seq1 = pF1KB0956.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KB0956/gi568815596f_73114267.tfa (gi568815596f:73114267_73325943), 211677 bp

>pF1KB0956 1254
>gi568815596f:73114267_73325943 (Chr2)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-205  (104595-104703)   100% ->
206-345  (105785-105924)   100% ->
346-467  (106395-106516)   100% ->
468-537  (106899-106968)   100% ->
538-642  (107560-107664)   100% ->
643-705  (108489-108551)   100% ->
706-776  (108770-108840)   100% ->
777-883  (109160-109266)   100% ->
884-940  (109681-109737)   100% ->
941-1035  (110600-110694)   100% ->
1036-1106  (111365-111435)   100% ->
1107-1254  (111530-111677)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCTCCATGTGCGACGTGTTCTCCTTCTGCGTGGGCGTGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCTCCATGTGCGACGTGTTCTCCTTCTGCGTGGGCGTGGCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCGCGCGGGTCTCCGTGGAAGTCCGTTTCGTGAGCAGCGCCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 CCGCGCGCGGGTCTCCGTGGAAGTCCGTTTCGTGAGCAGCGCCAAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GGAAAGGGGCTGTTTGCCACACAGCTCATCCGGAAGGGGGAGACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGGGAAAGGGGCTGTTTGCCACACAGCTCATCCGGAAGGGGGAGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCTTCGTAGAACGGCCCCTGGTGGCTGCACAGTTTCTCTGGAATGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104640 ATCTTCGTAGAACGGCCCCTGGTGGCTGCACAGTTTCTCTGGAATGCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTATCGCTACCGAG         CCTGTGACCACTGCCTTAGGGCACTAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104690 TTATCGCTACCGAGGTG...CAGCCTGTGACCACTGCCTTAGGGCACTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAAGGCAGAGGAGAATGCCCAGAGGCTGACCGGGAAACCAGGCCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105812 AGAAGGCAGAGGAGAATGCCCAGAGGCTGACCGGGAAACCAGGCCAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCCTCACCCAGAGCTGTGCACTGTGCGCAAAGACCTCCACCAGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105862 CTGCCTCACCCAGAGCTGTGCACTGTGCGCAAAGACCTCCACCAGAACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCCCATTGCCAA         GTGATGTACTGCAGTGCAGAATGTCGGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105912 TCCCCATTGCCAAGTG...CAGGTGATGTACTGCAGTGCAGAATGTCGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGCAGCCACTGAGCAATACCACCAGGTCCTGTGCCCAGGCCCCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106423 TGGCAGCCACTGAGCAATACCACCAGGTCCTGTGCCCAGGCCCCTCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGACCCCTTGCATCCTCTCAATAAGCTTCAGGAGGCATGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106473 GATGACCCCTTGCATCCTCTCAATAAGCTTCAGGAGGCATGGAGGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468    GAGTATTCACTACCCACCTGAGACTGCAAGCATCATGTTGATGGCTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106896 CAGGAGTATTCACTACCCACCTGAGACTGCAAGCATCATGTTGATGGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGATGGTGGCCACAGTGAAGCAG         GCGAAGGACAAGGACCGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106946 GGATGGTGGCCACAGTGAAGCAGGTG...CAGGCGAAGGACAAGGACCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGGATCAGACTCTTTTCCCAGTTTTGTAACAAAACAGCCAATGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107578 TGGATCAGACTCTTTTCCCAGTTTTGTAACAAAACAGCCAATGAAGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAAATTGTCCATAAACTTCTGGGAGACAAATTCAAG         GGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107628 GGAAATTGTCCATAAACTTCTGGGAGACAAATTCAAGGTT...CAGGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACTGGAACTTCTGCGGAGACTCTTCACAGAGGCCCTCTATGAGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108493 AACTGGAACTTCTGCGGAGACTCTTCACAGAGGCCCTCTATGAGGAAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTCAGCCAG         TGGTTCACTCCAGATGGATTCCGGTCTCTCTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108543 GTCAGCCAGGTG...CAGTGGTTCACTCCAGATGGATTCCGGTCTCTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCTCTTGTTGGGACCAATGGCCAAGGAATCGGGACCAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108802 TGCTCTTGTTGGGACCAATGGCCAAGGAATCGGGACCAGGTT...CAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCCTAAGCCAGTGGGTCCATGCCTGTGACACTCTGGAGTTGAAGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109162 CCCTAAGCCAGTGGGTCCATGCCTGTGACACTCTGGAGTTGAAGCCTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GACCGTGAGCAGCTTGACGCCTTCATTGACCAGCTATACAAGGACATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109212 GACCGTGAGCAGCTTGACGCCTTCATTGACCAGCTATACAAGGACATCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGCAG         CAACTGGAGAGTTTCTTAACTGTGAAGGATCTGGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109262 GGCAGGTT...CAGCAACTGGAGAGTTTCTTAACTGTGAAGGATCTGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCTTTGTGCTTCAGAGCTGCT         GCAACCACAGTTGTGTGCCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109717 TCTTTGTGCTTCAGAGCTGCTGTG...CAGGCAACCACAGTTGTGTGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AATGCAGAGACCTCCTTTCCAGAAAACAACTTCCTTTTGCATGTCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110620 AATGCAGAGACCTCCTTTCCAGAAAACAACTTCCTTTTGCATGTCACTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TCTGGAGGATATTAAGCCAGGAGAG         GAAATTTGTATCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110670 TCTGGAGGATATTAAGCCAGGAGAGGTG...CAGGAAATTTGTATCAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACTTGGACTGCTGTCAGCGGGAGCGCAGCCGCCACAGCCGCCACAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111381 ACTTGGACTGCTGTCAGCGGGAGCGCAGCCGCCACAGCCGCCACAAGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTCAG         GGAGAACTATCTATTTGTCTGTTCCTGTCCCAAATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111431 CTCAGGTG...CAGGGAGAACTATCTATTTGTCTGTTCCTGTCCCAAATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCTGGCAGAGGCTGATGAACCCAATGTGACCTCAGAAGAGGAAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111566 CCTGGCAGAGGCTGATGAACCCAATGTGACCTCAGAAGAGGAAGAGGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGGAGGAGGAGGAGGAAGGAGAGCCAGAAGATGCAGAGCTGGGGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111616 AGGAGGAGGAGGAGGAAGGAGAGCCAGAAGATGCAGAGCTGGGGGATGAG

   1350     .    :
   1243 ATGACTGATGTG
        ||||||||||||
 111666 ATGACTGATGTG