seq1 = pF1KB3011.tfa, 2163 bp
seq2 = pF1KB3011/gi568815583f_51946461.tfa (gi568815583f:51946461_52164997), 218537 bp

>pF1KB3011 2163
>gi568815583f:51946461_52164997 (Chr15)

1-555  (100001-100555)   100% ->
556-700  (103533-103677)   100% ->
701-865  (112173-112337)   100% ->
866-1067  (114839-115040)   100% ->
1068-2163  (117442-118537)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGAAATTTGAAAGTCTCATGAACATTCATGGTTTTGATCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGAAATTTGAAAGTCTCATGAACATTCATGGTTTTGATCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTAGGTATATGGACTTAAAACCATTGGGTTGTGGAGGCAATGGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTAGGTATATGGACTTAAAACCATTGGGTTGTGGAGGCAATGGCTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTTTTCTGCTGTAGACAATGACTGTGACAAAAGAGTAGCCATCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTTTTCTGCTGTAGACAATGACTGTGACAAAAGAGTAGCCATCAAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGTCCTTACTGATCCCCAGAGTGTCAAACATGCTCTACGTGAAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGTCCTTACTGATCCCCAGAGTGTCAAACATGCTCTACGTGAAATCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATTATTAGAAGACTTGACCATGATAACATTGTGAAAGTGTTTGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AATTATTAGAAGACTTGACCATGATAACATTGTGAAAGTGTTTGAGATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGGTCCCAGTGGAAGCCAATTAACAGACGATGTGGGCTCTCTTACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGGTCCCAGTGGAAGCCAATTAACAGACGATGTGGGCTCTCTTACGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGAACAGTGTTTACATTGTTCAGGAGTACATGGAGACAGACTTGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGAACAGTGTTTACATTGTTCAGGAGTACATGGAGACAGACTTGGCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTGCTGGAGCAGGGCCCTTTACTGGAAGAGCATGCCAGGCTTTTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTGCTGGAGCAGGGCCCTTTACTGGAAGAGCATGCCAGGCTTTTCATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATCAGCTGCTACGGGGGCTCAAGTATATTCACTCTGCAAATGTACTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATCAGCTGCTACGGGGGCTCAAGTATATTCACTCTGCAAATGTACTGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGAGATCTCAAACCAGCTAATCTTTTCATTAATACGGAAGACTTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGAGATCTCAAACCAGCTAATCTTTTCATTAATACGGAAGACTTGGTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAAGATAGGTGACTTTGGTCTTGCACGGATCATGGATCCTCATTATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAAGATAGGTGACTTTGGTCTTGCACGGATCATGGATCCTCATTATTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATAAG         GGTCATCTTTCTGAAGGATTGGTTACTAAATGGTAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATAAGGTA...TAGGGTCATCTTTCTGAAGGATTGGTTACTAAATGGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGATCTCCACGTCTTTTACTTTCTCCTAATAATTATACTAAAGCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103569 AGATCTCCACGTCTTTTACTTTCTCCTAATAATTATACTAAAGCCATTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATGTGGGCTGCAGGCTGCATCTTTGCTGAAATGCTGACTGGTAAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103619 CATGTGGGCTGCAGGCTGCATCTTTGCTGAAATGCTGACTGGTAAAACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTTTTGCAG         GTGCACATGAACTTGAACAGATGCAGCTGATT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103669 TTTTTGCAGGTT...CAGGTGCACATGAACTTGAACAGATGCAGCTGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTAGAATCTATTCCTGTTGTACATGAGGAAGATCGTCAGGAGCTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112205 TTAGAATCTATTCCTGTTGTACATGAGGAAGATCGTCAGGAGCTTCTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CGTAATTCCAGTTTACATTAGAAATGACATGACTGAGCCACACAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112255 CGTAATTCCAGTTTACATTAGAAATGACATGACTGAGCCACACAAACCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TAACTCAGCTGCTTCCAGGAATTAGTCGAGAAG         CACTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112305 TAACTCAGCTGCTTCCAGGAATTAGTCGAGAAGGTA...CAGCACTGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TTCCTGGAACAAATTTTGACATTTAGCCCCATGGATCGGTTAACAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114847 TTCCTGGAACAAATTTTGACATTTAGCCCCATGGATCGGTTAACAGCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGAAGCACTCTCCCATCCTTACATGAGCATATATTCTTTTCCAATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114897 AGAAGCACTCTCCCATCCTTACATGAGCATATATTCTTTTCCAATGGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGCCAATTTCAAGCCATCCTTTTCATATTGAAGATGAAGTTGATGATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114947 AGCCAATTTCAAGCCATCCTTTTCATATTGAAGATGAAGTTGATGATATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TTGCTTATGGATGAAACTCACAGTCACATTTATAACTGGGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114997 TTGCTTATGGATGAAACTCACAGTCACATTTATAACTGGGAAAGGTA...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1068    GTATCATGATTGTCAGTTTTCAGAGCATGATTGGCCTGTACATAACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117439 CAGGTATCATGATTGTCAGTTTTCAGAGCATGATTGGCCTGTACATAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACTTTGATATTGATGAAGTTCAGCTTGATCCAAGAGCTCTGTCCGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117489 ACTTTGATATTGATGAAGTTCAGCTTGATCCAAGAGCTCTGTCCGATGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACTGATGAAGAAGAAGTACAAGTTGATCCCCGAAAATATTTGGATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117539 ACTGATGAAGAAGAAGTACAAGTTGATCCCCGAAAATATTTGGATGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TCGGGAAAAGTATCTGGAGGATCCTGCTTTTGATACCAATTACTCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117589 TCGGGAAAAGTATCTGGAGGATCCTGCTTTTGATACCAATTACTCTACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AGCCTTGTTGGCAATACTCAGATCATCATGAAAACAAATATTGTGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117639 AGCCTTGTTGGCAATACTCAGATCATCATGAAAACAAATATTGTGATCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GAGTGTAGCCATACTTGTAACTACAAAACGAGGTCATCATCATATTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117689 GAGTGTAGCCATACTTGTAACTACAAAACGAGGTCATCATCATATTTAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TAACTTAGTTTGGAGAGAGAGTGAAGTTAACCATTACTATGAACCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117739 TAACTTAGTTTGGAGAGAGAGTGAAGTTAACCATTACTATGAACCCAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TTATTATAGATCTTTCCAATTGGAAAGAACAAAGCAAAGAAAAATCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117789 TTATTATAGATCTTTCCAATTGGAAAGAACAAAGCAAAGAAAAATCTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AAGAAAGGCAAATCAAAATGTGAAAGGAATGGATTGGTTAAAGCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117839 AAGAAAGGCAAATCAAAATGTGAAAGGAATGGATTGGTTAAAGCCCAGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 AGCGCTAGAGGAAGCATCACAGCAACTGGCTGGAAAAGAAAGGGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117889 AGCGCTAGAGGAAGCATCACAGCAACTGGCTGGAAAAGAAAGGGAAAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 ATCAGGGATTTGATTTTGATTCCTTTATTGCAGGAACTATTCAGCTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117939 ATCAGGGATTTGATTTTGATTCCTTTATTGCAGGAACTATTCAGCTTAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 TCCCAGCATGAGCCTACTGATGTTGTTGATAAATTAAATGACTTGAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117989 TCCCAGCATGAGCCTACTGATGTTGTTGATAAATTAAATGACTTGAATAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CTCAGTGTCCCAACTAGAATTGAAAAGTTTGATATCAAAGTCAGTAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118039 CTCAGTGTCCCAACTAGAATTGAAAAGTTTGATATCAAAGTCAGTAAGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 AAGAAAAACAGGAAAAAGGAATGGCAAATCTGGCTCAATTAGAAGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118089 AAGAAAAACAGGAAAAAGGAATGGCAAATCTGGCTCAATTAGAAGCCTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 TACCAGTCTTCTTGGGACAGCCAGTTTGTGAGTGGTGGGGAGGACTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118139 TACCAGTCTTCTTGGGACAGCCAGTTTGTGAGTGGTGGGGAGGACTGTTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 TTTCATAAATCAGTTTTGTGAGGTAAGGAAGGATGAACAAGTTGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118189 TTTCATAAATCAGTTTTGTGAGGTAAGGAAGGATGAACAAGTTGAGAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 AAAACACTTACACTAGTTACTTGGACAAGTTCTTTAGCAGGAAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118239 AAAACACTTACACTAGTTACTTGGACAAGTTCTTTAGCAGGAAAGAAGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 ACTGAAATGCTAGAAACTGAGCCAGTAGAGGATGGGAAGCTTGGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118289 ACTGAAATGCTAGAAACTGAGCCAGTAGAGGATGGGAAGCTTGGGGAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 AGGACATGAGGAAGGATTTCTGAACAACAGTGGGGAGTTCCTCTTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118339 AGGACATGAGGAAGGATTTCTGAACAACAGTGGGGAGTTCCTCTTTAACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 AGCAGCTCGAGTCCATAGGCATCCCACAGTTTCACAGTCCAGTTGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118389 AGCAGCTCGAGTCCATAGGCATCCCACAGTTTCACAGTCCAGTTGGGTCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 CCACTTAAGTCAATACAGGCCACATTAACACCTTCTGCTATGAAATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118439 CCACTTAAGTCAATACAGGCCACATTAACACCTTCTGCTATGAAATCTTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2115 CCCTCAAATTCCTCATCAAACATACAGCAGCATTCTGAAACATCTGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118489 CCCTCAAATTCCTCATCAAACATACAGCAGCATTCTGAAACATCTGAAC