seq1 = pF1KB0904.tfa, 897 bp
seq2 = pF1KB0904/gi568815586r_6866423.tfa (gi568815586r:6866423_7070543), 204121 bp

>pF1KB0904 897
>gi568815586r:6866423_7070543 (Chr12)

(complement)

1-127  (100001-100127)   100% ->
128-212  (100264-100348)   100% ->
213-292  (100967-101046)   100% ->
293-477  (101949-102133)   100% ->
478-607  (102523-102652)   100% ->
608-711  (102765-102868)   100% ->
712-789  (103296-103373)   100% ->
790-872  (104044-104129)   95% ->
873-897  (104832-104856)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGAACTTGAAGGACTTGGCGGGACGGCTGCCCGCCGGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAGAACTTGAAGGACTTGGCGGGACGGCTGCCCGCCGGGCCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCATGGGCACGGCCCTGAAGCTGTTGCTGGGGGCCGGCGCCGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCATGGGCACGGCCCTGAAGCTGTTGCTGGGGGCCGGCGCCGTGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGGTGTGCGCGAATCTGTGTTCACCG         TGGAAGGCGGGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 ACGGTGTGCGCGAATCTGTGTTCACCGGTG...CAGTGGAAGGCGGGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGCCATCTTCTTCAATCGGATCGGTGGAGTGCAGCAGGACACTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100278 AGAGCCATCTTCTTCAATCGGATCGGTGGAGTGCAGCAGGACACTATCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCGAGGGCCTTCACTTCAG         GATCCCTTGGTTCCAGTACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100328 GGCCGAGGGCCTTCACTTCAGGTA...CAGGATCCCTTGGTTCCAGTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATTATCTATGACATTCGGGCCAGACCTCGAAAAATCTCCTCCCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100987 CCATTATCTATGACATTCGGGCCAGACCTCGAAAAATCTCCTCCCCTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTCCAAAG         ACCTACAGATGGTGAATATCTCCCTGCGAGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101037 GGCTCCAAAGGTA...CAGACCTACAGATGGTGAATATCTCCCTGCGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTGTCTCGACCCAATGCTCAGGAGCTTCCTAGCATGTACCAGCGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101980 GTTGTCTCGACCCAATGCTCAGGAGCTTCCTAGCATGTACCAGCGCCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCTGGACTACGAGGAACGAGTGTTGCCGTCCATTGTCAACGAGGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102030 GGCTGGACTACGAGGAACGAGTGTTGCCGTCCATTGTCAACGAGGTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAGTGTGGTGGCCAAGTTCAATGCCTCACAGCTGATCACCCAGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102080 AAGAGTGTGGTGGCCAAGTTCAATGCCTCACAGCTGATCACCCAGCGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAG         GTATCCCTGTTGATCCGCCGGGAGCTGACAGAGAGGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102130 CCAGGTC...CAGGTATCCCTGTTGATCCGCCGGGAGCTGACAGAGAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAAGGACTTCAGCCTCATCCTGGATGATGTGGCCATCACAGAGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102560 CCAAGGACTTCAGCCTCATCCTGGATGATGTGGCCATCACAGAGCTGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTAGCCGAGAGTACACAGCTGCTGTAGAAGCCAAACAAGTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102610 TTTAGCCGAGAGTACACAGCTGCTGTAGAAGCCAAACAAGTGGGTG...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    608   CCCAGCAGGAGGCCCAGCGGGCCCAATTCTTGGTAGAAAAAGCAAAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102763 AGCCCAGCAGGAGGCCCAGCGGGCCCAATTCTTGGTAGAAAAAGCAAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGAACAGCGGCAGAAAATTGTGCAGGCCGAGGGTGAGGCCGAGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102813 AGGAACAGCGGCAGAAAATTGTGCAGGCCGAGGGTGAGGCCGAGGCTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGATG         CTTGGAGAAGCACTGAGCAAGAACCCTGGCTACAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102863 AAGATGATA...CACCTTGGAGAAGCACTGAGCAAGAACCCTGGCTACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAAACTTCGCAAGATTCGAGCAGCCCAGAATATCTCCAAGACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103331 CAAACTTCGCAAGATTCGAGCAGCCCAGAATATCTCCAAGACGGTG...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790   ATCGCCACATCACAGAATCGTATCTATCTCACAGCTGACAACCTTGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104042 AGATCGCCACATCACAGAATCGTATCTATCTCACAGCTGACAACCTTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGAACCTACAGGATGAAAGTTTCACCAGG G GA AG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||-|-||-| >>>...>>>|||
 104092 CTGAACCTACAGGATGAAAGTTTCACCAGGTGAGAGATGTG...CAGTGA

    950     .    :    .    :
    876 CAGCCTCATCAAGGGTAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||
 104835 CAGCCTCATCAAGGGTAAGAAA