seq1 = pF1KB3031.tfa, 1779 bp
seq2 = pF1KB3031/gi568815586f_112346274.tfa (gi568815586f:112346274_112604761), 258488 bp

>pF1KB3031 1779
>gi568815586f:112346274_112604761 (Chr12)

13-137  (100001-100125)   100% ->
138-332  (104045-104239)   99% ->
333-525  (106922-107114)   100% ->
526-642  (108291-108407)   100% ->
643-756  (109677-109790)   100% ->
757-853  (126671-126767)   100% ->
854-933  (131378-131457)   100% ->
934-1092  (131584-131742)   100% ->
1093-1224  (135801-135932)   100% ->
1225-1379  (140202-140356)   100% ->
1380-1447  (142170-142237)   100% ->
1448-1599  (142751-142902)   100% ->
1600-1712  (155871-155983)   100% ->
1713-1779  (158422-158488)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     13 AGATGGTTTCACCCAAATATCACTGGTGTGGAGGCAGAAAACCTACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGATGGTTTCACCCAAATATCACTGGTGTGGAGGCAGAAAACCTACTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 GACAAGAGGAGTTGATGGCAGTTTTTTGGCAAGGCCTAGTAAAAGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACAAGAGGAGTTGATGGCAGTTTTTTGGCAAGGCCTAGTAAAAGTAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    113 CTGGAGACTTCACACTTTCCGTTAG         AAGAAATGGAGCTGTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100101 CTGGAGACTTCACACTTTCCGTTAGGTA...TAGAAGAAATGGAGCTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154 ACCCACATCAAGATTCAGAACACTGGTGATTACTATGACCTGTATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104061 ACCCACATCAAGATTCAGAACACTGGTGATTACTATGACCTGTATGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    204 GGAGAAATTTGCCACTTTGGCTGAGTTGGTCCAGTATTACATGGAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104111 GGAGAAATTTGCCACTTTGGCTGAGTTGGTCCAGTATTACATGGAACATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    254 ATGGGCAATTAAAAGAGAAGAATGGAGATGTCATTGAGCTTAAATATCCT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104161 ACGGGCAATTAAAAGAGAAGAATGGAGATGTCATTGAGCTTAAATATCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    304 CTGAACTGTGCAGATCCTACCTCTGAAAG         GTGGTTTCATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104211 CTGAACTGTGCAGATCCTACCTCTGAAAGGTC...TAGGTGGTTTCATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 ACATCTCTCTGGGAAAGAAGCAGAGAAATTATTAACTGAAAAAGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106934 ACATCTCTCTGGGAAAGAAGCAGAGAAATTATTAACTGAAAAAGGAAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    395 ATGGTAGTTTTCTTGTACGAGAGAGCCAGAGCCACCCTGGAGATTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106984 ATGGTAGTTTTCTTGTACGAGAGAGCCAGAGCCACCCTGGAGATTTTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    445 CTTTCTGTGCGCACTGGTGATGACAAAGGGGAGAGCAATGACGGCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107034 CTTTCTGTGCGCACTGGTGATGACAAAGGGGAGAGCAATGACGGCAAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    495 TAAAGTGACCCATGTTATGATTCGCTGTCAG         GAACTGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107084 TAAAGTGACCCATGTTATGATTCGCTGTCAGGTA...AAGGAACTGAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    536 ACGACGTTGGTGGAGGAGAACGGTTTGATTCTTTGACAGATCTTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108301 ACGACGTTGGTGGAGGAGAACGGTTTGATTCTTTGACAGATCTTGTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    586 CATTATAAGAAGAATCCTATGGTGGAAACATTGGGTACAGTACTACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108351 CATTATAAGAAGAATCCTATGGTGGAAACATTGGGTACAGTACTACAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    636 CAAGCAG         CCCCTTAACACGACTCGTATAAATGCTGCTGAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108401 CAAGCAGGTG...CAGCCCCTTAACACGACTCGTATAAATGCTGCTGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677 TAGAAAGCAGAGTTCGAGAACTAAGCAAATTAGCTGAGACCACAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109711 TAGAAAGCAGAGTTCGAGAACTAAGCAAATTAGCTGAGACCACAGATAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    727 GTCAAACAAGGCTTTTGGGAAGAATTTGAG         ACACTACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109761 GTCAAACAAGGCTTTTGGGAAGAATTTGAGGTA...CAGACACTACAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    768 ACAGGAGTGCAAACTTCTCTACAGCCGAAAAGAGGGTCAAAGGCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126682 ACAGGAGTGCAAACTTCTCTACAGCCGAAAAGAGGGTCAAAGGCAAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    818 ACAAAAACAAAAATAGATATAAAAACATCCTGCCCT         TTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 126732 ACAAAAACAAAAATAGATATAAAAACATCCTGCCCTGTA...TAGTTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    859 CATACCAGGGTTGTCCTACACGATGGTGATCCCAATGAGCCTGTTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131383 CATACCAGGGTTGTCCTACACGATGGTGATCCCAATGAGCCTGTTTCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    909 TTACATCAATGCAAATATCATCATG         CCTGAATTTGAAACCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 131433 TTACATCAATGCAAATATCATCATGGTA...TAGCCTGAATTTGAAACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 AGTGCAACAATTCAAAGCCCAAAAAGAGTTACATTGCCACACAAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131600 AGTGCAACAATTCAAAGCCCAAAAAGAGTTACATTGCCACACAAGGCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 CTGCAAAACACGGTGAATGACTTTTGGCGGATGGTGTTCCAAGAAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131650 CTGCAAAACACGGTGAATGACTTTTGGCGGATGGTGTTCCAAGAAAACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 CCGAGTGATTGTCATGACAACGAAAGAAGTGGAGAGAGGAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 131700 CCGAGTGATTGTCATGACAACGAAAGAAGTGGAGAGAGGAAAGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093   AGTAAATGTGTCAAATACTGGCCTGATGAGTATGCTCTAAAAGAATAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135799 AGAGTAAATGTGTCAAATACTGGCCTGATGAGTATGCTCTAAAAGAATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 GGCGTCATGCGTGTTAGGAACGTCAAAGAAAGCGCCGCTCATGACTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135849 GGCGTCATGCGTGTTAGGAACGTCAAAGAAAGCGCCGCTCATGACTATAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 GCTAAGAGAACTTAAACTTTCAAAGGTTGGACAA         GGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 135899 GCTAAGAGAACTTAAACTTTCAAAGGTTGGACAAGTA...CAGGGGAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1232 CGGAGAGAACGGTCTGGCAATACCACTTTCGGACCTGGCCGGACCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140209 CGGAGAGAACGGTCTGGCAATACCACTTTCGGACCTGGCCGGACCACGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282 GTGCCCAGCGACCCTGGGGGCGTGCTGGACTTCCTGGAGGAGGTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140259 GTGCCCAGCGACCCTGGGGGCGTGCTGGACTTCCTGGAGGAGGTGCACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332 TAAGCAGGAGAGCATCATGGATGCAGGGCCGGTCGTGGTGCACTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 140309 TAAGCAGGAGAGCATCATGGATGCAGGGCCGGTCGTGGTGCACTGCAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1380        TGCTGGAATTGGCCGGACAGGGACGTTCATTGTGATTGATATT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140359 G...CAGTGCTGGAATTGGCCGGACAGGGACGTTCATTGTGATTGATATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1423 CTTATTGACATCATCAGAGAGAAAG         GTGTTGACTGCGATAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 142213 CTTATTGACATCATCAGAGAGAAAGGTG...TAGGTGTTGACTGCGATAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1464 TGACGTTCCCAAAACCATCCAGATGGTGCGGTCTCAGAGGTCAGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142767 TGACGTTCCCAAAACCATCCAGATGGTGCGGTCTCAGAGGTCAGGGATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1514 TCCAGACAGAAGCACAGTACCGATTTATCTATATGGCGGTCCAGCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142817 TCCAGACAGAAGCACAGTACCGATTTATCTATATGGCGGTCCAGCATTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1564 ATTGAAACACTACAGCGCAGGATTGAAGAAGAGCAG         AAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 142867 ATTGAAACACTACAGCGCAGGATTGAAGAAGAGCAGGTA...CAGAAAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1605 CAAGAGGAAAGGGCACGAATATACAAATATTAAGTATTCTCTAGCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155876 CAAGAGGAAAGGGCACGAATATACAAATATTAAGTATTCTCTAGCGGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1655 AGACGAGTGGAGATCAGAGCCCTCTCCCGCCTTGTACTCCAACGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155926 AGACGAGTGGAGATCAGAGCCCTCTCCCGCCTTGTACTCCAACGCCACCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1705 TGTGCAGA         AATGAGAGAAGACAGTGCTAGAGTCTATGAAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 155976 TGTGCAGAGTA...CAGAATGAGAGAAGACAGTGCTAGAGTCTATGAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :
   1746 CGTGGGCCTGATGCAACAGCAGAAAAGTTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158455 CGTGGGCCTGATGCAACAGCAGAAAAGTTTCAGA