seq1 = pF1KB0945.tfa, 510 bp
seq2 = pF1KB0945/gi568815596r_68080966.tfa (gi568815596r:68080966_68317132), 236167 bp

>pF1KB0945 510
>gi568815596r:68080966_68317132 (Chr2)

(complement)

1-43  (100000-100041)   97% ->
44-220  (128443-128619)   100% ->
221-280  (129819-129878)   100% ->
281-465  (130481-130665)   100% ->
466-510  (136123-136167)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAATGAGGCAAGTTATCCTTTGGAAATGTGCTCACACT       
        |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100000 A GGGAAATGAGGCAAGTTATCCTTTGGAAATGTGCTCACACTGTA...T

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   TTGATGCGGATGAAATTAAAAGGCTAGGAAAGAGATTTAAGAAGCTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128441 AGTTGATGCGGATGAAATTAAAAGGCTAGGAAAGAGATTTAAGAAGCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTGGACAATTCTGGTTCTTTGAGTGTGGAAGAGTTCATGTCTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128491 ATTTGGACAATTCTGGTTCTTTGAGTGTGGAAGAGTTCATGTCTCTGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTTACAACAGAATCCTTTAGTACAGCGAGTAATAGATATATTCGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128541 GAGTTACAACAGAATCCTTTAGTACAGCGAGTAATAGATATATTCGACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATGGGAATGGAGAAGTAGACTTTAAAG         AATTCATTGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 128591 AGATGGGAATGGAGAAGTAGACTTTAAAGGTA...CAGAATTCATTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCGTCTCTCAGTTCAGTGTCAAAGGAGATAAGGAGCAGAAATTGAGGT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 129831 GCGTCTCTCAGTTCAGTGTCAAAGGAGATAAGGAGCAGAAATTGAGGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281        TTGCTTTCCGTATCTATGACATGGATAAAGATGGCTATATTTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129881 A...TAGTTGCTTTCCGTATCTATGACATGGATAAAGATGGCTATATTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAATGGGGAACTCTTCCAGGTATTGAAGATGATGGTGGGGAACAATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130524 CAATGGGGAACTCTTCCAGGTATTGAAGATGATGGTGGGGAACAATCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGATACACAGTTACAGCAAATTGTAGACAAAACCATAATAAATGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130574 AAGATACACAGTTACAGCAAATTGTAGACAAAACCATAATAAATGCAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGATGGAGATGGAAGAATATCCTTTGAAGAATTCTGTGCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 130624 AAGGATGGAGATGGAAGAATATCCTTTGAAGAATTCTGTGCTGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    466  GTTGTAGGTGGCCTAGATATCCACAAAAAGATGGTGGTAGATGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136122 GGTTGTAGGTGGCCTAGATATCCACAAAAAGATGGTGGTAGATGTG