seq1 = pF1KB0479.tfa, 1554 bp
seq2 = pF1KB0479/gi568815592r_40928376.tfa (gi568815592r:40928376_41135074), 206699 bp

>pF1KB0479 1554
>gi568815592r:40928376_41135074 (Chr6)

(complement)

1-385  (100001-100385)   100% ->
386-686  (100894-101194)   100% ->
687-949  (101929-102191)   100% ->
950-1051  (102938-103039)   100% ->
1052-1119  (103327-103394)   100% ->
1120-1220  (104320-104420)   100% ->
1221-1334  (104574-104687)   99% ->
1335-1554  (106480-106699)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCCCCCAGGAGAGTTCATTCCAACCCTCCCAGTTCCTACTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCCCCCAGGAGAGTTCATTCCAACCCTCCCAGTTCCTACTGCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGTCCCAGTGGCAAGTGTCCTCCTTCTGGCCCAATGCCTTCGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGTCCCAGTGGCAAGTGTCCTCCTTCTGGCCCAATGCCTTCGATGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTGCCCTAGAAGGCTGCTGGGGGCCTGCTGGACACTGAATGGTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTGCCCTAGAAGGCTGCTGGGGGCCTGCTGGACACTGAATGGTCAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAACCAGTGTCCCAGCCTACCCCCCAACTAGAAAATGAGGTCTCAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAACCAGTGTCCCAGCCTACCCCCCAACTAGAAAATGAGGTCTCAAGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCACCTGCCAGCCACACTGCCAGAGATGGTTGCCTTCTACCAGGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCACCTGCCAGCCACACTGCCAGAGATGGTTGCCTTCTACCAGGAGCTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACACACCCACTCAAGGCCAGACCATGGTCCGCCAGTTGATGCACAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACACACCCACTCAAGGCCAGACCATGGTCCGCCAGTTGATGCACAAACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGGTGTTTTCGGCTCGAGAGGTGGATCACCGCGGCGGTTGCCTGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGGTGTTTTCGGCTCGAGAGGTGGATCACCGCGGCGGTTGCCTGATGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCAGGATACAGGCATCTCCTTGCTCATCCCACCAG         GTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100351 CCAGGATACAGGCATCTCCTTGCTCATCCCACCAGGTA...CAGGTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCTGTGGGCCGCCAGGAGCGGGTGTCTTTGATCCTGGTGTGGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100900 TGGCTGTGGGCCGCCAGGAGCGGGTGTCTTTGATCCTGGTGTGGGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCGGACGCCCCATCGCTGTCCCAAGCCCAGGGGCTGGTAAGCCCTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100950 TCGGACGCCCCATCGCTGTCCCAAGCCCAGGGGCTGGTAAGCCCTGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCATGTGGCCCCCATGGGGCCTCCTTCCTGAAGCCTTGCACTCTCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101000 GGCATGTGGCCCCCATGGGGCCTCCTTCCTGAAGCCTTGCACTCTCACGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCAAACACTGTGCCGAGCAGCCCAGCCATGCTCGCACCTACAGCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101050 TCAAACACTGTGCCGAGCAGCCCAGCCATGCTCGCACCTACAGCAGCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACTACCCTGCTGGATGCCAAGGTATGGAGGCCCCTGGGGCGGCCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101100 ACTACCCTGCTGGATGCCAAGGTATGGAGGCCCCTGGGGCGGCCGGGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCACGCCTCCCGGGATGAGTGTCGCATCCACCTCTCCCACTTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101150 CCACGCCTCCCGGGATGAGTGTCGCATCCACCTCTCCCACTTCAGGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    687     CCTCTACACCTGTGTGCTGGAGGCACCTGTGGGGCGCGAAGCCCGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101200 .CAGCCTCTACACCTGTGTGCTGGAGGCACCTGTGGGGCGCGAAGCCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAATGGCTGCAGCTGGCCGTATTCTGCTCACCGCTGGTGCCAGGACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101975 AAATGGCTGCAGCTGGCCGTATTCTGCTCACCGCTGGTGCCAGGACAGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCATCTGCAACTGCGTATCTACTTCCTCAACAACACGCCCTGCGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102025 CCATCTGCAACTGCGTATCTACTTCCTCAACAACACGCCCTGCGCCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGTGGGCACTGACCAACGAGCAGCCCCATGGTGGGCGCCTGCGTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102075 AGTGGGCACTGACCAACGAGCAGCCCCATGGTGGGCGCCTGCGTGGGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TGCCAGCTCTTCGACTTCAATGGGGCTAGGGGCGACCAGTGCCTGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102125 TGCCAGCTCTTCGACTTCAATGGGGCTAGGGGCGACCAGTGCCTGAAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CACGTACATCTCAGAGG         GTTGGGAGAATGTGGATGACAGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102175 CACGTACATCTCAGAGGGTG...CAGGTTGGGAGAATGTGGATGACAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTTGCCAGCTGGTTCCCCATCTCCACATCTGGCATGGAAAGTGCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102962 GTTGCCAGCTGGTTCCCCATCTCCACATCTGGCATGGAAAGTGCCCCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGCTCCTTCTGCTTCCGGAGAAAAGCAG         CCGATGAGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103012 CGCTCCTTCTGCTTCCGGAGAAAAGCAGGTA...TAGCCGATGAGAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGACTGTTCAGCACTAACCAATGAGATCATTGTCACCATGCACACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103340 GGACTGTTCAGCACTAACCAATGAGATCATTGTCACCATGCACACCTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGGAT         GGCTTGGAGACCAAGTATATGGAAATCCTCAGATTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103390 AGGATGTG...CAGGGCTTGGAGACCAAGTATATGGAAATCCTCAGATTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CAGGCATCAGAGGAGGAATCCTGGGCAGCGCCACCACCTGTTTCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104356 CAGGCATCAGAGGAGGAATCCTGGGCAGCGCCACCACCTGTTTCCCAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCCCCCATGCAATAG         GCTGCCCCCAGAGCTCTTTGAGCAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104406 GCCCCCATGCAATAGGTG...AAGGCTGCCCCCAGAGCTCTTTGAGCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGCGGATGTTATTGGAGCCAAACAGCATCACCGGCAATGACTGGCGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 104600 TGCGGATGTTATTGGAGCCAAACAGCATCACCGGCAATGACTGGCGCAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CTGGCCTCCCACCTGGGGCTTTGCGGCATGAAGATCCG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104650 CTGGCCTCCCACCTGGGGCTTTGCGGCATGAAGATCCGGTA...CAGGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CCTGTCCTGCCAGCGCAGCCCCGCAGCGGCCATCCTGGAGTTGTTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106483 CCTGTCCTGCCAGCGCAGCCCCGCAGCGGCCATCCTGGAGTTGTTTGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGCAGAACGGCAGCCTGCAGGAGCTGCACTACCTCATGACCGTCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106533 AGCAGAACGGCAGCCTGCAGGAGCTGCACTACCTCATGACCGTCATGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CGGCTAGACTGCGCCTCCGCCATCCAGAACTACCTGAGTGGGACACACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106583 CGGCTAGACTGCGCCTCCGCCATCCAGAACTACCTGAGTGGGACACACGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CGGCAGCCCAGGCCCCGAGCGCGGGGGCGCCCGGGATAACCAGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106633 CGGCAGCCCAGGCCCCGAGCGCGGGGGCGCCCGGGATAACCAGGGCCTGG

   1600     .    :    .
   1538 AGCTGGACGAGAAGCTC
        |||||||||||||||||
 106683 AGCTGGACGAGAAGCTC