seq1 = pF1KB0922.tfa, 1035 bp
seq2 = pF1KB0922/gi568815582f_67561039.tfa (gi568815582f:67561039_67762644), 201606 bp

>pF1KB0922 1035
>gi568815582f:67561039_67762644 (Chr16)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-286  (100417-100639)   100% ->
287-1035  (100858-101606)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGCCGCAGAGGACTCCGGCGCGCAGTCCCGATAGCATCGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGGCCGCAGAGGACTCCGGCGCGCAGTCCCGATAGCATCGTCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGAAGAGCAAA         TTTGACGCCGAGTTCCGACGCTTCGCGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGAAGAGCAAAGTA...CAGTTTGACGCCGAGTTCCGACGCTTCGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCCTCGCGCTTCGGTGAGCGGCTTCCAGGAGTTCTCGCGGTTGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100445 TGCCTCGCGCTTCGGTGAGCGGCTTCCAGGAGTTCTCGCGGTTGCTGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGGTGCACCAGATCCCGGGCCTGGACGTGCTACTTGGCTATACGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100495 GCGGTGCACCAGATCCCGGGCCTGGACGTGCTACTTGGCTATACGGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCATGGCGACCTGCTGCCCCTCACCAACGACGACAGCCTGCACCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100545 TCATGGCGACCTGCTGCCCCTCACCAACGACGACAGCCTGCACCGGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGCCAGCGGGCCCCCGCCACTGCGCCTACTGGTGCAGAAGCGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100595 TGGCCAGCGGGCCCCCGCCACTGCGCCTACTGGTGCAGAAGCGGGGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     AAGCTGACTCCAGCGGCCTGGCTTTTGCCTCCAACTCTCTGCAGCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100645 .CAGAAGCTGACTCCAGCGGCCTGGCTTTTGCCTCCAACTCTCTGCAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCGCAAGAAAGGGCTCTTGCTGCGGCCAGTGGCACCCCTGCGCACCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100904 GCGCAAGAAAGGGCTCTTGCTGCGGCCAGTGGCACCCCTGCGCACCCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACCCTTGCTAATCAGCCTGCCCCAAGATTTCCGCCAGGTTTCCTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100954 CACCCTTGCTAATCAGCCTGCCCCAAGATTTCCGCCAGGTTTCCTCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATAGACGTGGACCTACTGCCTGAGACCCACCGACGGGTGCGGCTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101004 ATAGACGTGGACCTACTGCCTGAGACCCACCGACGGGTGCGGCTGCACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCATGGTTCAGACCGCCCCCTGGGCTTCTACATCCGAGATGGCATGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101054 GCATGGTTCAGACCGCCCCCTGGGCTTCTACATCCGAGATGGCATGAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCGTGTGGCTCCCCAGGGCCTGGAGCGGGTTCCAGGAATCTTCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101104 TGCGTGTGGCTCCCCAGGGCCTGGAGCGGGTTCCAGGAATCTTCATCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGCCTGGTACGTGGGGGTCTGGCTGAGAGTACAGGGCTGCTGGCGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101154 CGCCTGGTACGTGGGGGTCTGGCTGAGAGTACAGGGCTGCTGGCGGTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGATGAGATCCTCGAGGTCAATGGCATTGAAGTAGCCGGGAAGACCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101204 TGATGAGATCCTCGAGGTCAATGGCATTGAAGTAGCCGGGAAGACCTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACCAAGTGACGGACATGATGGTTGCCAACAGCCATAACCTCATTGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101254 ACCAAGTGACGGACATGATGGTTGCCAACAGCCATAACCTCATTGTCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTCAAGCCCGCCAACCAGCGCAATAACGTGGTGCGAGGGGCATCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101304 GTCAAGCCCGCCAACCAGCGCAATAACGTGGTGCGAGGGGCATCTGGGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTTGACAGGTCCTCCCTCTGCAGGGCCTGGGCCTGCTGAGCCTGATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101354 TTTGACAGGTCCTCCCTCTGCAGGGCCTGGGCCTGCTGAGCCTGATAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACGATGACAGCAGTGACCTGGTCATTGAGAACCGCCAGCCTCCCAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101404 ACGATGACAGCAGTGACCTGGTCATTGAGAACCGCCAGCCTCCCAGTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AATGGGCTGTCTCAGGGGCCCCCGTGCTGGGACCTGCACCCTGGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101454 AATGGGCTGTCTCAGGGGCCCCCGTGCTGGGACCTGCACCCTGGCTGCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ACATCCTGGTACCCGCAGCTCTCTGCCCTCCCTGGATGACCAGGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101504 ACATCCTGGTACCCGCAGCTCTCTGCCCTCCCTGGATGACCAGGAGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCAGTTCTGGCTGGGGGAGTCGCATTCGAGGAGATGGTAGTGGCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101554 CCAGTTCTGGCTGGGGGAGTCGCATTCGAGGAGATGGTAGTGGCTTCAGC

   1050 
   1033 CTC
        |||
 101604 CTC