seq1 = pF1KB1393.tfa, 2430 bp
seq2 = pF1KB1393/gi568815587f_7477591.tfa (gi568815587f:7477591_7753215), 275625 bp

>pF1KB1393 2430
>gi568815587f:7477591_7753215 (Chr11)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-141  (115542-115634)   100% ->
142-255  (119970-120083)   100% ->
256-387  (132701-132832)   100% ->
388-480  (143345-143437)   100% ->
481-595  (148187-148301)   100% ->
596-657  (150695-150756)   100% ->
658-733  (151869-151944)   100% ->
734-837  (153335-153438)   100% ->
838-905  (155277-155344)   100% ->
906-963  (156905-156962)   100% ->
964-1005  (157962-158003)   97% ->
1006-1144  (162142-162280)   100% ->
1145-1177  (163443-163475)   100% ->
1178-1319  (163889-164030)   99% ->
1320-1448  (164708-164836)   100% ->
1449-1599  (170797-170947)   100% ->
1600-1711  (171210-171321)   100% ->
1712-1800  (171557-171645)   98% ->
1801-1923  (171942-172064)   100% ->
1924-2049  (173250-173375)   100% ->
2050-2238  (174066-174254)   99% ->
2239-2430  (175434-175625)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGGGGACATTGATGTTTACAAGCATTTCTCGTGGCTGAAGAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGATGGGGACATTGATGTTTACAAGCATTTCTCGTGGCTGAAGAGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        TCCCAGGTAAACCACCACAGTGCTGCTAGTAATGAAACCTACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...TAGTCCCAGGTAAACCACCACAGTGCTGCTAGTAATGAAACCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAACGCTTGGCACGTCTAGAAGGGGATAAGGAGTCCCTCATATTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115585 AGGAACGCTTGGCACGTCTAGAAGGGGATAAGGAGTCCCTCATATTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          GTGAGTGTCCTCACAGACCAAGTAGAAGCCCAGGGAGAAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115635 GTG...CAGGTGAGTGTCCTCACAGACCAAGTAGAAGCCCAGGGAGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GATTCGAGACCTGGAAGTGTGTCTGGAAGGACACCAGGTGAAACTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120011 GATTCGAGACCTGGAAGTGTGTCTGGAAGGACACCAGGTGAAACTCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCTGAAGAGATGCTTCAACAG         GAGCTGCTAAGCCGCACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120061 CTGCTGAAGAGATGCTTCAACAGGTA...CAGGAGCTGCTAAGCCGCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCTCTTGAGACCCAGAAGCTCGATCTGATGACTGAAGTGTCTGAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132719 TCTCTTGAGACCCAGAAGCTCGATCTGATGACTGAAGTGTCTGAGCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTCAAGCTGGTTGGCATGGAGAAGGAGCAGAGAGAGCAGGAGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132769 GCTCAAGCTGGTTGGCATGGAGAAGGAGCAGAGAGAGCAGGAGGAGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGAAAAGCAGAG         GAGTTACTGCAAGAGCTCAGGCACCTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 132819 AGAGAAAAGCAGAGGTA...TAGGAGTTACTGCAAGAGCTCAGGCACCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAATCAAAGTGGAAGAGTTGGAAAATGAAAGGAATCAGTATGAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143372 AAAATCAAAGTGGAAGAGTTGGAAAATGAAAGGAATCAGTATGAATGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTAAAGGCCACTAAG         GCTGAAGTCGCCCAGCTGCAAGAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 143422 GCTAAAGGCCACTAAGGTA...CAGGCTGAAGTCGCCCAGCTGCAAGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGTGGCCCTGAAAGATGCAGAAATTGAGCGTCTGCACAGCCAGCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148212 AGGTGGCCCTGAAAGATGCAGAAATTGAGCGTCTGCACAGCCAGCTCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGGACAGCAGCTCTCCACAGTGAGAGTCACACAGAGAGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 148262 CGGACAGCAGCTCTCCACAGTGAGAGTCACACAGAGAGAGGTG...TAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCAAGAAATTCAACGTCTGAAAATGGGGATGGAAACTTTGCTGCTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150696 CCAAGAAATTCAACGTCTGAAAATGGGGATGGAAACTTTGCTGCTTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGAAGATAAG         GACCGTCGGATAGAGGAGCTTACGGGGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 150746 ATGAAGATAAGGTA...CAGGACCGTCGGATAGAGGAGCTTACGGGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTAAACCAGTACCGGAAGGTAAAGGAGATTGTGATGGTCACTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 151899 TTAAACCAGTACCGGAAGGTAAAGGAGATTGTGATGGTCACTCAAGGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734      GGCCTTCGGAGAGAACTCTCTCAATCAATGAAGAAGAACCGGAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151949 ..CAGGGCCTTCGGAGAGAACTCTCTCAATCAATGAAGAAGAACCGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GAGGTTTCAGCAAGTGGAACGCTACAAATAAGGACCCTGAAGAATTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153380 GAGGTTTCAGCAAGTGGAACGCTACAAATAAGGACCCTGAAGAATTATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAACAAGAG         ATGCCTCCAAGATGTAGCTCTCCTACAGTGGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 153430 AAACAAGAGGTA...CAGATGCCTCCAAGATGTAGCTCTCCTACAGTGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCCACCTCCATTGCCACAGAAATCACTGGAAACCAG         GGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 155309 GCCACCTCCATTGCCACAGAAATCACTGGAAACCAGGTA...CAGGGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AGAAAAAGCTCTCTTGTAGTCTAGAAGACTTGAGAAGTGAATCTGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156910 AGAAAAAGCTCTCTTGTAGTCTAGAAGACTTGAGAAGTGAATCTGTGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AAG         TGTATGGATGGGAACCAGCCCTTCCCAGTGTTAGAACC
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 156960 AAGGTC...TAGTGTATGGATGGGAACCAGCCCTTCCCGGTGTTAGAACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CAAG         GACAGCCCTTTCTTGGCGGAGCACAAATATCCCACTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158000 CAAGGTA...TAGGACAGCCCTTTCTTGGCGGAGCACAAATATCCCACTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TACCTGGGAAGCTTTCAGGAGCCACGCCCAATGGAGAGGCTGCCAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162179 TACCTGGGAAGCTTTCAGGAGCCACGCCCAATGGAGAGGCTGCCAAATCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CCTCCCACCATCTGCCAGCCTGACGCCACGGGGAGCAGCCTGCTGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162229 CCTCCCACCATCTGCCAGCCTGACGCCACGGGGAGCAGCCTGCTGAGGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GA         ATCGTGGCCGGAGTGTCAGTGCCCCCGTATTAG      
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 162279 GAGTG...GAGATCGTGGCCGGAGTGTCAGTGCCCCCGTATTAGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178    GAGACACAGAAAGTGGCTGGGATGACACTGCTGTGGTCAATGACCTC
        >>>|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 163886 CAGGAGACACAGAAAGTGGCTGGGACGACACTGCTGTGGTCAATGACCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 TCATCCACATCATCGGGCACTGAATCAGGTCCTCAGTCTCCTCTGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163936 TCATCCACATCATCGGGCACTGAATCAGGTCCTCAGTCTCCTCTGACACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 AGATGGTAAACGGAATCCCAAAGGCATTAAGAAGTTCTGGGGAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 163986 AGATGGTAAACGGAATCCCAAAGGCATTAAGAAGTTCTGGGGAAAGTA..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320     AATCCGAAGAACTCAGTCAGGAAATTTCTACACTGACACGCTGGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164036 .CAGAATCCGAAGAACTCAGTCAGGAAATTTCTACACTGACACGCTGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 ATGGCAGAGTTTCGACGAGGTGGGCTCCGGGCAACCGCAGGGCCAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164754 ATGGCAGAGTTTCGACGAGGTGGGCTCCGGGCAACCGCAGGGCCAAGACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CTCTAGGACCAGGGACTCCAAGGGACAGAAAAG         TGACGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 164804 CTCTAGGACCAGGGACTCCAAGGGACAGAAAAGGTA...CAGTGACGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 ATGCCCCCTTTGCCCAGTGGAGCACAGAGCGTGTGTGTGCATGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170805 ATGCCCCCTTTGCCCAGTGGAGCACAGAGCGTGTGTGTGCATGGCTGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GACTTTGGCCTGGCTCAGTATGTGATCTTTGCCAGGCAGTGGGTATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170855 GACTTTGGCCTGGCTCAGTATGTGATCTTTGCCAGGCAGTGGGTATCTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 TGGCCACACCTTATTGACAGCCACCCCTCAGGACATGGAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 170905 TGGCCACACCTTATTGACAGCCACCCCTCAGGACATGGAAAAGGTA...C

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600   GAGCTAGGAATTAAGCACCCACTCCACAGGAAGAAGCTTGTTTTAGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171208 AGGAGCTAGGAATTAAGCACCCACTCCACAGGAAGAAGCTTGTTTTAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GTGAAAGCCATCAACACCAAACAGGAGGAGAAGTCTGCACTGCTAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171258 GTGAAAGCCATCAACACCAAACAGGAGGAGAAGTCTGCACTGCTAGACCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 CATTTGGGTGACAA         GGTGGCTTGATGATATTGGCTTACCCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 171308 CATTTGGGTGACAAGTA...TAGGGTGGCTTGATGATATTGGCTTACCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 AGTACAAAGACCAGTTTCATGAATCTAGAGTTGACGGACGAATGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 171584 AGTACAAAGACCAGTTTCATGAATCTAGAGTTGACAGACGAATGCTGCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 TACCTAACTGTG         AACGATTTACTCTTCTTAAAAGTCACCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 171634 TACCTAACTGTGGTG...CAGAACGATTTACTCTTCTTAAAAGTCACCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 CCAACTACATCATCTCAGCATCAAATGTGCCATTCACGTGCTGCATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171971 CCAACTACATCATCTCAGCATCAAATGTGCCATTCACGTGCTGCATGTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 ACAAGTTCAACCCCCACTGCCTGCACCGGCGGCCAGCTGATGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 172021 ACAAGTTCAACCCCCACTGCCTGCACCGGCGGCCAGCTGATGAGGTG...

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924    AGTAACCTTTCTCCTTCAGAAGTTGTACAGTGGTCCAACCACAGGGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173247 CAGAGTAACCTTTCTCCTTCAGAAGTTGTACAGTGGTCCAACCACAGGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 GATGGAGTGGTTACGATCTGTGGACCTGGCAGAGTATGCACCCAATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173297 GATGGAGTGGTTACGATCTGTGGACCTGGCAGAGTATGCACCCAATCTTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 GAGGGAGTGGAGTCCATGGAGGCCTCATT         ATCCTGGAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 173347 GAGGGAGTGGAGTCCATGGAGGCCTCATTGTG...TAGATCCTGGAGCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2062 CGCTTCACTGGGGACACCCTGGCTATGCTTCTCAACATCCCCCCACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174078 CGCTTCACTGGGGACACCCTGGCTATGCTTCTCAACATCCCCCCACAAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 GACGCTCCTCAGGCGCCACCTGACCACCAAGTTCAATGCCTTGATTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174128 GACGCTCCTCAGGCGCCACCTGACCACCAAGTTCAATGCCTTGATTGGTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 CGGAGGCTGAACAGGAAAAGCGAGAGAAAATGGCCTCACCAGCTTACACA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 174178 CGGAGGCTGAACAGGAGAAGCGAGAGAAAATGGCCTCACCAGCTTACACA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 CCACTGACCACCACAGCCAAAGTCCGG         CCAAGGAAACTAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 174228 CCACTGACCACCACAGCCAAAGTCCGGGTG...TAGCCAAGGAAACTAGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 ATTTTCACACTTCGGAAACATAAGAAAAAAGAAGTTCGATGAATCGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175448 ATTTTCACACTTCGGAAACATAAGAAAAAAGAAGTTCGATGAATCGACGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2303 ACTACATTTGCCCAATGGAGCCCAGTGACGGTGTCAGTGATAGTCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175498 ACTACATTTGCCCAATGGAGCCCAGTGACGGTGTCAGTGATAGTCACAGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353 GTCTACAGTGGCTACCGGGGCCTCAGCCCCCTTGATGCCCCTGAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175548 GTCTACAGTGGCTACCGGGGCCTCAGCCCCCTTGATGCCCCTGAACTGGA

   2600     .    :    .    :    .
   2403 TGGGCTGGACCAGGTGGGACAGATTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 175598 TGGGCTGGACCAGGTGGGACAGATTAGC