAAGAGGCTGGATGGATGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102631 AGAATTTGGTTCTGTATTTAAGTGTGTGAAGAGGCTGGATGGATGCATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ATGCCATTAAGCGATCAAAAAAGCCATTGGCGGGCTCTGTTGATGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102681 ATGCCATTAAGCGATCAAAAAAGCCATTGGCGGGCTCTGTTGATGAGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020      GCAGAACGCTTTGAGAGAAGTATATGCTCATGCAGTGCTTGGACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102731 ..TAGGCAGAACGCTTTGAGAGAAGTATATGCTCATGCAGTGCTTGGACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCATTCTCATGTAGTTCGATATTTCTCTGCGTGGGCAGAAGATGATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103254 GCATTCTCATGTAGTTCGATATTTCTCTGCGTGGGCAGAAGATGATCATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TGCTTATACAGAATGAATATTGTAATG         GTGGAAGTTTAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103304 TGCTTATACAGAATGAATATTGTAATGGTG...TAGGTGGAAGTTTAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GATGCTATAAGTGAAAACTACAGAATCATGAGTTACTTTAAAGAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107613 GATGCTATAAGTGAAAACTACAGAATCATGAGTTACTTTAAAGAAGCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GTTGAAGGATCTCCTTTTGCAAGTTGGCCGAGGCTTGAGGTATATTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107663 GTTGAAGGATCTCCTTTTGCAAGTTGGCCGAGGCTTGAGGTATATTCATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CAATGTCTTTGGTTCACATGGATATAAAACCTA         GTAATATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107713 CAATGTCTTTGGTTCACATGGATATAAAACCTAGTA...CAGGTAATATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTCATATCTCGAACCTCAATCCCAAATGCTGCCTCTGAAGAAGGAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111333 TTCATATCTCGAACCTCAATCCCAAATGCTGCCTCTGAAGAAGGAGACGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGATGATTGGGCATCCAACAAAGTTATGTTTAAAATAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111383 AGATGATTGGGCATCCAACAAAGTTATGTTTAAAATAGGTA...TAGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATCTTGGGCATGTAACAAGGATCTCCAGTCCACAAGTTGAGGAGGGCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 111512 ATCTTGGGCATGTAACAAGGATCTCCAGTCCACAAGTTGAAGAGGGCGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AGTCGTTTTCTTGCAAATGAAGTTTTACAGGAG         AATTATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111562 AGTCGTTTTCTTGCAAATGAAGTTTTACAGGAGGTA...CAGAATTATAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCATCTACCAAAAGCAGATATTTTTGCGCTTGCCCTCACAGTGGTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112524 CCATCTACCAAAAGCAGATATTTTTGCGCTTGCCCTCACAGTGGTATGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CTGCTGGTGCTGAACCTCTTCCGAGAAATGGAGATCAATGGCATGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112574 CTGCTGGTGCTGAACCTCTTCCGAGAAATGGAGATCAATGGCATGAAATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AGACAGGGTAGATTACCTCGGATACCACAAGTGCTTTCCCAAGAATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112624 AGACAGGGTAGATTACCTCGGATACCACAAGTGCTTTCCCAAGAATTTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AGAGTTGCTAAAA         GTTATGATTCATCCAGATCCAGAGAGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112674 AGAGTTGCTAAAAGTG...AAGGTTATGATTCATCCAGATCCAGAGAGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GACCTTCAGCAATGGCACTGGTAAAGCATTCAGTATTGCTGTCCGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112806 GACCTTCAGCAATGGCACTGGTAAAGCATTCAGTATTGCTGTCCGCTTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AGAAAGAGTGCAGAACAATTACGAATAGAATTGAATGCCGAAAAGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112856 AGAAAGAGTGCAGAACAATTACGAATAGAATTGAATGCCGAAAAGTTCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AAATTCACTTTTACAAAA         AGAACTCAAGAAAGCACAGATGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112906 AAATTCACTTTTACAAAAGTA...CAGAGAACTCAAGAAAGCACAGATGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CAAAAGCTGCAGCTGAGGAAAGAGCACTCTTCACTGACCGGATGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114539 CAAAAGCTGCAGCTGAGGAAAGAGCACTCTTCACTGACCGGATGGCCACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 AGGTCCACCACCCAGAGTAATAGAACATCTCGACTTATTGGAAAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114589 AGGTCCACCACCCAGAGTAATAGAACATCTCGACTTATTGGAAAGAAAAT

   2000     .    :    .    :    .
   1911 GAACCGCTCTGTCAGCCTTACTATATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 114639 GAACCGCTCTGTCAGCCTTACTATATAC