seq1 = pF1KB1380.tfa, 2121 bp
seq2 = pF1KB1380/gi568815579f_44000799.tfa (gi568815579f:44000799_44208281), 207483 bp

>pF1KB1380 2121
>gi568815579f:44000799_44208281 (Chr19)

14-142  (100001-100129)   100% ->
143-235  (100335-100427)   100% ->
236-2121  (105598-107483)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGGAGGCAATGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGAGGCAATGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 CTGGGGCTGCTGGACCTTGCTCAGAGGAAGCTGTATCGAGATGTGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGGCTGCTGGACCTTGCTCAGAGGAAGCTGTATCGAGATGTGATGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 GGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGG         GACATCAAGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 GGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGTG...CAGGACATCAAGCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 TCCACAGGGATACTTTCCACTTCCTAAGGGAAGAAAAGATTTGGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 TCCACAGGGATACTTTCCACTTCCTAAGGGAAGAAAAGATTTGGATGATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 AAGACAGCAATCCAAAGGGAAGGGAATTCAG         GAGACAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100397 AAGACAGCAATCCAAAGGGAAGGGAATTCAGGTA...TAGGAGACAAGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246 CCAAACTGAGATGGAGACTGTTTCAGAAGCAGGAACACATCAAGAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105608 CCAAACTGAGATGGAGACTGTTTCAGAAGCAGGAACACATCAAGAGTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296 CCTTCCAGCAAATCTGGGAAAAAATTGCAAGTGATTTAACCAGGTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105658 CCTTCCAGCAAATCTGGGAAAAAATTGCAAGTGATTTAACCAGGTCTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 GACTTGATGATAAATAGCTCTCAGTTCTCCAAAGAAGGTGATTTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105708 GACTTGATGATAAATAGCTCTCAGTTCTCCAAAGAAGGTGATTTCCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    396 CCAGACTGAGGCAGGACTATCTGTAATTCACACAAGACAGAAATCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105758 CCAGACTGAGGCAGGACTATCTGTAATTCACACAAGACAGAAATCTTCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    446 AGGGCAATGGATATAAACCATCCTTCAGTGATGTCTCCCACTTTGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105808 AGGGCAATGGATATAAACCATCCTTCAGTGATGTCTCCCACTTTGATTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496 CATCAACAATTACACTCAGGAGAGAAATCTCATACGTGTGATGAGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105858 CATCAACAATTACACTCAGGAGAGAAATCTCATACGTGTGATGAGTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 AAAGAACTTTTGTTACATCTCAGCCCTTCGTATTCATCAGAGAGTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105908 AAAGAACTTTTGTTACATCTCAGCCCTTCGTATTCATCAGAGAGTCCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596 TGGGAGAGAAATGCTATAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTCAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105958 TGGGAGAGAAATGCTATAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTCAGTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646 AGTTCACATCTGCAAACTCATCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAAACCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106008 AGTTCACATCTGCAAACTCATCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAAACCGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696 CAAATGTGTGGAATGTGGGAAAGGCTTCAGTCGTAGATCAGCACTTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106058 CAAATGTGTGGAATGTGGGAAAGGCTTCAGTCGTAGATCAGCACTTAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    746 TTCATCATAAATTACACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106108 TTCATCATAAATTACACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796 GGGAAGGCCTTCATTCACGATTCCCAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106158 GGGAAGGCCTTCATTCACGATTCCCAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 TACGGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGAGCTTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106208 TACGGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGAGCTTCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 GTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACGGCAGAGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106258 GTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACGGCAGAGAAACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 TTCCGATGTGATACGTGTGATAAGAGCTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106308 TTCCGATGTGATACGTGTGATAAGAGCTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 TAGTCATCGCATGATCCACACAGGAGAGAAACCATACAAATGTGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106358 TAGTCATCGCATGATCCACACAGGAGAGAAACCATACAAATGTGAGGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1046 GTGGAAAAGGCTTTATTTGTAGGCGAGATCTTTATACGCATCATATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106408 GTGGAAAAGGCTTTATTTGTAGGCGAGATCTTTATACGCATCATATGGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096 CACACGGGAGAAAAGCCATATAATTGTAAAGAGTGTGGGAAGAGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106458 CACACGGGAGAAAAGCCATATAATTGTAAAGAGTGTGGGAAGAGCTTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1146 ATGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGCGAGTCCACAGTGGAGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106508 ATGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGCGAGTCCACAGTGGAGAAAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1196 CATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAAGGATTTTACACAAATTCACAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106558 CATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAAGGATTTTACACAAATTCACAATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1246 TATTCCCACCAGAGATCCCATAGTGGAGAAAAACCATACAAATGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106608 TATTCCCACCAGAGATCCCATAGTGGAGAAAAACCATACAAATGTGTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1296 GTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTGACTTTCACCAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106658 GTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTGACTTTCACCAGCGCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1346 TCCATACAGGAGAGAAACTGTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106708 TCCATACAGGAGAGAAACTGTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1396 AGTCGGGCCCCATGTCTTTTGAAACATGAGAGACTCCACAGTGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106758 AGTCGGGCCCCATGTCTTTTGAAACATGAGAGACTCCACAGTGGAGAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1446 ACCATTCCAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGATTTACTCAAAATTCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106808 ACCATTCCAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGATTTACTCAAAATTCACATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1496 TTCATTCCCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106858 TTCATTCCCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1546 AAGTGTGGAAAGGGCTACAATAGTAAGTTTAATCTTGATATGCACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106908 AAGTGTGGAAAGGGCTACAATAGTAAGTTTAATCTTGATATGCACCAGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1596 GGTCCACACAGGAGAGAGACCATACAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106958 GGTCCACACAGGAGAGAGACCATACAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1646 TTGGCTGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTGCACAGTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107008 TTGGCTGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTGCACAGTGGAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1696 AAACCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAAAGATTTACTCAGAATTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107058 AAACCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAAAGATTTACTCAGAATTCACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1746 GCTTCATTCTCATCAAAGAGTGCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107108 GCTTCATTCTCATCAAAGAGTGCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1796 ATGAGTGTGGGAAGGGCTTCAGCTGGTCCTCAACTCGTCTGACCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107158 ATGAGTGTGGGAAGGGCTTCAGCTGGTCCTCAACTCGTCTGACCCATCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1846 AGACGCCACAGCAGAGAAACACCTCTCAAATGTGAGCAGCATGGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107208 AGACGCCACAGCAGAGAAACACCTCTCAAATGTGAGCAGCATGGGAAGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1896 CATTGTACAGAATTCATTCTCTAAAGTGCAAGAAAAAGTTCACAGTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107258 CATTGTACAGAATTCATTCTCTAAAGTGCAAGAAAAAGTTCACAGTGTAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1946 AAAAGCCATACAAATGTGAGGACTGTGGGAAGGGCTACAACAGGCGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107308 AAAAGCCATACAAATGTGAGGACTGTGGGAAGGGCTACAACAGGCGCTTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1996 AATCTTGATATGCATCAGAGGGTCCACATGGGAGAGAAAACATGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107358 AATCTTGATATGCATCAGAGGGTCCACATGGGAGAGAAAACATGGAAGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2046 TAGGGAGTGTGATATGTGCTTTAGTCAGGCCTCAAGCCTTCGACTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107408 TAGGGAGTGTGATATGTGCTTTAGTCAGGCCTCAAGCCTTCGACTTCATC

   2100     .    :    .    :    .
   2096 AGAATGTTCATGTTGGAGAAAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||
 107458 AGAATGTTCATGTTGGAGAAAAACCT