seq1 = pF1KB3016.tfa, 2337 bp
seq2 = pF1KB3016/gi568815581f_59465672.tfa (gi568815581f:59465672_59707169), 241498 bp

>pF1KB3016 2337
>gi568815581f:59465672_59707169 (Chr17)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-280  (100956-101123)   100% ->
281-426  (104847-104992)   100% ->
427-546  (107445-107564)   100% ->
547-774  (108069-108296)   99% ->
775-841  (108517-108583)   100% ->
842-973  (109669-109800)   100% ->
974-1073  (111595-111694)   100% ->
1074-1160  (113801-113887)   98% ->
1161-1343  (114026-114208)   100% ->
1344-1424  (120482-120562)   100% ->
1425-1582  (122225-122382)   100% ->
1583-1697  (133066-133180)   100% ->
1698-1806  (133704-133812)   100% ->
1807-1901  (136851-136945)   100% ->
1902-1971  (139444-139513)   100% ->
1972-2200  (139775-140003)   100% ->
2201-2337  (141362-141498)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCGGTTTCCCGCAGTCGCGGGCAGGGCGCCAAGGCGGCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCGGTTTCCCGCAGTCGCGGGCAGGGCGCCAAGGCGGCAGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTGAGCGGTCAAGAGACCTCCAGGAAGAGCGGCTCTCGGCTGTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTGAGCGGTCAAGAGACCTCCAGGAAGAGCGGCTCTCGGCTGTTTGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGCCGATAGAG         AAGAGAAAGGATGCACGTCCCAGGAGGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGCCGATAGAGGTG...CAGAAGAGAAAGGATGCACGTCCCAGGAGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAACTACTCCAACTTTTCCTATTCAGAAACAAAGAAAAAAGATTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100985 GGAACTACTCCAACTTTTCCTATTCAGAAACAAAGAAAAAAGATTATTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCTGTGAGGGACAATTCATTCCTTATTGTTACTGGAAATACAGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101035 AGCTGTGAGGGACAATTCATTCCTTATTGTTACTGGAAATACAGGAAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTAAAACAACTCAACTCCCAAAATATCTATATGAAGCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101085 GTAAAACAACTCAACTCCCAAAATATCTATATGAAGCAGGTG...TAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTTCACAACATGGTATGATTGGTGTAACTCAACCACGAAAAGTAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104849 TTTTCACAACATGGTATGATTGGTGTAACTCAACCACGAAAAGTAGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATATCAGTTGCTCAGAGAGTAGCTGAAGAAATGAAATGCACTTTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104899 TATATCAGTTGCTCAGAGAGTAGCTGAAGAAATGAAATGCACTTTGGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAAGTAGGATACCAAGTTCGTTTTGATGATTGCAGTTCTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104949 CCAAAGTAGGATACCAAGTTCGTTTTGATGATTGCAGTTCTAAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    GAGACAGCAATCAAATATATGACTGATGGATGTTTACTGAAACATAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107442 TAGGAGACAGCAATCAAATATATGACTGATGGATGTTTACTGAAACATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTGGGAGACCCAAATCTTACCAAATTCAGTGTCATTATTTTGGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107492 TCTGGGAGACCCAAATCTTACCAAATTCAGTGTCATTATTTTGGATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCATGAAAGAACTCTAACTACA         GATATCTTATTTGGTTTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107542 CCCATGAAAGAACTCTAACTACAGTG...CAGGATATCTTATTTGGTTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTGAAGAAGCTATTTCAGGAGAAGTCTCCTAATAGGAAGGAGCATTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108087 TTGAAGAAGCTATTTCAGGAGAAGTCTCCTAATAGGAAGGAGCATTTAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTGGTGGTAATGTCAGCAACTATGGAGTTAGCCAAGCTCTCTGCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 108137 AGTGGTGGTAATGTCAGCAACTATGGAATTAGCCAAGCTCTCTGCATTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTGGAAATTGTCCAATATTTGATATACCTGGAAGGCTTTATCCAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108187 TTGGAAATTGTCCAATATTTGATATACCTGGAAGGCTTTATCCAGTCAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGAAATTCTGCAATTTGATTGGTCCACGAGACAGAGAAAATACTGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108237 GAGAAATTCTGCAATTTGATTGGTCCACGAGACAGAGAAAATACTGCGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TATTCAAGCG         ATTGTGAAAGTCACCATGGATATCCATTTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108287 TATTCAAGCGGTA...TAGATTGTGAAAGTCACCATGGATATCCATTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGAAATGGCTGGAGACATCTTGGTTTTTCTGACTG         GCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108548 ATGAAATGGCTGGAGACATCTTGGTTTTTCTGACTGGTG...TAGGCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTGAAATAGAAAAAAGTTGTGAGTTACTTTTTCAGATGGCAGAGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109674 TTTGAAATAGAAAAAAGTTGTGAGTTACTTTTTCAGATGGCAGAGTCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATTATGATTATGATGTTCAAGATACCACCCTCGATGGCTTGTTAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109724 TGATTATGATTATGATGTTCAAGATACCACCCTCGATGGCTTGTTAATAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGCCGTGTTATGGATCAATGACAACAG         ATCAACAGAGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109774 TGCCGTGTTATGGATCAATGACAACAGGTA...CAGATCAACAGAGGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATATTTTTGCCACCACCACCTGGAATTAGAAAATGTGTCATATCCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111609 ATATTTTTGCCACCACCACCTGGAATTAGAAAATGTGTCATATCCACCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TATTTCTGCAACGTCTTTGACAATAGATGGAATCAG         ATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111659 TATTTCTGCAACGTCTTTGACAATAGATGGAATCAGGTA...TAGATATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGTAGATGGTGGCTTTGTGAAGCAGTTAAATCACAACCCCAGATTAGGG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 113806 TGGTAGATGGTGGCTTCGTGAAGCAGTTAAATCACAACCCCAGATTAGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTGGACATCCTGGAGGTGGTTCCAATTTCAAA         GAGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113856 TTGGACATCCTGGAGGTGGTTCCAATTTCAAAGTA...TAGGAGCGAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ATTACAGCGAAGTGGCCGAGCTGGCAGGACTTCTTCAGGAAAATGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114035 ATTACAGCGAAGTGGCCGAGCTGGCAGGACTTCTTCAGGAAAATGCTTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGATCTATAGTAAAGATTTTTGGAACCAGTGTATGCCTGACCATGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114085 GGATCTATAGTAAAGATTTTTGGAACCAGTGTATGCCTGACCATGTGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCTGAAATTAAGAGAACTAGTTTGACATCTGTAGTTCTGACCTTAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114135 CCTGAAATTAAGAGAACTAGTTTGACATCTGTAGTTCTGACCTTAAAGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTTGCCATACACGATGTCATAAG         GTTTCCCTATTTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114185 CCTTGCCATACACGATGTCATAAGGTA...CAGGTTTCCCTATTTGGATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CACCTAATGAGAGACTTATTTTAGAAGCTCTTAAACAACTTTACCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120499 CACCTAATGAGAGACTTATTTTAGAAGCTCTTAAACAACTTTACCAGTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GATGCTATTGACAG         GAGTGGCCATGTCACCAGATTGGGTTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120549 GATGCTATTGACAGGTA...AAGGAGTGGCCATGTCACCAGATTGGGTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GTCTATGGTGGAGTTTCCTTTGCCTCCACATCTGACATGTGCAGTAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122252 GTCTATGGTGGAGTTTCCTTTGCCTCCACATCTGACATGTGCAGTAATAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAGCTGCTTCCCTGGATTGTGAAGATCTACTACTTCCAATAGCAGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122302 AAGCTGCTTCCCTGGATTGTGAAGATCTACTACTTCCAATAGCAGCAATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TTGTCTGTGGAAAACGTCTTCATTAGACCTG         TTGATCCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 122352 TTGTCTGTGGAAAACGTCTTCATTAGACCTGGTA...TAGTTGATCCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GTACCAGAAGGAAGCAGAACAGAGACATCGAGAATTGGCAGCTAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133076 GTACCAGAAGGAAGCAGAACAGAGACATCGAGAATTGGCAGCTAAAGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GAGGATTTAATGACTTTGCAACTTTAGCTGTCATCTTTGAACAATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133126 GAGGATTTAATGACTTTGCAACTTTAGCTGTCATCTTTGAACAATGCAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TCAAG         TGGAGCTCCAGCTTCATGGTGCCAAAAACACTGGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133176 TCAAGGTA...CAGTGGAGCTCCAGCTTCATGGTGCCAAAAACACTGGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCATTGGAGGTGCTTATTTTCTGCATTTCGTGTGGAAGCTCAACTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133740 TCATTGGAGGTGCTTATTTTCTGCATTTCGTGTGGAAGCTCAACTTCGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AACTAATCAGGAAGCTTAAACAG         CAAAGTGATTTCCCAAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 133790 AACTAATCAGGAAGCTTAAACAGGTG...TAGCAAAGTGATTTCCCAAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GAGACCTTTGAAGGCCCTAAACATGAAGTACTACGAAGATGTCTTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136869 GAGACCTTTGAAGGCCCTAAACATGAAGTACTACGAAGATGTCTTTGTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGGCTATTTCAAAAATGTAGCTCGAAG         ATCTGTTGGGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 136919 GGGCTATTTCAAAAATGTAGCTCGAAGGTA...TAGATCTGTTGGGAGAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CGTTTTGCACAATGGATGGTCGTGGAAGCCCAGTTCACATTCATCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139458 CGTTTTGCACAATGGATGGTCGTGGAAGCCCAGTTCACATTCATCCTTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TCAGCA         CTTCATGAACAGGAAACCAAACTTGAATGGATCAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139508 TCAGCAGTA...TAGCTTCATGAACAGGAAACCAAACTTGAATGGATCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 TTTTCATGAGGTATTGGTTACCACCAAAGTCTACGCAAGAATTGTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139810 TTTTCATGAGGTATTGGTTACCACCAAAGTCTACGCAAGAATTGTATGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CAATCCGTTATGAATGGGTAAGAGACTTGTTACCCAAGTTGCATGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139860 CAATCCGTTATGAATGGGTAAGAGACTTGTTACCCAAGTTGCATGAATTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 AATGCACATGATTTGAGCAGTGTGGCCCGACGTGAAGTGAGAGAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139910 AATGCACATGATTTGAGCAGTGTGGCCCGACGTGAAGTGAGAGAAGATGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AAGAAGGAGATGGACAAATAAGGAAAATGTAAAGCAGCTAAAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 139960 AAGAAGGAGATGGACAAATAAGGAAAATGTAAAGCAGCTAAAGGGTG...

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201    ATGGAATATCGAAAGACGTCTTAAAGAAAATGCAAAGAAGAAATGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141359 CAGATGGAATATCGAAAGACGTCTTAAAGAAAATGCAAAGAAGAAATGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GACAAATCCATATCTGATGCACGGGCTCGTTTCCTTGAGAGAAAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141409 GACAAATCCATATCTGATGCACGGGCTCGTTTCCTTGAGAGAAAGCAGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GAGGACCCAGGACCACAGTGACACACGAAAGGAAACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141459 GAGGACCCAGGACCACAGTGACACACGAAAGGAAACAGGC