seq1 = pF1KB3063.tfa, 2145 bp
seq2 = pF1KB3063/gi568815581f_77043597.tfa (gi568815581f:77043597_77314020), 270424 bp

>pF1KB3063 2145
>gi568815581f:77043597_77314020 (Chr17)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-213  (147207-147356)   100% ->
214-345  (147585-147716)   100% ->
346-474  (149825-149953)   100% ->
475-709  (151081-151315)   99% ->
710-819  (152606-152715)   100% ->
820-1009  (156888-157077)   100% ->
1010-1098  (159974-160062)   100% ->
1099-1169  (161680-161750)   100% ->
1170-1341  (162633-162804)   100% ->
1342-1476  (163132-163266)   100% ->
1477-1611  (165746-165880)   100% ->
1612-1863  (168354-168605)   100% ->
1864-2042  (169718-169896)   100% ->
2043-2145  (170322-170424)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCAGAAATACCAGTCCCCAGTGAGGGTGTACAAATACCCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCAGAAATACCAGTCCCCAGTGAGGGTGTACAAATACCCCTTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTAATTATGGCT         GCCTATGAAAGGAGGTTCCCTACATGTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTAATTATGGCTGTA...TAGGCCTATGAAAGGAGGTTCCCTACATGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTTGATTCCGATGTTCGTGGGCAGTGACACTGTGAATGAATTCAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147235 CTTTGATTCCGATGTTCGTGGGCAGTGACACTGTGAATGAATTCAAGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGATGGGGCTATTCATGTCATTGAAAGGCGCTGCAAGCTGGATGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147285 GAAGATGGGGCTATTCATGTCATTGAAAGGCGCTGCAAGCTGGATGTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCACCCAGACTGCTGAAGAAG         ATTGCAGGAGTTGATTATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 147335 TGCACCCAGACTGCTGAAGAAGGTA...AAGATTGCAGGAGTTGATTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTATTTTGTCCAGAAAAACTCACTGAATTCTCGGGAACGTACTTTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147604 TTTATTTTGTCCAGAAAAACTCACTGAATTCTCGGGAACGTACTTTGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTGAGGCTTATAATGAAACGTTTTCCAATCGGGTCATCATTAATGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147654 ATTGAGGCTTATAATGAAACGTTTTCCAATCGGGTCATCATTAATGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTGCTGCTACACC         GTTCACCCTGAAAATGAAGATTGGACCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 147704 TTGCTGCTACACCGTG...CAGGTTCACCCTGAAAATGAAGATTGGACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTTTTGAACAGTCTGCAAGTTTAGATATTAAATCTTTCTTTGGTTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149853 GTTTTGAACAGTCTGCAAGTTTAGATATTAAATCTTTCTTTGGTTTTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTACAGTGGAAAAAATTGCAATGAAACAATATACCAGCAACATTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149903 AGTACAGTGGAAAAAATTGCAATGAAACAATATACCAGCAACATTAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 A         GGAAAGGAAATCATCGAATACTACCTTCGCCAATTAGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149953 AGTG...AAGGGAAAGGAAATCATCGAATACTACCTTCGCCAATTAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGAAGGCATAACCTTTGTGCCCCGTTGGAGTCCGCCTTCCATCACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 151121 AAGAAGGCATAACCTTTGTGCCCCGTTGGAGTCCGCCTTCCATCACGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTTCAGAGACATCTTCATCATCCTCCAAGAAACAAGCAGCGTCCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151171 TCTTCAGAGACATCTTCATCATCCTCCAAGAAACAAGCAGCGTCCATGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGTCGTCATCCCAGAAGCTGCCCTCAAGGAGGGGCTGAGTGGTGATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151221 CGTCGTCATCCCAGAAGCTGCCCTCAAGGAGGGGCTGAGTGGTGATGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCAGCAGCCCCAGCGCACCTGAGCCCGTGGTGGGCACCCCTGACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 151271 TCAGCAGCCCCAGCGCACCTGAGCCCGTGGTGGGCACCCCTGACGGTG..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710     ACAAACTAGATGCCGACTACATCAAGAGATACCTGGGCGATTTGAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151321 .CAGACAAACTAGATGCCGACTACATCAAGAGATACCTGGGCGATTTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCCGCTGCAGGAGAGCTGCCTCATTAGACTTCGCCAGTGGCTCCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152652 TCCGCTGCAGGAGAGCTGCCTCATTAGACTTCGCCAGTGGCTCCAGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCACAAGGGCAAA         ATTCCAAAAGATGAGCATATTCTTCGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 152702 CCCACAAGGGCAAAGTG...TAGATTCCAAAAGATGAGCATATTCTTCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCCTCCGTGCACGGGATTTTAATATTGACAAAGCCAGAGAGATCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156915 TTCCTCCGTGCACGGGATTTTAATATTGACAAAGCCAGAGAGATCATGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCAGTCTTTGACGTGGAGAAAGCAGCATCAGGTAGACTACATTCTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156965 TCAGTCTTTGACGTGGAGAAAGCAGCATCAGGTAGACTACATTCTTGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCTGGACCCCTCCTCAGGTCCTTCAGGATTACTACGCGGGAGGCTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157015 CCTGGACCCCTCCTCAGGTCCTTCAGGATTACTACGCGGGAGGCTGGCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CATCACGACAAAG         ATGGGCGGCCCCTCTACGTGCTCAGGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 157065 CATCACGACAAAGGTA...CAGATGGGCGGCCCCTCTACGTGCTCAGGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGGGCAGATGGACACCAAAGGCTTGGTGAGAGCGCTCGGGGAGGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160002 GGGGCAGATGGACACCAAAGGCTTGGTGAGAGCGCTCGGGGAGGAAGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCTGAGATAC         GTTCTCTCCATAAATGAAGAAGGGCTAAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 160052 TGCTGAGATACGTA...TAGGTTCTCTCCATAAATGAAGAAGGGCTAAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGATGCGAAGAGAATACAAAAGTCTTTGGTCGGCCTATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 161710 CGATGCGAAGAGAATACAAAAGTCTTTGGTCGGCCTATCAGGTA...CAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCATGGACCTGCCTGGTGGACTTGGAAGGGCTGAACATGCGCCACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162633 CTCATGGACCTGCCTGGTGGACTTGGAAGGGCTGAACATGCGCCACTTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGAGACCTGGTGTGAAAGCGCTGCTGCGGATCATCGAGGTGGTGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162683 GGAGACCTGGTGTGAAAGCGCTGCTGCGGATCATCGAGGTGGTGGAGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AACTACCCTGAGACACTGGGCCGCCTTCTCATCCTGCGGGCGCCCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162733 AACTACCCTGAGACACTGGGCCGCCTTCTCATCCTGCGGGCGCCCAGGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ATTTCCTGTGCTCTGGACGCTG         GTTAGTCCGTTCATTGATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 162783 ATTTCCTGTGCTCTGGACGCTGGTG...CAGGTTAGTCCGTTCATTGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACAACACCAGAAGGAAGTTCCTCATTTATGCAGGAAATGACTACCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163151 ACAACACCAGAAGGAAGTTCCTCATTTATGCAGGAAATGACTACCAGGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCTGGAGGCCTGCTGGATTACATCGACAAAGAGATTATTCCAGATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163201 CCTGGAGGCCTGCTGGATTACATCGACAAAGAGATTATTCCAGATTTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GAGTGGGGAGTGCATG         TGCGAAGTGCCAGAGGGTGGACTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 163251 GAGTGGGGAGTGCATGGTA...CAGTGCGAAGTGCCAGAGGGTGGACTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCCCCAAATCTCTGTACCGGACTGCAGAGGAGCTGGAGAACGAAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165771 TCCCCAAATCTCTGTACCGGACTGCAGAGGAGCTGGAGAACGAAGACCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAGCTCTGGACTGAGACCATCTACCAGTCTGCAAGCGTCTTCAAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165821 AAGCTCTGGACTGAGACCATCTACCAGTCTGCAAGCGTCTTCAAAGGAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCCACATGAG         ATTCTCATTCAGATTGTGGATGCCTCGTCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 165871 CCCACATGAGGTA...CAGATTCTCATTCAGATTGTGGATGCCTCGTCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCATCACTTGGGATTTCGACGTGTGCAAAGGGGACATTGTGTTTAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168385 TCATCACTTGGGATTTCGACGTGTGCAAAGGGGACATTGTGTTTAACATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TATCACTCCAAGAGGTCGCCACAACCACCCAAAAAGGACTCCCTGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168435 TATCACTCCAAGAGGTCGCCACAACCACCCAAAAAGGACTCCCTGGGAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CCACAGCATCACCTCTCCGGGTGGGAACAATGTGCAGCTCATAGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168485 CCACAGCATCACCTCTCCGGGTGGGAACAATGTGCAGCTCATAGACAAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCTGGCAGCTGGGCCGCGACTACAGCATGGTGGAGTCGCCTCTGATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168535 TCTGGCAGCTGGGCCGCGACTACAGCATGGTGGAGTCGCCTCTGATCTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AAAGAAGGAGAAAGCGTGCAG         GGTTCCCATGTGACCAGGTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 168585 AAAGAAGGAGAAAGCGTGCAGGTA...TAGGGTTCCCATGTGACCAGGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GCCGGGCTTCTACATCCTGCAGTGGAAATTCCACAGCATGCCTGCGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169738 GCCGGGCTTCTACATCCTGCAGTGGAAATTCCACAGCATGCCTGCGTGCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CCGCCAGCAGCCTTCCCCGGGTGGACGACGTGCTTGCGTCCCTGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169788 CCGCCAGCAGCCTTCCCCGGGTGGACGACGTGCTTGCGTCCCTGCAGGTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TCTTCGCACAAGTGTAAAGTGATGTACTACACCGAGGTGATCGGCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169838 TCTTCGCACAAGTGTAAAGTGATGTACTACACCGAGGTGATCGGCTCGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GGATTTCAG         AGGTTCCATGACGAGCCTGGAGTCCAGCCACA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 169888 GGATTTCAGGTG...CAGAGGTTCCATGACGAGCCTGGAGTCCAGCCACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 GCGGCTTCTCCCAGCTGAGTGCCGCCACCACCTCCTCCAGCCAGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170354 GCGGCTTCTCCCAGCTGAGTGCCGCCACCACCTCCTCCAGCCAGTCCCAC

   2250     .    :    .    :
   2125 TCCAGCTCCATGATCTCCAGG
        |||||||||||||||||||||
 170404 TCCAGCTCCATGATCTCCAGG