seq1 = pF1KB0469.tfa, 1545 bp
seq2 = pF1KB0469/gi568815586f_49985370.tfa (gi568815586f:49985370_50198997), 213628 bp

>pF1KB0469 1545
>gi568815586f:49985370_50198997 (Chr12)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-365  (100792-100979)   100% ->
366-408  (101252-101294)   100% ->
409-531  (101387-101509)   100% ->
532-654  (101994-102116)   100% ->
655-771  (103152-103268)   100% ->
772-873  (104515-104616)   100% ->
874-1035  (104872-105033)   100% ->
1036-1133  (105124-105221)   100% ->
1134-1269  (109068-109203)   100% ->
1270-1392  (111481-111603)   100% ->
1393-1494  (113345-113446)   100% ->
1495-1545  (113578-113628)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCCGGGCGGGTTTCCAGTCTGTGGCTCCAAGCGGCGGCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCCGGGCGGGTTTCCAGTCTGTGGCTCCAAGCGGCGGCGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCTCAGGAGGGGCGGGCGCGGCTGCTGCCTTGGGCCCGGGCGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCTCAGGAGGGGCGGGCGCGGCTGCTGCCTTGGGCCCGGGCGGAACTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGGCCTCCTGTGCGAATGGGCCCGGCTCCGGGTCAAGGGCTGTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGGGCCTCCTGTGCGAATGGGCCCGGCTCCGGGTCAAGGGCTGTACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCCGATGCCCGGAGCGGCCTATCCG         AGACCAGGTATGTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 TCCCCGATGCCCGGAGCGGCCTATCCGGTG...TAGAGACCAGGTATGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCAGGCAGCCGAATGACACCTCAGGGACCTTCCATGGGACCCCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100806 GCCAGGCAGCCGAATGACACCTCAGGGACCTTCCATGGGACCCCCTGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGGGGGGAACCCTTCAGTCCGACCTGGCCTGGCCCAGTCAGGGATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100856 ATGGGGGGAACCCTTCAGTCCGACCTGGCCTGGCCCAGTCAGGGATGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGTCCCGCAAGAGACCTGCCCCTCAGCAGATCCAGCAGGTCCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100906 CAGTCCCGCAAGAGACCTGCCCCTCAGCAGATCCAGCAGGTCCAGCAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCGGTCCAAAATCGAAACCACAA         TGCAAAGAAAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100956 GGCGGTCCAAAATCGAAACCACAAGTA...CAGTGCAAAGAAAAAGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGCTGACAAAATTCTACCTCAAAGG         ATTCGTGAACTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101269 TGGCTGACAAAATTCTACCTCAAAGGGTG...AAGATTCGTGAACTGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGAATCCCAGGCCTATATGGATCTCTTGGCTTTTGAAAGGAAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101402 CCAGAATCCCAGGCCTATATGGATCTCTTGGCTTTTGAAAGGAAACTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAGACTATCATGAGGAAACGGCTAGATATCCAAGAGGCCTTGAAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101452 CCAGACTATCATGAGGAAACGGCTAGATATCCAAGAGGCCTTGAAACGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCATCAAG         CAAAAACGGAAGCTGCGAATTTTCATTTCTAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101502 CCATCAAGGTA...CAGCAAAAACGGAAGCTGCGAATTTTCATTTCTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTTTCAATCCGGCTAAGTCAGATGCCGAGGATGGGGAAGGGACGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102027 ACTTTCAATCCGGCTAAGTCAGATGCCGAGGATGGGGAAGGGACGGTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCCTGGGAGCTTCGGGTAGAAGGACGGCTCCTGGAGGAT         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102077 TTCCTGGGAGCTTCGGGTAGAAGGACGGCTCCTGGAGGATGTG...TAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGCCTTGTCCAAATATGATGCCACTAAACAAAAGAGGAAGTTCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103153 CAGCCTTGTCCAAATATGATGCCACTAAACAAAAGAGGAAGTTCTCTTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTTTTAAGTCCTTGGTGATTGAACTGGACAAAGACCTGTATGGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103203 TTTTTTAAGTCCTTGGTGATTGAACTGGACAAAGACCTGTATGGGCCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAACCATCTGGTAGAA         TGGCACAGGACCGCCACTACCCAGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103253 CAACCATCTGGTAGAAGTG...TAGTGGCACAGGACCGCCACTACCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGACCGATGGCTTTCAGGTGAAGCGGCCGGGAGACGTGAATGTACGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104540 AGACCGATGGCTTTCAGGTGAAGCGGCCGGGAGACGTGAATGTACGGTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTGTCCTACTGATGCTGGATTACCAG         CCTCCCCAGTTTAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104590 ACTGTCCTACTGATGCTGGATTACCAGGTA...CAGCCTCCCCAGTTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ATTAGACCCCCGCCTAGCTCGACTCCTGGGCATCCATACCCAGACTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104886 ATTAGACCCCCGCCTAGCTCGACTCCTGGGCATCCATACCCAGACTCGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGTGATCATCCAAGCACTGTGGCAATATATTAAGACACATAAGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104936 CAGTGATCATCCAAGCACTGTGGCAATATATTAAGACACATAAGCTCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACCCTCACGAGCGGGAGTTTGTCATCTGTGACAAGTACCTGCAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104986 GACCCTCACGAGCGGGAGTTTGTCATCTGTGACAAGTACCTGCAGCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1036        ATCTTTGAGTCTCAACGTATGAAGTTTTCAGAGATCCCTCAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105036 A...CAGATCTTTGAGTCTCAACGTATGAAGTTTTCAGAGATCCCTCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGCTCCATGCCTTGCTTATGCCACCAGAACCTATCATCATTAATCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105167 GGCTCCATGCCTTGCTTATGCCACCAGAACCTATCATCATTAATCATGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCAG         TGTTGACCCGAATGATCAGAAAAAGACAGCTTGTTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105217 ATCAGGTA...CAGTGTTGACCCGAATGATCAGAAAAAGACAGCTTGTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGACATTGATGTTGAAGTGGATGACACCTTGAAGACCCAGATGAATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109104 TGACATTGATGTTGAAGTGGATGACACCTTGAAGACCCAGATGAATTCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTCTGCTGTCCACTGCCAGCCAACAGGAGATTGCTACTCTAGACAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109154 TTCTGCTGTCCACTGCCAGCCAACAGGAGATTGCTACTCTAGACAACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270          ATCCATGAGACAATAGAAACCATCAACCAGCTGAAGACTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109204 GTA...CAGATCCATGAGACAATAGAAACCATCAACCAGCTGAAGACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCGGGAGTTCATGCTGAGCTTTGCCAGAGACCCTCAGGGTTTCATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111522 GCGGGAGTTCATGCTGAGCTTTGCCAGAGACCCTCAGGGTTTCATCAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACTGGCTTCAGTCCCAGTGCAGGGACCTCAAG         ACAATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111572 ACTGGCTTCAGTCCCAGTGCAGGGACCTCAAGGTA...CAGACAATGACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GATGTGGTGGGTAACCCAGAGGAGGAGCGCCGAGCTGAGTTCTACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113354 GATGTGGTGGGTAACCCAGAGGAGGAGCGCCGAGCTGAGTTCTACTTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCCCTGGGCTCAGGAGGCTGTGTGCCGATACTTCTACTCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113404 GCCCTGGGCTCAGGAGGCTGTGTGCCGATACTTCTACTCCAAGGTA...T

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1495   GTGCAGCAGAGACGACAAGAATTAGAGCAAGCCCTGGGAATCCGGAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113576 AGGTGCAGCAGAGACGACAAGAATTAGAGCAAGCCCTGGGAATCCGGAAT

   1650 
   1543 ACA
        |||
 113626 ACA