seq1 = pF1KB3095.tfa, 981 bp
seq2 = pF1KB3095/gi568815596f_28652125.tfa (gi568815596f:28652125_28899300), 247176 bp

>pF1KB3095 981
>gi568815596f:28652125_28899300 (Chr2)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-184  (124727-124858)   100% ->
185-415  (126685-126915)   99% ->
416-520  (129614-129718)   100% ->
521-592  (131783-131854)   100% ->
593-744  (136534-136685)   100% ->
745-879  (141739-141873)   100% ->
880-981  (147075-147176)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACGGGGAGCTGAACGTGGACAGCCTCATCACCCGGCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACGGGGAGCTGAACGTGGACAGCCTCATCACCCGGCTGCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GG         TACGAGGATGTCGTCCAGGAAAGATTGTGCAGATGACTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTG...CAGTACGAGGATGTCGTCCAGGAAAGATTGTGCAGATGACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCAGAAGTTCGAGGCTTATGTATCAAGTCTCGGGAGATCTTTCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124766 AAGCAGAAGTTCGAGGCTTATGTATCAAGTCTCGGGAGATCTTTCTCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCCTATTCTTTTGGAATTGGAAGCACCGCTGAAAATTTGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 124816 CAGCCTATTCTTTTGGAATTGGAAGCACCGCTGAAAATTTGTGGTA...T

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   GAGATATTCATGGACAGTATACAGATTTACTGAGATTATTTGAATATG
        >>|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 126683 AGGAGATATTCATGGACAATATACAGATTTACTGAGATTATTTGAATATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGGTTTCCCACCAGAAGCCAACTATCTTTTCTTAGGAGATTATGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126733 GAGGTTTCCCACCAGAAGCCAACTATCTTTTCTTAGGAGATTATGTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGAGGAAAGCAGTCTTTGGAAACCATTTGTTTGCTATTGGCTTATAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126783 AGAGGAAAGCAGTCTTTGGAAACCATTTGTTTGCTATTGGCTTATAAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAATATCCAGAGAACTTCTTTCTCTTAAGAGGAAACCATGAGTGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126833 CAAATATCCAGAGAACTTCTTTCTCTTAAGAGGAAACCATGAGTGTGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCATCAATCGCATTTATGGATTCTATGATGAAT         GCAAACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 126883 GCATCAATCGCATTTATGGATTCTATGATGAATGTA...CAGGCAAACGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGATTTAATATTAAATTGTGGAAGACCTTCACTGATTGTTTTAACTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129622 AGATTTAATATTAAATTGTGGAAGACCTTCACTGATTGTTTTAACTGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCTATAGCAGCCATTGTGGATGAGAAGATCTTCTGTTGTCATGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 129672 GCCTATAGCAGCCATTGTGGATGAGAAGATCTTCTGTTGTCATGGAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521       GATTGTCACCAGACCTGCAATCTATGGAGCAGATTCGGAGAATT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129722 ...TAGGATTGTCACCAGACCTGCAATCTATGGAGCAGATTCGGAGAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGAGACCTACTGATGTCCCTGATACAG         GTTTGCTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 131827 ATGAGACCTACTGATGTCCCTGATACAGGTA...AAGGTTTGCTCTGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTTGCTATGGTCTGATCCAGATAAGGATGTGCAAGGCTGGGGAGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136547 TTTGCTATGGTCTGATCCAGATAAGGATGTGCAAGGCTGGGGAGAAAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATCGTGGTGTTTCCTTTACTTTTGGAGCTGATGTAGTCAGTAAATTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136597 ATCGTGGTGTTTCCTTTACTTTTGGAGCTGATGTAGTCAGTAAATTTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATCGTCATGATTTAGATTTGATTTGTCGAGCTCATCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 136647 AATCGTCATGATTTAGATTTGATTTGTCGAGCTCATCAGGTA...CAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGTGGAAGATGGATATGAATTTTTTGCTAAACGACAGTTGGTAACCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141741 GGTGGAAGATGGATATGAATTTTTTGCTAAACGACAGTTGGTAACCTTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTTCAGCCCCAAATTACTGTGGCGAGTTTGATAATGCTGGTGGAATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141791 TTTCAGCCCCAAATTACTGTGGCGAGTTTGATAATGCTGGTGGAATGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGTGTGGATGAAACTTTGATGTGTTCATTTCAG         ATATTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 141841 AGTGTGGATGAAACTTTGATGTGTTCATTTCAGGTA...AAGATATTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACCATCTGAAAAGAAAGCTAAATACCAGTATGGTGGACTGAATTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147083 ACCATCTGAAAAGAAAGCTAAATACCAGTATGGTGGACTGAATTCTGGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTCCTGTCACTCCACCTCGAACAGCTAATCCGCCGAAGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147133 GTCCTGTCACTCCACCTCGAACAGCTAATCCGCCGAAGAAAAGG