seq1 = pF1KB1569.tfa, 2949 bp
seq2 = pF1KB1569/gi568815595f_89007749.tfa (gi568815595f:89007749_89579499), 571751 bp

>pF1KB1569 2949
>gi568815595f:89007749_89579499 (Chr3)

1-88  (100001-100088)   100% ==
153-814  (202111-202772)   100% ->
815-970  (333168-333323)   100% ->
971-1306  (334007-334342)   100% ->
1307-1431  (388089-388213)   100% ->
1432-1594  (391570-391732)   100% ->
1595-1697  (399521-399623)   100% ->
1698-1762  (400319-400383)   100% ->
1763-1888  (405393-405518)   100% ->
1889-2074  (411457-411642)   100% ->
2075-2136  (421358-421419)   100% ->
2137-2346  (423402-423611)   100% ->
2347-2496  (441477-441626)   100% ->
2497-2690  (442429-442622)   100% ->
2691-2846  (464716-464871)   100% ->
2847-2949  (471649-471751)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTGTCAGCTCTCCATCCTCCTCCTTCTCAGCTGCTCTGTTCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTGTCAGCTCTCCATCCTCCTCCTTCTCAGCTGCTCTGTTCTCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .
     51 CAGCTTCGGGGAACTGATTCCGCAGCCTTCCAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTTCGGGGAACTGATTCCGCAGCCTTCCAATGAAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    153 GTGGGAAGAGATCAGTGGTGTGGATGAACATTACACACCCATCAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202111 GTGGGAAGAGATCAGTGGTGTGGATGAACATTACACACCCATCAGGACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    203 ACCAGGTGTGCAATGTCATGGACCACAGTCAAAACAATTGGCTGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202161 ACCAGGTGTGCAATGTCATGGACCACAGTCAAAACAATTGGCTGAGAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253 AACTGGGTCCCCAGGAACTCAGCTCAGAAGATTTATGTGGAGCTCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202211 AACTGGGTCCCCAGGAACTCAGCTCAGAAGATTTATGTGGAGCTCAAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    303 CACTCTACGAGACTGCAATAGCATTCCATTGGTTTTAGGAACTTGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202261 CACTCTACGAGACTGCAATAGCATTCCATTGGTTTTAGGAACTTGCAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    353 AGACATTCAACCTGTACTACATGGAGTCTGATGATGATCATGGGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202311 AGACATTCAACCTGTACTACATGGAGTCTGATGATGATCATGGGGTGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    403 TTTCGAGAGCATCAGTTTACAAAGATTGACACCATTGCAGCTGATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202361 TTTCGAGAGCATCAGTTTACAAAGATTGACACCATTGCAGCTGATGAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    453 TTTCACTCAAATGGATCTTGGGGACCGTATTCTGAAGCTCAACACTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202411 TTTCACTCAAATGGATCTTGGGGACCGTATTCTGAAGCTCAACACTGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    503 TTAGAGAAGTAGGTCCTGTCAACAAGAAGGGATTTTATTTGGCATTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202461 TTAGAGAAGTAGGTCCTGTCAACAAGAAGGGATTTTATTTGGCATTTCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553 GATGTTGGTGCTTGTGTTGCCTTGGTGTCTGTGAGAGTATACTTCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202511 GATGTTGGTGCTTGTGTTGCCTTGGTGTCTGTGAGAGTATACTTCAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    603 GTGCCCATTTACAGTGAAGAATCTGGCTATGTTTCCAGACACGGTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202561 GTGCCCATTTACAGTGAAGAATCTGGCTATGTTTCCAGACACGGTACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    653 TGGACTCCCAGTCCCTGGTGGAGGTTAGAGGGTCTTGTGTCAACAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202611 TGGACTCCCAGTCCCTGGTGGAGGTTAGAGGGTCTTGTGTCAACAATTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703 AAGGAGGAAGATCCTCCAAGGATGTACTGCAGTACAGAAGGCGAATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202661 AAGGAGGAAGATCCTCCAAGGATGTACTGCAGTACAGAAGGCGAATGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    753 TGTACCCATTGGCAAGTGTTCCTGCAATGCTGGCTATGAAGAAAGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202711 TGTACCCATTGGCAAGTGTTCCTGCAATGCTGGCTATGAAGAAAGAGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803 TTATGTGCCAAG         CTTGTCGACCAGGTTTCTACAAGGCATTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 202761 TTATGTGCCAAGGTA...TAGCTTGTCGACCAGGTTTCTACAAGGCATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844 GATGGTAATATGAAGTGTGCTAAGTGCCCGCCTCACAGTTCTACTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333197 GATGGTAATATGAAGTGTGCTAAGTGCCCGCCTCACAGTTCTACTCAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    894 AGATGGTTCAATGAACTGCAGGTGTGAGAATAATTACTTCCGGGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333247 AGATGGTTCAATGAACTGCAGGTGTGAGAATAATTACTTCCGGGCAGACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944 AAGACCCTCCATCCATGGCTTGTACCC         GACCTCCATCTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 333297 AAGACCCTCCATCCATGGCTTGTACCCGTG...CAGGACCTCCATCTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    985 CCAAGAAATGTTATCTCTAATATAAACGAGACCTCAGTTATCCTGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334021 CCAAGAAATGTTATCTCTAATATAAACGAGACCTCAGTTATCCTGGACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035 GAGTTGGCCCCTGGACACAGGAGGCCGGAAAGATGTTACCTTCAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334071 GAGTTGGCCCCTGGACACAGGAGGCCGGAAAGATGTTACCTTCAACATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1085 TATGTAAAAAATGTGGGTGGAATATAAAACAGTGTGAGCCATGCAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334121 TATGTAAAAAATGTGGGTGGAATATAAAACAGTGTGAGCCATGCAGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1135 AATGTCCGCTTCCTCCCTCGACAGTTTGGACTCACCAACACCACGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334171 AATGTCCGCTTCCTCCCTCGACAGTTTGGACTCACCAACACCACGGTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1185 AGTGACAGACCTTCTGGCACATACTAACTACACCTTTGAGATTGATGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334221 AGTGACAGACCTTCTGGCACATACTAACTACACCTTTGAGATTGATGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1235 TTAATGGGGTGTCAGAGCTGAGCTCCCCACCAAGACAGTTTGCTGCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334271 TTAATGGGGTGTCAGAGCTGAGCTCCCCACCAAGACAGTTTGCTGCGGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1285 AGCATCACAACTAATCAGGCTG         CTCCATCACCTGTCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 334321 AGCATCACAACTAATCAGGCTGGTG...CAGCTCCATCACCTGTCCTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1326 GATTAAGAAAGATCGGACCTCCAGAAATAGCATCTCTTTGTCCTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 388108 GATTAAGAAAGATCGGACCTCCAGAAATAGCATCTCTTTGTCCTGGCAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1376 AACCTGAACATCCTAATGGGATCATATTGGACTACGAGGTCAAATACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 388158 AACCTGAACATCCTAATGGGATCATATTGGACTACGAGGTCAAATACTAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1426 GAAAAG         CAGGAACAAGAAACAAGTTATACCATTCTGAGGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 388208 GAAAAGGTG...AAGCAGGAACAAGAAACAAGTTATACCATTCTGAGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1467 AAGAGGCACAAATGTTACCATCAGTAGCCTCAAGCCTGACACTATATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391605 AAGAGGCACAAATGTTACCATCAGTAGCCTCAAGCCTGACACTATATACG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1517 TATTCCAAATCCGAGCCCGAACAGCCGCTGGATATGGGACGAACAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391655 TATTCCAAATCCGAGCCCGAACAGCCGCTGGATATGGGACGAACAGCCGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1567 AAGTTTGAGTTTGAAACTAGTCCAGACT         CTTTCTCCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 391705 AAGTTTGAGTTTGAAACTAGTCCAGACTGTA...CAGCTTTCTCCATCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1608 TGGTGAAAGTAGCCAAGTGGTCATGATCGCCATTTCAGCGGCAGTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 399534 TGGTGAAAGTAGCCAAGTGGTCATGATCGCCATTTCAGCGGCAGTAGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1658 TTATTCTCCTCACTGTTGTCATCTATGTTTTGATTGGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 399584 TTATTCTCCTCACTGTTGTCATCTATGTTTTGATTGGGAGGTG...CAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1699 TTCTGTGGCTATAAGTCAAAACATGGGGCAGATGAAAAAAGACTTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 400320 TTCTGTGGCTATAAGTCAAAACATGGGGCAGATGAAAAAAGACTTCATTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1749 TGGCAATGGGCATT         TAAAACTTCCAGGTCTCAGGACTTATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 400370 TGGCAATGGGCATTGTA...CAGTAAAACTTCCAGGTCTCAGGACTTATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1790 TTGACCCACATACATATGAAGACCCTACCCAAGCTGTTCATGAGTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 405420 TTGACCCACATACATATGAAGACCCTACCCAAGCTGTTCATGAGTTTGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1840 AAGGAATTGGATGCCACCAACATATCCATTGATAAAGTTGTTGGAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 405470 AAGGAATTGGATGCCACCAACATATCCATTGATAAAGTTGTTGGAGCAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889         GTGAATTTGGAGAGGTGTGCAGTGGTCGCTTAAAACTTCCTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 405520 TA...CAGGTGAATTTGGAGAGGTGTGCAGTGGTCGCTTAAAACTTCCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1931 CAAAAAAAGAGATTTCAGTGGCCATTAAGACCCTGAAAGTTGGCTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 411499 CAAAAAAAGAGATTTCAGTGGCCATTAAGACCCTGAAAGTTGGCTACACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1981 GAAAAGCAGAGGAGAGACTTCCTGGGAGAAGCAAGCATTATGGGACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 411549 GAAAAGCAGAGGAGAGACTTCCTGGGAGAAGCAAGCATTATGGGACAGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2031 TGACCACCCCAATATCATTCGACTGGAAGGAGTTGTTACCAAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 411599 TGACCACCCCAATATCATTCGACTGGAAGGAGTTGTTACCAAAAGTA...

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075    GTAAGCCAGTTATGATTGTCACAGAATACATGGAGAATGGTTCCTTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 421355 TAGGTAAGCCAGTTATGATTGTCACAGAATACATGGAGAATGGTTCCTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2122 GATAGTTTCCTACGT         AAACACGATGCCCAGTTTACTGTCAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 421405 GATAGTTTCCTACGTGTA...CAGAAACACGATGCCCAGTTTACTGTCAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2163 TCAGCTAGTGGGGATGCTTCGAGGGATAGCATCTGGCATGAAGTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423428 TCAGCTAGTGGGGATGCTTCGAGGGATAGCATCTGGCATGAAGTACCTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2213 CAGACATGGGCTATGTTCACCGAGACCTCGCTGCTCGGAACATCTTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423478 CAGACATGGGCTATGTTCACCGAGACCTCGCTGCTCGGAACATCTTGATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2263 AACAGTAACTTGGTGTGTAAGGTTTCTGATTTCGGACTTTCGCGTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423528 AACAGTAACTTGGTGTGTAAGGTTTCTGATTTCGGACTTTCGCGTGTCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2313 GGAGGATGACCCAGAAGCTGCTTATACAACAAGA         GGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 423578 GGAGGATGACCCAGAAGCTGCTTATACAACAAGAGTG...AAGGGAGGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2354 AGATCCCAATCAGGTGGACATCACCAGAAGCTATAGCCTACCGCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 441484 AGATCCCAATCAGGTGGACATCACCAGAAGCTATAGCCTACCGCAAGTTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2404 ACGTCAGCCAGCGATGTATGGAGTTATGGGATTGTTCTCTGGGAGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 441534 ACGTCAGCCAGCGATGTATGGAGTTATGGGATTGTTCTCTGGGAGGTGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2454 GTCTTATGGAGAGAGACCATACTGGGAGATGTCCAATCAGGAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 441584 GTCTTATGGAGAGAGACCATACTGGGAGATGTCCAATCAGGATGTA...C

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2497   GTAATTAAAGCTGTAGATGAGGGCTATCGACTGCCACCCCCCATGGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 442427 AGGTAATTAAAGCTGTAGATGAGGGCTATCGACTGCCACCCCCCATGGAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2545 TGCCCAGCTGCCTTGTATCAGCTGATGCTGGACTGCTGGCAGAAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 442477 TGCCCAGCTGCCTTGTATCAGCTGATGCTGGACTGCTGGCAGAAAGACAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2595 GAACAACAGACCCAAGTTTGAGCAGATTGTTAGTATTCTGGACAAGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 442527 GAACAACAGACCCAAGTTTGAGCAGATTGTTAGTATTCTGGACAAGCTTA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2645 TCCGGAATCCCGGCAGCCTGAAGATCATCACCAGTGCAGCCGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 442577 TCCGGAATCCCGGCAGCCTGAAGATCATCACCAGTGCAGCCGCAAGGTG.

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2691      GCCATCAAACCTTCTTCTGGACCAAAGCAATGTGGATATCACTAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 442627 ..CAGGCCATCAAACCTTCTTCTGGACCAAAGCAATGTGGATATCACTAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2736 CTTCCGCACAACAGGTGACTGGCTTAATGGTGTCTGGACAGCACACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 464761 CTTCCGCACAACAGGTGACTGGCTTAATGGTGTCTGGACAGCACACTGCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2786 AGGAAATCTTCACGGGTGTGGAGTACAGTTCTTGTGACACAATAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 464811 AGGAAATCTTCACGGGTGTGGAGTACAGTTCTTGTGACACAATAGCCAAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2836 ATTTCCACAGA         TGACATGAAAAAGGTTGGTGTCACCGTGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 464861 ATTTCCACAGAGTA...CAGTGACATGAAAAAGGTTGGTGTCACCGTGGT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2877 TGGGCCACAGAAGAAGATCATCAGTAGCATTAAAGCTCTAGAAACGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 471679 TGGGCCACAGAAGAAGATCATCAGTAGCATTAAAGCTCTAGAAACGCAAT

   2900     .    :    .    :
   2927 CAAAGAATGGCCCAGTTCCCGTG
        |||||||||||||||||||||||
 471729 CAAAGAATGGCCCAGTTCCCGTG