seq1 = pF1KB0996.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KB0996/gi568815592f_25866523.tfa (gi568815592f:25866523_26083684), 217162 bp

>pF1KB0996 1395
>gi568815592f:25866523_26083684 (Chr6)

1-411  (100001-100411)   99% ->
412-507  (102803-102898)   100% ->
508-738  (105347-105577)   100% ->
739-761  (106532-106554)   100% ->
762-874  (106651-106763)   100% ->
875-1395  (116642-117162)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCAACCACCAGCACCAAGAAGATGATGGAGGAAGCCACCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCAACCACCAGCACCAAGAAGATGATGGAGGAAGCCACCTGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTGCCTGAGCCTGATGACGAACCCAGTAAGCATCAACTGTGGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTGCCTGAGCCTGATGACGAACCCAGTAAGCATCAACTGTGGACACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTACTGCCACTTGTGTATAACAGACTTCTTTAAAAACCCAAGCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTACTGCCACTTGTGTATAACAGACTTCTTTAAAAACCCAAGCCAAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAACTGAGGCAGGAGACATTCTGCTGTCCCCAGTGTCGGGCTCCATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAACTGAGGCAGGAGACATTCTGCTGTCCCCAGTGTCGGGCTCCATTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATGGATAGCCTCCGACCCAACAAGCAGCTGGGAAGCCTCATTGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATGGATAGCCTCCGACCCAACAAGCAGCTGGGAAGCCTCATTGAAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAAAGAGACGGATCAAGAAATGTCATGTGAGGAACACGGAGAGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAAAGAGACGGATCAAGAAATGTCATGTGAGGAACACGGAGAGCAGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACCTGTTCTGCGAAGATGAGGGGCAGCTCATCTGCTGGCGCTGTGAGCG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACCTGTTCTGCGAAGACGAGGGGCAGCTCATCTGCTGGCGCTGTGAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCACCACAGCACAAAGGGCACACCACAGCTCTTGTTGAAGACGTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCACCACAGCACAAAGGGCACACCACAGCTCTTGTTGAAGACGTATGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGGCTACAAG         GAAAAGCTCCAGAAAGCTGTGACAAAACTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGGCTACAAGGTG...CAGGAAAAGCTCCAGAAAGCTGTGACAAAACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGCAACTTGAAGACAGATGTACGGAGCAGAAGCTGTCCACAGCAATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102833 AAGCAACTTGAAGACAGATGTACGGAGCAGAAGCTGTCCACAGCAATGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AATAACTAAATGGAAA         GAGAAGGTACAGATTCAGAGACAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102883 AATAACTAAATGGAAAGTA...CAGGAGAAGGTACAGATTCAGAGACAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAATCCGGTCTGACTTTAAGAATCTCCAGTGTTTCCTACATGAGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105372 AAATCCGGTCTGACTTTAAGAATCTCCAGTGTTTCCTACATGAGGAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGTCTTATCTCTGGAGGCTGGAGAAAGAAGAACAACAGACTCTGAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105422 AAGTCTTATCTCTGGAGGCTGGAGAAAGAAGAACAACAGACTCTGAGTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACTGAGGGACTATGAGGCTGGTCTGGGGCTGAAGAGCAATGAACTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105472 ACTGAGGGACTATGAGGCTGGTCTGGGGCTGAAGAGCAATGAACTCAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCCACATCCTGGAACTGGAGGAAAAATGTCAGGGCTCAGCCCAGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105522 GCCACATCCTGGAACTGGAGGAAAAATGTCAGGGCTCAGCCCAGAAATTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGCAG         AATGTGAATGACACTTTGAGCAG         GAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105572 CTGCAGGTG...TAGAATGTGAATGACACTTTGAGCAGGTA...TAGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTGGGCTGTGAAGCTGGAAACATCAGAGGCTGTCTCCTTGGAACTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106654 TTGGGCTGTGAAGCTGGAAACATCAGAGGCTGTCTCCTTGGAACTTCATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTATGTGCAATGTTTCCAAGCTTTACTTCGATGTGAAGAAAATGTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106704 CTATGTGCAATGTTTCCAAGCTTTACTTCGATGTGAAGAAAATGTTAAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGTCATCAAG         TTAGTGTGACTCTGGATCCAGATACAGCTCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106754 AGTCATCAAGGTA...CAGTTAGTGTGACTCTGGATCCAGATACAGCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TCACGAACTAATTCTCTCTGAGGATCGGAGACAAGTGACTCGTGGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116673 TCACGAACTAATTCTCTCTGAGGATCGGAGACAAGTGACTCGTGGATACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCCAGGAGAATCAGGACACATCTTCCAGGAGATTTACTGCCTTCCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116723 CCCAGGAGAATCAGGACACATCTTCCAGGAGATTTACTGCCTTCCCCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTCTTGGGTTGTGAAGGCTTCACCTCAGGAAGACGTTACTTTGAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116773 GTCTTGGGTTGTGAAGGCTTCACCTCAGGAAGACGTTACTTTGAAGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGTTGGCGAAGGAACCGGATGGGATTTAGGAGTTTGTATGGAAAATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116823 TGTTGGCGAAGGAACCGGATGGGATTTAGGAGTTTGTATGGAAAATGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGAGGGGCACTGGCATGAAGCAAGAGCCTCAGTCTGGATTCTGGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116873 AGAGGGGCACTGGCATGAAGCAAGAGCCTCAGTCTGGATTCTGGACCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AGGCTGTGCAAAAAGAAAGGCTATGTAGCACTTACTTCTCCCCCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116923 AGGCTGTGCAAAAAGAAAGGCTATGTAGCACTTACTTCTCCCCCAACTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCTTCATCTGCATGAGCAGCCCCTGCTTGTGGGAATTTTTCTGGACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116973 CCTTCATCTGCATGAGCAGCCCCTGCTTGTGGGAATTTTTCTGGACTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AGGCCGGAGTTGTATCCTTTTATAACGGGAATACTGGCTGCCACATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117023 AGGCCGGAGTTGTATCCTTTTATAACGGGAATACTGGCTGCCACATCTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 ACTTTCCCGAAGGCTTCCTTCTCTGATACTCTCCGGCCCTATTTCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117073 ACTTTCCCGAAGGCTTCCTTCTCTGATACTCTCCGGCCCTATTTCCAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TTATCAATATTCTCCTTTGTTTCTGCCTCCCCCAGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117123 TTATCAATATTCTCCTTTGTTTCTGCCTCCCCCAGGTGAC