seq1 = pF1KB0869.tfa, 3222 bp
seq2 = pF1KB0869/gi568815593r_8942900.tfa (gi568815593r:8942900_9479946), 537047 bp

>pF1KB0869 3222
>gi568815593r:8942900_9479946 (Chr5)

(complement)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-224  (142135-142234)   100% ->
225-270  (161530-161575)   100% ->
271-333  (242057-242119)   100% ->
334-432  (252980-253078)   100% ->
433-646  (255060-255273)   100% ->
647-932  (277707-277992)   100% ->
933-1068  (282644-282779)   100% ->
1069-1273  (289476-289680)   99% ->
1274-1481  (325252-325459)   100% ->
1482-1599  (343326-343443)   100% ->
1600-1781  (357110-357291)   99% ->
1782-1925  (360806-360949)   100% ->
1926-2073  (371660-371807)   99% ->
2074-2299  (413301-413526)   100% ->
2300-2518  (416842-417060)   100% ->
2519-2689  (425690-425860)   100% ->
2690-2845  (427919-428074)   100% ->
2846-2893  (429490-429537)   100% ->
2894-3105  (435363-435574)   100% ->
3106-3222  (436931-437047)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGGAACCTGTGTTATAGCATGGCTGTTCTCAAGCCTGGGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGGAACCTGTGTTATAGCATGGCTGTTCTCAAGCCTGGGGCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGACTCGCCCACCCAGAGGCCCAGGGTACGACTCAGTGCCAGAGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGACTCGCCCACCCAGAGGCCCAGGGTACGACTCAGTGCCAGAGAACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCATCCAGTCATCTCCTATAAAG         AAATTGGCCCCTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 AGCATCCAGTCATCTCCTATAAAGGTA...TAGAAATTGGCCCCTGGTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGGAGTTCAGAGCGAAGAATGCTGTGGATTTCTCGCAGTTAACATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142152 CGGGAGTTCAGAGCGAAGAATGCTGTGGATTTCTCGCAGTTAACATTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCAGGACAGAAAGAACTTGTTGTAGGAGCAAG         AAACTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 142202 CCCAGGACAGAAAGAACTTGTTGTAGGAGCAAGGTG...CAGAAACTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTTCAGGTTACAGCTTGAGGATCTGTCTCTTATCCAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 161538 TCTTCAGGTTACAGCTTGAGGATCTGTCTCTTATCCAGGTA...CAGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGGAATGGGAGTGTGATGAAGCTACCAAAAAGGCCTGTTACAGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242060 GTGGAATGGGAGTGTGATGAAGCTACCAAAAAGGCCTGTTACAGCAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAATCAAAG         GAGGAATGTCAGAACTACATCCGGGTGCTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 242110 CAAATCAAAGGTA...CAGGAGGAATGTCAGAACTACATCCGGGTGCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGTGGGTGGCGACCGGTTATTCACCTGTGGGACCAATGCATTCACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253011 TGGTGGGTGGCGACCGGTTATTCACCTGTGGGACCAATGCATTCACGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCTGCACCAACCGCTCG         TTGAGCAACCTGACTGAGATCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 253061 GTCTGCACCAACCGCTCGGTA...CAGTTGAGCAACCTGACTGAGATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGATCAGATCAGTGGCATGGCCCGCTGTCCCTACAGTCCCCAGCACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255083 TGATCAGATCAGTGGCATGGCCCGCTGTCCCTACAGTCCCCAGCACAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCACAGCGCTCCTCACAGCTGGTGGGGAGCTCTATGCTGCTACAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255133 CCACAGCGCTCCTCACAGCTGGTGGGGAGCTCTATGCTGCTACAGCCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATTTTCCAGGACGTGATCCTGCCATTTACCGAAGCCTAGGCATTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255183 GATTTTCCAGGACGTGATCCTGCCATTTACCGAAGCCTAGGCATTTTACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCCTCTCCGCACGGCGCAGTACAACTCCAAATGGCTCAATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 255233 TCCTCTCCGCACGGCGCAGTACAACTCCAAATGGCTCAATGGTA...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGCCAAACTTTGTGTCATCTTATGACATCGGAAATTTTACCTACTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277707 AGCCAAACTTTGTGTCATCTTATGACATCGGAAATTTTACCTACTTCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCCGAGAAAATGCAGTAGAGCATGACTGTGGGAAAACAGTGTTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277757 TTCCGAGAAAATGCAGTAGAGCATGACTGTGGGAAAACAGTGTTCTCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCTGCCCGGGTGTGCAAGAACGATATTGGTGGGCGCTTCCTGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277807 AGCTGCCCGGGTGTGCAAGAACGATATTGGTGGGCGCTTCCTGCTGGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACACCTGGACCACATTCATGAAGGCTCGCCTGAACTGCTCCCGTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277857 ACACCTGGACCACATTCATGAAGGCTCGCCTGAACTGCTCCCGTCCTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAGTCCCCTTTTACTACAACGAATTGCAGAGTACTTTCTTCCTGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277907 GAAGTCCCCTTTTACTACAACGAATTGCAGAGTACTTTCTTCCTGCCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCTGGATTTGATCTATGGCATCTTTACCACCAATGT         GAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 277957 GCTGGATTTGATCTATGGCATCTTTACCACCAATGTGTA...CAGGAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCATTGCGGCCTCAGCTGTGTGCGTCTTCAACCTGAGCGCCATCGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282649 GCATTGCGGCCTCAGCTGTGTGCGTCTTCAACCTGAGCGCCATCGCGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCTTCTCTGGGCCCTTCAAGTACCAAGAAAACTCGCGCTCGGCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282699 GCCTTCTCTGGGCCCTTCAAGTACCAAGAAAACTCGCGCTCGGCCTGGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACCGTATCCCAACCCAAACCCCCACTTCCAG         TGTGGCACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 282749 ACCGTATCCCAACCCAAACCCCCACTTCCAGGTA...CAGTGTGGCACCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGACCAGGGCCTGTACGTGAACCTGACCGAGAGAAATCTGCAGGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289486 TGGACCAGGGCCTGTACGTGAACCTGACCGAGAGAAATCTGCAGGATGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGAAGTTCATTCTGATGCATGAGGTGGTACAGCCAGTGACCACAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289536 CAGAAGTTCATTCTGATGCATGAGGTGGTACAGCCAGTGACCACAGTGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTCCTTCATGGAGGACAATAGCCGCTTTTCCCACGTGGCAGTCGACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289586 CTCCTTCATGGAGGACAATAGCCGCTTTTCCCACGTGGCAGTCGACGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGCAGGGCAGAGAAGCGCTTGTCCACATCATCTATTTGGCCACAG     
        ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>..
 289636 TGCAGGGCAGAGAAGCGCTCGTCCACATCATCTATTTGGCCACAGGTA..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274     ATTACGGAACCATTAAGAAAGTGCGGGTACCCCTGAATCAGACCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289686 .TAGATTACGGAACCATTAAGAAAGTGCGGGTACCCCTGAATCAGACCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AAGCAGCTGTTTGCTGGAAGAGATTGAGCTCTTCCCTGAGAGGCGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325298 AAGCAGCTGTTTGCTGGAAGAGATTGAGCTCTTCCCTGAGAGGCGGAGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGCCCATCAGGAGCCTGCAGATCCTGCACAGCCAGAGTGTCCTGTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325348 AGCCCATCAGGAGCCTGCAGATCCTGCACAGCCAGAGTGTCCTGTTCGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGCCTGCGGGAGCACGTGGTCAAGATCCCCCTGAAGAGGTGCCAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325398 GGCCTGCGGGAGCACGTGGTCAAGATCCCCCTGAAGAGGTGCCAGTTCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCGCACACGCAG         CACCTGCATTGGGGCCCAGGACCCTTACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 325448 CCGCACACGCAGGTA...CAGCACCTGCATTGGGGCCCAGGACCCTTACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GTGGCTGGGATGTGGTAATGAAGAAATGCACAAGCCTGGAGGAGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 343355 GTGGCTGGGATGTGGTAATGAAGAAATGCACAAGCCTGGAGGAGAGCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AGCATGACGCAGTGGGAACAGAGCATCTCTGCGTGTCCG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 343405 AGCATGACGCAGTGGGAACAGAGCATCTCTGCGTGTCCGGTG...TAGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CAGGAATCTCACCGTGGATGGACACTTTGGTGTGTGGTCTCCGTGGACGC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 357112 CAGGAATCTCACCGTGGATGGGCACTTTGGTGTGTGGTCTCCGTGGACGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CTTGCACGCACACAGATGGCAGCGCCGTGGGATCCTGCCTCTGTCGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357162 CTTGCACGCACACAGATGGCAGCGCCGTGGGATCCTGCCTCTGTCGAACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CGCTCCTGCGACAGCCCGGCCCCGCAGTGTGGTGGCTGGCAGTGCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357212 CGCTCCTGCGACAGCCCGGCCCCGCAGTGTGGTGGCTGGCAGTGCGAGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCCTGGCATGGAGATCGCCAACTGTTCCAG         GAACGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 357262 CCCTGGCATGGAGATCGCCAACTGTTCCAGGTG...CAGGAACGGAGGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GGACTCCCTGGACCTCGTGGTCTCCCTGCAGCACTACCTGTGGGATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 360817 GGACTCCCTGGACCTCGTGGTCTCCCTGCAGCACTACCTGTGGGATCGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TTCCAGGTGCGGCAGCGCTCCTGCAGCAACCCCACTCCCAGGCACGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 360867 TTCCAGGTGCGGCAGCGCTCCTGCAGCAACCCCACTCCCAGGCACGGGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CCGGGTGTGCGTGGGACAGAACCGCGAGGAAAG         ATACTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 360917 CCGGGTGTGCGTGGGACAGAACCGCGAGGAAAGGTA...CAGATACTGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 ATGAACATTTGCTATGTCCCCCACACATGTTCTGGACAGGCTGGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 371668 ATGAACATTTGCTATGTCCCCCACACATGTTCTGGACAGGCTGGGGTCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TGGGAACGATGCACAGCCCAATGCGGGGGTGGCATTCAAGCTCGCCGCAG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 371718 TGGGAACGGTGCACAGCCCAATGCGGGGGTGGCATTCAAGCTCGCCGCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GATCTGTGAGAATGGGCCTGACTGTGCAGGCTGCAATGTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 371768 GATCTGTGAGAATGGGCCTGACTGTGCAGGCTGCAATGTGGTG...CAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AGTACCAGTCTTGCAACACCAACCCGTGTCCTGAGCTGAAGAAGACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 413302 AGTACCAGTCTTGCAACACCAACCCGTGTCCTGAGCTGAAGAAGACCACG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CCCTGGACACCCTGGACACCTGTCAACATCTCTGACAACGGCGGCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 413352 CCCTGGACACCCTGGACACCTGTCAACATCTCTGACAACGGCGGCCACTA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TGAGCAACGATTCCGATACACATGCAAAGCCCGCCTGGCTGATCCGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 413402 TGAGCAACGATTCCGATACACATGCAAAGCCCGCCTGGCTGATCCGAATT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TGCTGGAAGTGGGAAGACAGAGAATCGAAATGCGGTACTGTTCTAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 413452 TGCTGGAAGTGGGAAGACAGAGAATCGAAATGCGGTACTGTTCTAGCGAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 GGCACCAGTGGCTGCTCCACAGATG         GGCTTTCTGGGGATTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 413502 GGCACCAGTGGCTGCTCCACAGATGGTG...CAGGGCTTTCTGGGGATTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CCTGCGTGCTGGGAGATACTCTGCCCACACGGTCAACGGGGCTTGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416858 CCTGCGTGCTGGGAGATACTCTGCCCACACGGTCAACGGGGCTTGGTCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 CCTGGACGTCGTGGTCACAGTGCAGCCGTGACTGCAGCAGGGGCATTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416908 CCTGGACGTCGTGGTCACAGTGCAGCCGTGACTGCAGCAGGGGCATTCGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 AACCGGAAGCGTGTTTGCAACAACCCCGAACCCAAGTATGGGGGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416958 AACCGGAAGCGTGTTTGCAACAACCCCGAACCCAAGTATGGGGGAATGCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 TTGCCTTGGCCCATCTCTGGAATACCAGGAATGCAACATTTTGCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417008 TTGCCTTGGCCCATCTCTGGAATACCAGGAATGCAACATTTTGCCCTGCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 CAG         TGGATGGCGTGTGGTCTTGCTGGTCCCCCTGGACAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417058 CAGGTA...CAGTGGATGGCGTGTGGTCTTGCTGGTCCCCCTGGACAAAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 TGTTCAGCAACATGCGGCGGTGGACACTATATGAGGACCCGCTCTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 425728 TGTTCAGCAACATGCGGCGGTGGACACTATATGAGGACCCGCTCTTGCTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 CAATCCAGCCCCGGCCTATGGAGGGGACATCTGCCTGGGGCTGCACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 425778 CAATCCAGCCCCGGCCTATGGAGGGGACATCTGCCTGGGGCTGCACACAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 AAGAGGCACTCTGCAACACGCAGCCCTGCCCAG         AGAGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 425828 AAGAGGCACTCTGCAACACGCAGCCCTGCCCAGGTA...CAGAGAGCTGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 TCGGAGTGGTCGGACTGGTCTGAGTGTGAAGCCTCTGGCGTCCAAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 427927 TCGGAGTGGTCGGACTGGTCTGAGTGTGAAGCCTCTGGCGTCCAAGTCCG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 CGCCCGCCAGTGCATCCTCCTGTTCCCCATGGGCAGCCAGTGCTCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 427977 CGCCCGCCAGTGCATCCTCCTGTTCCCCATGGGCAGCCAGTGCTCCGGGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 ACACCACGGAGAGCCGGCCGTGTGTGTTTGACTCTAATTTCATCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 428027 ACACCACGGAGAGCCGGCCGTGTGTGTTTGACTCTAATTTCATCCCAGGT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2846        AAGTATCTGTGGCAAGATCCAGTAGCGTAGAAGAGAAAAGGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 428077 A...CAGAAGTATCTGTGGCAAGATCCAGTAGCGTAGAAGAGAAAAGGTG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 TGGAG         AGTTCAACATGTTCCACATGATCGCCGTGGGGCTGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 429533 TGGAGGTA...TAGAGTTCAACATGTTCCACATGATCGCCGTGGGGCTGA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2930 GCAGCTCCATCCTCGGCTGCCTCCTCACCCTGCTCGTCTATACTTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 435399 GCAGCTCCATCCTCGGCTGCCTCCTCACCCTGCTCGTCTATACTTACTGC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2980 CAGCGGTACCAGCAGCAATCCCACGATGCGACTGTCATCCACCCCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 435449 CAGCGGTACCAGCAGCAATCCCACGATGCGACTGTCATCCACCCCGTCTC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3030 ACCTGCCCCCCTTAATACCAGCATAACCAACCACATCAACAAACTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 435499 ACCTGCCCCCCTTAATACCAGCATAACCAACCACATCAACAAACTGGACA

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3080 AGTACGACTCGGTGGAGGCCATCAAG         GCATTTAACAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 435549 AGTACGACTCGGTGGAGGCCATCAAGGTA...CAGGCATTTAACAAAAAC

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3121 AACTTGATCCTAGAGGAAAGAAACAAATACTTCAACCCACATCTCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 436946 AACTTGATCCTAGAGGAAAGAAACAAATACTTCAACCCACATCTCACTGG

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3171 GAAGACCTATTCTAATGCCTACTTTACAGATCTCAATAATTATGATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 436996 GAAGACCTATTCTAATGCCTACTTTACAGATCTCAATAATTATGATGAGT

   3400 
   3221 AC
        ||
 437046 AC