seq1 = pF1KB0940.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KB0940/gi568815596f_66337736.tfa (gi568815596f:66337736_66669105), 331370 bp

>pF1KB0940 1170
>gi568815596f:66337736_66669105 (Chr2)

6-239  (99998-100228)   98% ->
240-381  (102108-102249)   100% ->
382-432  (102827-102877)   100% ->
433-483  (103679-103729)   100% ->
484-630  (105167-105313)   100% ->
631-742  (126374-126485)   100% ->
743-888  (174414-174559)   100% ->
889-965  (210208-210284)   100% ->
966-1024  (229718-229776)   100% ->
1025-1114  (230932-231021)   100% ->
1115-1170  (231315-231370)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      6 GCAAAGGTACGACGATCTACCCCATTACGGGGGCATGGATGGAGTAGGCA
        ||--||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 GC  AG TACGACGATCTACCCCATTACGGGGGCATGGATGGAGTAGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 TCCCCTCCACGATGTATGGGGACCCGCATGCAGCCAGGTCCATGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 TCCCCTCCACGATGTATGGGGACCCGCATGCAGCCAGGTCCATGCAGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    106 GTCCACCACCTGAACCACGGGCCTCCTCTGCACTCGCATCAGTACCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100095 GTCCACCACCTGAACCACGGGCCTCCTCTGCACTCGCATCAGTACCCGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    156 CACAGCTCATACCAACGCCATGGCCCCCAGCATGGGCTCCTCTGTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100145 CACAGCTCATACCAACGCCATGGCCCCCAGCATGGGCTCCTCTGTCAATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    206 ACGCTTTAAAGAGAGATAAAGATGCCATTTATGG         ACACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100195 ACGCTTTAAAGAGAGATAAAGATGCCATTTATGGGTA...CAGACACCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247 CTCTTCCCTCTCTTAGCACTGATTTTTGAGAAATGTGAATTAGCTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102115 CTCTTCCCTCTCTTAGCACTGATTTTTGAGAAATGTGAATTAGCTACTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    297 TACCCCCCGCGAGCCGGGGGTGGCGGGCGGGGACGTCTGCTCGTCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102165 TACCCCCCGCGAGCCGGGGGTGGCGGGCGGGGACGTCTGCTCGTCAGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 CATTCAATGAAGATATAGCCGTGTTCGCCAAACAG         ATTCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102215 CATTCAATGAAGATATAGCCGTGTTCGCCAAACAGGTC...TAGATTCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 GCAGAAAAACCTCTATTTTCTTCTAATCCAGAACTGGATAACTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102833 GCAGAAAAACCTCTATTTTCTTCTAATCCAGAACTGGATAACTTGGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433     ATGATTCAAGCCATACAAGTATTAAGGTTTCATCTATTGGAATTAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102883 .CAGATGATTCAAGCCATACAAGTATTAAGGTTTCATCTATTGGAATTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479 AGAAG         GTACACGAATTATGTGACAATTTCTGCCACCGGTAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103725 AGAAGGTA...TAGGTACACGAATTATGTGACAATTTCTGCCACCGGTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520 ATTAGCTGTTTGAAAGGGAAAATGCCTATCGATTTGGTGATAGACGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105203 ATTAGCTGTTTGAAAGGGAAAATGCCTATCGATTTGGTGATAGACGATAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 AGAAGGAGGATCAAAATCAGACAGTGAAGATATAACAAGATCAGCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105253 AGAAGGAGGATCAAAATCAGACAGTGAAGATATAACAAGATCAGCAAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 TAACTGACCAG         CCCTCTTGGAACAGAGATCATGATGACACG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105303 TAACTGACCAGGTA...CAGCCCTCTTGGAACAGAGATCATGATGACACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 GCATCTACTCGTTCAGGAGGAACCCCAGGCCCTTCCAGCGGTGGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126404 GCATCTACTCGTTCAGGAGGAACCCCAGGCCCTTCCAGCGGTGGCCACAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 GTCACACAGTGGGGACAACAGCAGTGAGCAAG         GTGATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 126454 GTCACACAGTGGGGACAACAGCAGTGAGCAAGGTA...CAGGTGATGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 TGGACAACAGTGTAGCTTCCCCCAGCACAGGTGACGATGATGACCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174423 TGGACAACAGTGTAGCTTCCCCCAGCACAGGTGACGATGATGACCCTGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 AAGGACAAAAAGCGTCACAAAAAGCGTGGCATCTTTCCCAAAGTAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174473 AAGGACAAAAAGCGTCACAAAAAGCGTGGCATCTTTCCCAAAGTAGCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 AAATATCATGAGGGCGTGGCTGTTCCAGCATCTAACA         CACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 174523 AAATATCATGAGGGCGTGGCTGTTCCAGCATCTAACAGTA...CAGCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 CTTACCCTTCTGAAGAACAGAAAAAGCAGTTGGCACAAGACACGGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210212 CTTACCCTTCTGAAGAACAGAAAAAGCAGTTGGCACAAGACACGGGACTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 ACCATCCTTCAAGTGAACAATTG         GTTTATTAATGCCCGGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 210262 ACCATCCTTCAAGTGAACAATTGGTA...CAGGTTTATTAATGCCCGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 AAGAATAGTGCAGCCCATGATAGACCAGTCCAACCGAGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 229736 AAGAATAGTGCAGCCCATGATAGACCAGTCCAACCGAGCAGGCA...TAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1025 TAAGTCAAGGAACACCTTATAATCCTGATGGACAGCCCATGGGAGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230932 TAAGTCAAGGAACACCTTATAATCCTGATGGACAGCCCATGGGAGGTTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 GTAATGGACGGTCAGCAACATATGGGAATTAGAGCACCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 230982 GTAATGGACGGTCAGCAACATATGGGAATTAGAGCACCAGGTA...TAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1116 ACCTATGAGTGGAATGGGCATGAATATGGGCATGGAGGGGCAGTGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231316 ACCTATGAGTGGAATGGGCATGAATATGGGCATGGAGGGGCAGTGGCACT

   1250     .
   1166 ACATG
        |||||
 231366 ACATG