seq1 = pF1KB0668.tfa, 3000 bp
seq2 = pF1KB0668/gi568815588f_119792783.tfa (gi568815588f:119792783_120033764), 240982 bp

>pF1KB0668 3000
>gi568815588f:119792783_120033764 (Chr10)

1-163  (100001-100163)   100% ->
164-696  (105645-106177)   100% ->
697-907  (110017-110227)   100% ->
908-1101  (111302-111495)   100% ->
1102-1191  (116259-116348)   100% ->
1192-1312  (119262-119382)   100% ->
1313-1402  (121948-122037)   100% ->
1403-1544  (122966-123107)   100% ->
1545-1753  (125054-125262)   100% ->
1754-1872  (125611-125729)   100% ->
1873-2025  (126662-126814)   99% ->
2026-2121  (128107-128202)   100% ->
2122-2313  (133254-133445)   100% ->
2314-2469  (136825-136980)   100% ->
2470-2572  (137547-137649)   100% ->
2573-2758  (139351-139536)   100% ->
2759-2921  (140223-140385)   100% ->
2922-3000  (140904-140982)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGAGAAAACCTAACGGTGGCAGCGGCGGCGCCTCCACTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGAGAAAACCTAACGGTGGCAGCGGCGGCGCCTCCACTTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCGGGCACTAACTTACTTTTCTCCTCCTCGGCCACGGAGTTCAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCGGGCACTAACTTACTTTTCTCCTCCTCGGCCACGGAGTTCAGCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTGCCCTTCATCCCAGTCACCCAGGCCTCCGCTTCTCCGGCCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGTGCCCTTCATCCCAGTCACCCAGGCCTCCGCTTCTCCGGCCTCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCTTACCGGGAG         AGGATTCCACAGATGTTGGTGAGGAGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCTTACCGGGAGGTA...CAGAGGATTCCACAGATGTTGGTGAGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCTTCCTTGGTCAGACTTCTATTCACACATCTGCCCCACAGACATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105673 CAGCTTCCTTGGTCAGACTTCTATTCACACATCTGCCCCACAGACATTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTTACTTCTCTCAGGTATCAAGCAGCAGTGATCCTTTTGGGAATATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105723 GTTACTTCTCTCAGGTATCAAGCAGCAGTGATCCTTTTGGGAATATTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGTCACCATTAACAACTGCAGCAACCTCAGTTGGACAATCAGGATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105773 CAGTCACCATTAACAACTGCAGCAACCTCAGTTGGACAATCAGGATTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGCCCCTGACTGCTCTCCCTTTTACAACTGGATCCCAAGATGTCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105823 CAAGCCCCTGACTGCTCTCCCTTTTACAACTGGATCCCAAGATGTCTCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGCATTTTCACCATCCATTTCGAAGGCTCAACCTGGTGCTCCACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105873 ATGCATTTTCACCATCCATTTCGAAGGCTCAACCTGGTGCTCCACCTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCACTGATGGGAATAAATTCTTATCTGCCTTCTCAGCCAAGTAGTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105923 TCACTGATGGGAATAAATTCTTATCTGCCTTCTCAGCCAAGTAGTCTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCCTTCATATTTTGGGAACCAACCCCAAGGAATTCCCCAACCAGGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105973 TCCTTCATATTTTGGGAACCAACCCCAAGGAATTCCCCAACCAGGATACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATCCATATCGCCATACCCCTGGCAGCAGCAGGGCTAATCCTTACATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106023 ATCCATATCGCCATACCCCTGGCAGCAGCAGGGCTAATCCTTACATTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCACCCCAGCTGCAGCAGTGCCAAACACCAGGCCCTCCTGCTCATCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106073 CCACCCCAGCTGCAGCAGTGCCAAACACCAGGCCCTCCTGCTCATCCTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACCTTCTGGACCCCCTGTTCAGATGTACCAGATGCCTCCAGGATCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106123 ACCTTCTGGACCCCCTGTTCAGATGTACCAGATGCCTCCAGGATCTTTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CACCG         GTTCCTTCTTCAGTGCAGTCACCGGCACAGCAGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106173 CACCGGTA...CAGGTTCCTTCTTCAGTGCAGTCACCGGCACAGCAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTACCTGCCAGACCTGGGGCTCCCTCTGTTCAAGTGCCATCTCCTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110053 GTACCTGCCAGACCTGGGGCTCCCTCTGTTCAAGTGCCATCTCCTTTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ACTTCAAAACCAATATGAGCCTGTTCAGCCCCACTGGTTTTACTGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110103 ACTTCAAAACCAATATGAGCCTGTTCAGCCCCACTGGTTTTACTGCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGGTAGAATACAAACAACTGTGGATGCCTTTTAGTGTGTTCGACTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110153 AGGTAGAATACAAACAACTGTGGATGCCTTTTAGTGTGTTCGACTCTTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AATCTTGAAGAAATCTATAATTCAG         TTCAGCCAGATCCGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110203 AATCTTGAAGAAATCTATAATTCAGGTA...TAGTTCAGCCAGATCCGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GAGCGTGGTTCTTGGCACGGATGGAGGGCGCTACGATGTTTACCTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111318 GAGCGTGGTTCTTGGCACGGATGGAGGGCGCTACGATGTTTACCTCTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACCGAATAAGGAAGGCTGCCTACTGGGAAGAGGAGCCAGCCGAAGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111368 ACCGAATAAGGAAGGCTGCCTACTGGGAAGAGGAGCCAGCCGAAGTGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGCTGTACTTGGTTTTACAAGGGGGACACAGATAGTCGATTTATTCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111418 CGCTGTACTTGGTTTTACAAGGGGGACACAGATAGTCGATTTATTCCCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TACTGAGGAGTTCAGTGAAAAACTAGAG         GCTGAATATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111468 TACTGAGGAGTTCAGTGAAAAACTAGAGGTA...TAGGCTGAATATAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AAGCTGTAACCACTAATCAGTGGCACCGAAGATTAGAGTTTCCAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116272 AAGCTGTAACCACTAATCAGTGGCACCGAAGATTAGAGTTTCCAAGTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GAGACAATTGTTATGCACAATCCAAAG         GTTATTGTTCAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116322 GAGACAATTGTTATGCACAATCCAAAGGTA...AAGGTTATTGTTCAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCAGCCCTCCTCAGTGCCAGATGAATGGGGCACCACGCAAGATGGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119276 CCAGCCCTCCTCAGTGCCAGATGAATGGGGCACCACGCAAGATGGACAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CAAGGCCCAGGGTTGTAAAGCGTGGAATTGATGATAACCTTGATGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119326 CAAGGCCCAGGGTTGTAAAGCGTGGAATTGATGATAACCTTGATGAAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CCCGACG         GGGAGATGCCTCAAGTTGACCATTTGGTGTTTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119376 CCCGACGGTG...TAGGGGAGATGCCTCAAGTTGACCATTTGGTGTTTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GGTGCATGGCATTGGACCTGTGTGTGACTTACGCTTTAGGAGCATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121982 GGTGCATGGCATTGGACCTGTGTGTGACTTACGCTTTAGGAGCATTATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGTGTG         TGGATGATTTTAGGGTGGTTTCTCTCAAATTGCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122032 AGTGTGGTA...AAGTGGATGATTTTAGGGTGGTTTCTCTCAAATTGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CGGACACATTTCAAGAAATCTTTAGATGACGGGAAAGTAAGCAGAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123001 CGGACACATTTCAAGAAATCTTTAGATGACGGGAAAGTAAGCAGAGTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GTTCCTTCCAGTTCATTGGCATAGTTCTTTGGGTGGGGACGCCACAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123051 GTTCCTTCCAGTTCATTGGCATAGTTCTTTGGGTGGGGACGCCACAGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TGGACAG         GAATATTAAGAAAATCACTTTGCCAAGTATTGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123101 TGGACAGGTT...CAGGAATATTAAGAAAATCACTTTGCCAAGTATTGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CGATTTCGTCACTTTACCAATGAAACTTTGCTAGATATTTTATTTTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125088 CGATTTCGTCACTTTACCAATGAAACTTTGCTAGATATTTTATTTTATAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CAGCCCCACCTACTGTCAGACAATTGTGGAAAAAGTAGGAATGGAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125138 CAGCCCCACCTACTGTCAGACAATTGTGGAAAAAGTAGGAATGGAGATAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 ACCATCTGCATGCACTCTTTATGAGTCGGAACCCAGACTTCAAAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125188 ACCATCTGCATGCACTCTTTATGAGTCGGAACCCAGACTTCAAAGGAGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GTCTCTGTTGCTGGTCACAGTTTAG         GTTCTTTAATATTGTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 125238 GTCTCTGTTGCTGGTCACAGTTTAGGTA...TAGGTTCTTTAATATTGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TGACATCCTGTCTAATCAAAAAGATTTGAATTTATCAAAGTGCCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125627 TGACATCCTGTCTAATCAAAAAGATTTGAATTTATCAAAGTGCCCTGGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CTCTTGCTGTTGCTAATGGAGTTGTGAAGCAGCTACATTTTCAGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125677 CTCTTGCTGTTGCTAATGGAGTTGTGAAGCAGCTACATTTTCAGGAAAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CAG         ATGCCTGAAGAGCCAAAGCTGACTTTGGATGAGTCGTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125727 CAGGTA...AAGATGCCTGAAGAGCCAAAGCTGACTTTGGATGAGTCGTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TGACCTTGTTGTTGAAAATGAAGAAGTCCTAACTTTGCAAGAAACTCTGG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 126700 TGACCTTGTTGTTGAAAATAAAGAAGTCCTAACTTTGCAAGAAACTCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 AAGCACTTAGCCTCTCTGAATATTTTAGCACTTTTGAAAAGGAAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126750 AAGCACTTAGCCTCTCTGAATATTTTAGCACTTTTGAAAAGGAAAAGATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GATATGGAGTCCCTG         CTTATGTGTACAGTTGATGACCTGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 126800 GATATGGAGTCCCTGGTA...AAGCTTATGTGTACAGTTGATGACCTGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GGAAATGGGGATACCCCTTGGACCCAGAAAGAAGATAGCTAACTTTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128133 GGAAATGGGGATACCCCTTGGACCCAGAAAGAAGATAGCTAACTTTGTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 AACATAAAGCAGCCAAACTG         AAAAAAGCAGCGTCAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128183 AACATAAAGCAGCCAAACTGGTA...CAGAAAAAAGCAGCGTCAGAAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 AAGGCAGTGGCGGCCACTTCTACAAAAGGACAAGAGCAAAGTGCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133275 AAGGCAGTGGCGGCCACTTCTACAAAAGGACAAGAGCAAAGTGCCCAGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 GACTAAAGACATGGCTTCCCTCCCCTCAGAATCCAATGAGCCAAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133325 GACTAAAGACATGGCTTCCCTCCCCTCAGAATCCAATGAGCCAAAGAGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AACTTCCAGTTGGTGCTTGCGTGTCTTCTGTGTGTGTGAATTATGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133375 AACTTCCAGTTGGTGCTTGCGTGTCTTCTGTGTGTGTGAATTATGAATCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 TTTGAAGTTGGCGCCGGACAG         GTTTCTGTTGCTTACAACTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 133425 TTTGAAGTTGGCGCCGGACAGGTG...CAGGTTTCTGTTGCTTACAACTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 ATTAGATTTTGAACCAGAGATATTCTTTGCCTTGGGGTCTCCAATTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136845 ATTAGATTTTGAACCAGAGATATTCTTTGCCTTGGGGTCTCCAATTGCTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 TGTTTCTCACTATTCGAGGAGTTGATAGGATAGATGAGAATTACAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136895 TGTTTCTCACTATTCGAGGAGTTGATAGGATAGATGAGAATTACAGCCTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 CCTACCTGTAAAGGGTTCTTCAATATTTATCATCCG         CTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136945 CCTACCTGTAAAGGGTTCTTCAATATTTATCATCCGGTG...TAGCTTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 TCCAGTGGCATATAGATTAGAACCTATGATTGTTCCAGATTTGGACCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137552 TCCAGTGGCATATAGATTAGAACCTATGATTGTTCCAGATTTGGACCTAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 AAGCTGTTCTCATTCCACATCACAAAGGCAGAAAAAGACTTCATTTAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 137602 AAGCTGTTCTCATTCCACATCACAAAGGCAGAAAAAGACTTCATTTAGGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2573        AATTGAAAGAGAGTCTCTCTCGTATGGGATCTGATTTGAAGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137652 A...TAGAATTGAAAGAGAGTCTCTCTCGTATGGGATCTGATTTGAAGCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 GGGTTTTATTAGCTCTCTCAAAAGTGCTTGGCAGACATTAAATGAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139394 GGGTTTTATTAGCTCTCTCAAAAGTGCTTGGCAGACATTAAATGAGTTTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 CCCGTGCTCATACGTCTTCAACCCAGTTGCAAGAAGAATTGGAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139444 CCCGTGCTCATACGTCTTCAACCCAGTTGCAAGAAGAATTGGAGAAGGTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 GCCAATCAGATCAAAGAAGAAGAAGAAAAGCAAGTAGTTGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 139494 GCCAATCAGATCAAAGAAGAAGAAGAAAAGCAAGTAGTTGAAGGTA...T

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2759   CAGAAAAGGTTGTTGAAAGTCCAGATTTTTCCAAGGATGAGGACTACT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140221 AGCAGAAAAGGTTGTTGAAAGTCCAGATTTTTCCAAGGATGAGGACTACT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2807 TAGGAAAGGTTGGAATGTTAAATGGAGGCCGCCGAATTGACTACGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140271 TAGGAAAGGTTGGAATGTTAAATGGAGGCCGCCGAATTGACTACGTTCTC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2857 CAAGAAAAACCAATAGAGAGTTTTAATGAATACCTTTTCGCTCTTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140321 CAAGAAAAACCAATAGAGAGTTTTAATGAATACCTTTTCGCTCTTCAGAG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2907 TCACTTATGCTATTG         GGAATCTGAAGATACTGCTCTGTTAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 140371 TCACTTATGCTATTGGTA...TAGGGAATCTGAAGATACTGCTCTGTTAC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2948 TACTTAAAGAAATTTATCGAACAATGAACATTAGTCCAGAACAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140930 TACTTAAAGAAATTTATCGAACAATGAACATTAGTCCAGAACAGCCCCAG

   3150 
   2998 CAT
        |||
 140980 CAT