seq1 = pF1KB2260.tfa, 2628 bp
seq2 = pF1KB2260/gi568815592f_30788730.tfa (gi568815592f:30788730_30999293), 210564 bp

>pF1KB2260 2628
>gi568815592f:30788730_30999293 (Chr6)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-188  (100179-100281)   100% ->
189-417  (100473-100701)   100% ->
418-565  (102244-102391)   100% ->
566-665  (102651-102750)   100% ->
666-852  (103273-103459)   100% ->
853-1099  (103567-103813)   100% ->
1100-1195  (104339-104434)   100% ->
1196-1347  (104543-104694)   100% ->
1348-1513  (105777-105942)   99% ->
1514-1758  (107892-108136)   100% ->
1759-1886  (108285-108412)   99% ->
1887-2105  (108650-108868)   100% ->
2106-2340  (109344-109578)   100% ->
2341-2490  (110159-110308)   100% ->
2491-2628  (110427-110564)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACCAGAGGCCCTGTCATCTTTACTGCTGCTGCTCTTGGTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGACCAGAGGCCCTGTCATCTTTACTGCTGCTGCTCTTGGTGGCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGATGCTGACATGAAGGGACATTTTGATCCTG         CCAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 TGGAGATGCTGACATGAAGGGACATTTTGATCCTGGTG...CAGCCAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCGCTATGCCCTGGGCATGCAGGACCGGACCATCCCAGACAGTGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100185 GCCGCTATGCCCTGGGCATGCAGGACCGGACCATCCCAGACAGTGACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGCTTCCAGCTCCTGGTCAGATTCCACTGCCGCCCGCCACAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100235 TCTGCTTCCAGCTCCTGGTCAGATTCCACTGCCGCCCGCCACAGCAGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    189       GTTGGAGAGCAGTGACGGGGATGGGGCCTGGTGCCCCGCAGGGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100285 ...CAGGTTGGAGAGCAGTGACGGGGATGGGGCCTGGTGCCCCGCAGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGGTGTTTCCCAAGGAGGAGGAGTACTTGCAGGTGGATCTACAACGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100517 CGGTGTTTCCCAAGGAGGAGGAGTACTTGCAGGTGGATCTACAACGACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACCTGGTGGCTCTGGTGGGCACCCAGGGACGGCATGCCGGGGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100567 CACCTGGTGGCTCTGGTGGGCACCCAGGGACGGCATGCCGGGGGCCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGGAGTTCTCCCGGAGCTACCGGCTGCGTTACTCCCGGGATGGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100617 CAAGGAGTTCTCCCGGAGCTACCGGCTGCGTTACTCCCGGGATGGTCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTGGATGGGCTGGAAGGACCGCTGGGGTCAGGAG         GTGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100667 GCTGGATGGGCTGGAAGGACCGCTGGGGTCAGGAGGTG...CAGGTGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAGGCAATGAGGACCCTGAGGGAGTGGTGCTGAAGGACCTTGGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102250 TCAGGCAATGAGGACCCTGAGGGAGTGGTGCTGAAGGACCTTGGGCCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATGGTTGCCCGACTGGTTCGCTTCTACCCCCGGGCTGACCGGGTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102300 CATGGTTGCCCGACTGGTTCGCTTCTACCCCCGGGCTGACCGGGTCATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCGTCTGTCTGCGGGTAGAGCTCTATGGCTGCCTCTGGAGGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102350 GCGTCTGTCTGCGGGTAGAGCTCTATGGCTGCCTCTGGAGGGGTG...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    566  ATGGACTCCTGTCTTACACCGCCCCTGTGGGGCAGACAATGTATTTATC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102650 GATGGACTCCTGTCTTACACCGCCCCTGTGGGGCAGACAATGTATTTATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAGGCCGTGTACCTCAACGACTCCACCTATGACGGACATACCGTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102700 TGAGGCCGTGTACCTCAACGACTCCACCTATGACGGACATACCGTGGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 G         ACTGCAGTATGGGGGTCTGGGCCAGCTGGCAGATGGTGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102750 GGTA...CAGACTGCAGTATGGGGGTCTGGGCCAGCTGGCAGATGGTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGGGGCTGGATGACTTTAGGAAGAGTCAGGAGCTGCGGGTCTGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103313 GTGGGGCTGGATGACTTTAGGAAGAGTCAGGAGCTGCGGGTCTGGCCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTATGACTATGTGGGATGGAGCAACCACAGCTTCTCCAGTGGCTATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103363 CTATGACTATGTGGGATGGAGCAACCACAGCTTCTCCAGTGGCTATGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGATGGAGTTTGAGTTTGACCGGCTGAGGGCCTTCCAGGCTATGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103413 AGATGGAGTTTGAGTTTGACCGGCTGAGGGCCTTCCAGGCTATGCAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853       GTCCACTGTAACAACATGCACACGCTGGGAGCCCGTCTGCCTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103463 ...CAGGTCCACTGTAACAACATGCACACGCTGGGAGCCCGTCTGCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGGGGTGGAATGTCGCTTCCGGCGTGGCCCTGCCATGGCCTGGGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103611 CGGGGTGGAATGTCGCTTCCGGCGTGGCCCTGCCATGGCCTGGGAGGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCCCATGCGCCACAACCTAGGGGGCAACCTGGGGGACCCCAGAGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103661 AGCCCATGCGCCACAACCTAGGGGGCAACCTGGGGGACCCCAGAGCCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCTGTCTCAGTGCCCCTTGGCGGCCGTGTGGCTCGCTTTCTGCAGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103711 GCTGTCTCAGTGCCCCTTGGCGGCCGTGTGGCTCGCTTTCTGCAGTGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTTCCTCTTTGCGGGGCCCTGGTTACTCTTCAGCGAAATCTCCTTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103761 CTTCCTCTTTGCGGGGCCCTGGTTACTCTTCAGCGAAATCTCCTTCATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTG         ATGTGGTGAACAATTCCTCTCCGGCACTGGGAGGCACC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103811 CTGGTA...CAGATGTGGTGAACAATTCCTCTCCGGCACTGGGAGGCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTCCCGCCAGCCCCCTGGTGGCCGCCTGGCCCACCTCCCACCAACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104377 TTCCCGCCAGCCCCCTGGTGGCCGCCTGGCCCACCTCCCACCAACTTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAGCTTGG         AGCTGGAGCCCAGAGGCCAGCAGCCCGTGGCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104427 CAGCTTGGGTG...CAGAGCTGGAGCCCAGAGGCCAGCAGCCCGTGGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGCCGAGGGGAGCCCGACCGCCATCCTCATCGGCTGCCTGGTGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104576 AGGCCGAGGGGAGCCCGACCGCCATCCTCATCGGCTGCCTGGTGGCCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATCCTGCTCCTGCTGCTCATCATTGCCCTCATGCTCTGGCGGCTGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104626 ATCCTGCTCCTGCTGCTCATCATTGCCCTCATGCTCTGGCGGCTGCACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCGCAGGCTCCTCAGCAAG         GCTGAACGGAGGGTGTTGGAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104676 GCGCAGGCTCCTCAGCAAGGTG...AAGGCTGAACGGAGGGTGTTGGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGGAGCTGACGGTTCACCTCTCTGTCCCTGGGGACACTATCCTCATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105799 AGGAGCTGACGGTTCACCTCTCTGTCCCTGGGGACACTATCCTCATCAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AACCGCCCAGGTCCTAGAGAGCCACCCCCGTACCAGGAGCCCCGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105849 AACCGCCCAGGTCCTAGAGAGCCACCCCCGTACCAGGAGCCCCGGCCTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGGGAATCCGCCCCACTCTGCTCCCTGTGTCCCCAATGGCTCTG      
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>...
 105899 TGGGAATCCGCCCCACTCCGCTCCCTGTGTCCCCAATGGCTCTGGTA...

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1514    CCTACAGTGGGGACTATATGGAGCCTGAGAAGCCAGGCGCCCCGCTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107889 CAGCCTACAGTGGGGACTATATGGAGCCTGAGAAGCCAGGCGCCCCGCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CTGCCCCCACCTCCCCAGAACAGCGTCCCCCATTATGCCGAGGCTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107939 CTGCCCCCACCTCCCCAGAACAGCGTCCCCCATTATGCCGAGGCTGACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGTTACCCTGCAGGGCGTCACCGGGGGCAACACCTATGCTGTGCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107989 TGTTACCCTGCAGGGCGTCACCGGGGGCAACACCTATGCTGTGCCTGCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TGCCCCCAGGGGCAGTCGGGGATGGGCCCCCCAGAGTGGATTTCCCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108039 TGCCCCCAGGGGCAGTCGGGGATGGGCCCCCCAGAGTGGATTTCCCTCGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TCTCGACTCCGCTTCAAGGAGAAGCTTGGCGAGGGCCAGTTTGGGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108089 TCTCGACTCCGCTTCAAGGAGAAGCTTGGCGAGGGCCAGTTTGGGGAGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1759        GTGCACCTGTGTGAGGTCGACAGCCCTCAAGATCTGGTCAGTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 108139 A...CAGGTGCACCTGTGTGAGGTCGACAGCCCTCAAGATCTGGTTAGTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TTGATTTCCCCCTTAATGTGCGTAAGGGACACCCTTTGCTGGTAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108328 TTGATTTCCCCCTTAATGTGCGTAAGGGACACCCTTTGCTGGTAGCTGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 AAGATCTTACGGCCAGATGCCACCAAGAATGCCAG         GAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108378 AAGATCTTACGGCCAGATGCCACCAAGAATGCCAGGTG...CAGGAATGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 TTTCCTGAAAGAGGTGAAGATCATGTCGAGGCTCAAGGACCCAAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108656 TTTCCTGAAAGAGGTGAAGATCATGTCGAGGCTCAAGGACCCAAACATCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TTCGGCTGCTGGGCGTGTGTGTGCAGGACGACCCCCTCTGCATGATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108706 TTCGGCTGCTGGGCGTGTGTGTGCAGGACGACCCCCTCTGCATGATTACT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GACTACATGGAGAACGGCGACCTCAACCAGTTCCTCAGTGCCCACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108756 GACTACATGGAGAACGGCGACCTCAACCAGTTCCTCAGTGCCCACCAGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GGAGGACAAGGCAGCCGAGGGGGCCCCTGGGGACGGGCAGGCTGCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108806 GGAGGACAAGGCAGCCGAGGGGGCCCCTGGGGACGGGCAGGCTGCGCAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 GGCCCACCATCAG         CTACCCAATGCTGCTGCATGTGGCAGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108856 GGCCCACCATCAGGTA...CAGCTACCCAATGCTGCTGCATGTGGCAGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CAGATCGCCTCCGGCATGCGCTATCTGGCCACACTCAACTTTGTACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109372 CAGATCGCCTCCGGCATGCGCTATCTGGCCACACTCAACTTTGTACATCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GGACCTGGCCACGCGGAACTGCCTAGTTGGGGAAAATTTCACCATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109422 GGACCTGGCCACGCGGAACTGCCTAGTTGGGGAAAATTTCACCATCAAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TCGCAGACTTTGGCATGAGCCGGAACCTCTATGCTGGGGACTATTACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109472 TCGCAGACTTTGGCATGAGCCGGAACCTCTATGCTGGGGACTATTACCGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 GTGCAGGGCCGGGCAGTGCTGCCCATCCGCTGGATGGCCTGGGAGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109522 GTGCAGGGCCGGGCAGTGCTGCCCATCCGCTGGATGGCCTGGGAGTGCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 CCTCATG         GGGAAGTTCACGACTGCGAGTGACGTGTGGGCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109572 CCTCATGGTG...CAGGGGAAGTTCACGACTGCGAGTGACGTGTGGGCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 TTGGTGTGACCCTGTGGGAGGTGCTGATGCTCTGTAGGGCCCAGCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110193 TTGGTGTGACCCTGTGGGAGGTGCTGATGCTCTGTAGGGCCCAGCCCTTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 GGGCAGCTCACCGACGAGCAGGTCATCGAGAACGCGGGGGAGTTCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110243 GGGCAGCTCACCGACGAGCAGGTCATCGAGAACGCGGGGGAGTTCTTCCG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 GGACCAGGGCCGGCAG         GTGTACCTGTCCCGGCCGCCTGCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 110293 GGACCAGGGCCGGCAGGTC...CAGGTGTACCTGTCCCGGCCGCCTGCCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 GCCCGCAGGGCCTATATGAGCTGATGCTTCGGTGCTGGAGCCGGGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110452 GCCCGCAGGGCCTATATGAGCTGATGCTTCGGTGCTGGAGCCGGGAGTCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 GAGCAGCGACCACCCTTTTCCCAGCTGCATCGGTTCCTGGCAGAGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110502 GAGCAGCGACCACCCTTTTCCCAGCTGCATCGGTTCCTGGCAGAGGATGC

   2750     .    :
   2616 ACTCAACACGGTG
        |||||||||||||
 110552 ACTCAACACGGTG